129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_R0037 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_R0037  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 316 bp  626  1e-178  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.353457  normal  0.717532 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0035  RNA component of RNaseP  87.8 
 
 		 334 bp  299  2e-79  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.479138  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0039  RNA component of RNaseP  89.73 
 
 		 341 bp  246  3e-63  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0961177  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07210  bacterial RNase P class A  88.08 
 
 		 340 bp  186  3e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15110  Bacterial RNase P class A  83.97 
 
 		 324 bp  186  3e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0022  RNA component of RNaseP  87.89 
 
 		 345 bp  186  3e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  87.7 
 
 		 353 bp  184  1e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  87.77 
 
 		 356 bp  178  6e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0021  RNA component of RNaseP  89.42 
 
 		 328 bp  174  1e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.584504  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  87.77 
 
 		 339 bp  172  4e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0038  RNA component of RNaseP  86.77 
 
 		 354 bp  172  4e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0631532  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0027  RNA component of RNaseP  88.36 
 
 		 326 bp  170  1e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0434723 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0038  RNA component of RNaseP  86.84 
 
 		 348 bp  170  1e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000786849  hitchhiker  0.000162331 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12130  Bacterial RNase P class A  84.82 
 
 		 317 bp  167  2.0000000000000002e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0161879  normal  0.0949657 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0046  RNA component of RNaseP  86.63 
 
 		 427 bp  165  9e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0219533  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0048  RNA component of RNaseP  86.1 
 
 		 333 bp  157  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.803331  normal  0.231595 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  85.56 
 
 		 332 bp  153  3e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0033  RNA component of RNaseP  85.56 
 
 		 348 bp  149  5e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0667281  normal  0.0671024 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0045  RNA component of RNaseP  84.34 
 
 		 312 bp  145  9e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0068  RNA component of RNaseP  87.77 
 
 		 338 bp  141  1e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.400378  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  85.03 
 
 		 328 bp  141  1e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  94.32 
 
 		 309 bp  135  7.999999999999999e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0034  RNA component of RNaseP  83.96 
 
 		 339 bp  133  3e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0036  rnpB RNA  92.05 
 
 		 337 bp  119  5e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0407742  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09520  Bacterial RNase P class A  83.51 
 
 		 325 bp  119  5e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.546213  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0029  RNA component of RNaseP  83.16 
 
 		 318 bp  115  8.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0025  RNA component of RNaseP  83.62 
 
 		 184 bp  115  8.000000000000001e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0026  RNA component of RNaseP  83.16 
 
 		 352 bp  115  8.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0026    83.16 
 
 		 352 bp  115  8.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112787  normal  0.29331 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0030  RNA component of RNaseP  87.5 
 
 		 369 bp  87.7  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.668661  normal  0.541777 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0035  RNase P RNA  87.5 
 
 		 354 bp  87.7  0.000000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0003  RNA component of RNaseP  97.78 
 
 		 283 bp  81.8  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000142891  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0004  RNA component of RNaseP  97.78 
 
 		 281 bp  81.8  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000603454  normal  0.0636822 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  88.16 
 
 		 347 bp  79.8  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16640  Bacterial RNase P class A  86.36 
 
 		 299 bp  79.8  0.0000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0340654  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  88.16 
 
 		 347 bp  79.8  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  88.16 
 
 		 304 bp  79.8  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  88.16 
 
 		 347 bp  79.8  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  88.16 
 
 		 347 bp  79.8  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    88.16 
 
 		 347 bp  79.8  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    88.16 
 
 		 347 bp  79.8  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    88.16 
 
 		 350 bp  79.8  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  95.56 
 
 		 350 bp  73.8  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    88.24 
 
 		 303 bp  73.8  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0029  RNA component of RNaseP  86.84 
 
 		 298 bp  71.9  0.0000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.538332  normal  0.266913 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0051  RNA component of RNaseP  85.23 
 
 		 328 bp  71.9  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.252998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0032  RNA component of RNaseP  84.62 
 
 		 326 bp  71.9  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0053  RNA component of RNaseP  85.23 
 
 		 347 bp  71.9  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0035  RNA component of RNaseP  86.84 
 
 		 284 bp  71.9  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2566  hypothetical protein  97.44 
 
 		 966 bp  69.9  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000598494  normal  0.490219 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3565  RNase P class A  87.01 
 
 		 350 bp  65.9  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  86.84 
 
 		 301 bp  63.9  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  85.53 
 
 		 303 bp  63.9  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0018    100 
 
 		 358 bp  63.9  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000656254  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0053  RNA component of RNaseP  84.09 
 
 		 347 bp  63.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0067  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 398 bp  61.9  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.742746  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0034  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 306 bp  61.9  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  84.62 
 
 		 315 bp  60  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0053  RNase P  84.62 
 
 		 326 bp  60  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0051  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 345 bp  60  0.0000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000384072  normal  0.735401 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0042  RNase P  91.11 
 
 		 253 bp  58  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000446762  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0042    91.11 
 
 		 253 bp  58  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000208955  normal  0.577092 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0038  RNA component of RNaseP  92.68 
 
 		 294 bp  58  0.000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0147775  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  92.5 
 
 		 323 bp  56  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  82.95 
 
 		 332 bp  56  0.000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0066  Bacterial RNase P  92.5 
 
 		 276 bp  56  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00243205  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  84.21 
 
 		 307 bp  56  0.000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0002  RNA component of RNaseP  92.5 
 
 		 276 bp  56  0.000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00285057  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  96.77 
 
 		 359 bp  54  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0059    85.06 
 
 		 330 bp  54  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 303 bp  54  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 299 bp  54  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  96.77 
 
 		 296 bp  54  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 298 bp  54  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  96.77 
 
 		 302 bp  54  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0007  bacterial RNase P  96.77 
 
 		 294 bp  54  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0088  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 295 bp  54  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.338139 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0092  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 295 bp  54  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0011    96.77 
 
 		 295 bp  54  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0026  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 326 bp  54  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.344624 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55190  RNase P RNA component precursor RnpB  96.77 
 
 		 296 bp  54  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 303 bp  54  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0059  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 343 bp  52  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0109691  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0012  RNA component of RNaseP  83.33 
 
 		 356 bp  52  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0591334 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0043    91.89 
 
 		 293 bp  50.1  0.0004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00678643  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0051  RNA component of RNaseP  96.55 
 
 		 290 bp  50.1  0.0004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000411974  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0013  RNA_RNaseP_classA  93.94 
 
 		 313 bp  50.1  0.0004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.336548  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  83.15 
 
 		 354 bp  50.1  0.0004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0019  RNA component of RNaseP  90.24 
 
 		 297 bp  50.1  0.0004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000680683  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1382  Bacterial RNase P class A  93.94 
 
 		 312 bp  50.1  0.0004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0051  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 295 bp  48.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.90798  normal  0.258556 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0071  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 352 bp  48.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0671798 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0023    96.43 
 
 		 341 bp  48.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0216677 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0012  RNA component of RNaseP  90 
 
 		 357 bp  48.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0076  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 352 bp  48.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.186342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 308 bp  48.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0063  RNA component of RNaseP  90 
 
 		 359 bp  48.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169134  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4508  RNase P RNA component precursor RnpB  83.33 
 
 		 396 bp  48.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R74  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 291 bp  46.1  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499712 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 304 bp  46.1  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>