182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_R0014 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_R0014  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 331 bp  656    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000221757  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0137  RNA component of RNaseP  88.7 
 
 		 300 bp  327  1e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0019  RNA component of RNaseP  88.7 
 
 		 300 bp  327  1e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0137  RNA component of RNaseP  88.7 
 
 		 300 bp  327  1e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0601628 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0013  RNA component of RNaseP  89.04 
 
 		 306 bp  323  1.9999999999999998e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.321462 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0146  RNA component of RNaseP  85.67 
 
 		 299 bp  276  4.0000000000000004e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0017  RNA component of RNaseP  92.72 
 
 		 300 bp  274  1e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.585767  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0146  RNA component of RNaseP  85.81 
 
 		 298 bp  272  5.9999999999999995e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0972194  hitchhiker  0.00000000182865 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0025  RNA component of RNaseP  85.76 
 
 		 298 bp  266  4e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0126    85.76 
 
 		 298 bp  266  4e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.400198  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0134  RNA component of RNaseP  85.76 
 
 		 298 bp  266  4e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0120  RNA component of RNaseP  85.43 
 
 		 298 bp  258  9e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0013  RNA component of RNaseP  85.05 
 
 		 291 bp  248  8e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0024  RNA component of RNaseP  85.15 
 
 		 298 bp  246  3e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.310987  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  86.07 
 
 		 296 bp  168  5.9999999999999996e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0127  RNA component of RNaseP  80.68 
 
 		 304 bp  149  6e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  84.58 
 
 		 299 bp  147  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00893  RNA component of RNase P  84.58 
 
 		 308 bp  143  3.9999999999999997e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  93.48 
 
 		 301 bp  135  9e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  93.48 
 
 		 301 bp  135  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  93.48 
 
 		 301 bp  135  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  93.48 
 
 		 301 bp  135  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  93.48 
 
 		 301 bp  135  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  93.48 
 
 		 303 bp  135  9e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  93.48 
 
 		 301 bp  135  9e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  93.48 
 
 		 301 bp  135  9e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  93.48 
 
 		 301 bp  135  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  93.48 
 
 		 301 bp  135  9e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  93.48 
 
 		 301 bp  135  9e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    93.48 
 
 		 301 bp  135  9e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  91.3 
 
 		 303 bp  119  5e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  91.3 
 
 		 303 bp  119  5e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  91.3 
 
 		 303 bp  119  5e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0063  RNA component of RNaseP  83.41 
 
 		 305 bp  115  8.000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0344587 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0007  bacterial RNase P  89.69 
 
 		 294 bp  113  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA62  RNA component of RNaseP  89.58 
 
 		 292 bp  111  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.110793  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  90.22 
 
 		 303 bp  111  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  90.22 
 
 		 303 bp  111  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0088  RNA component of RNaseP  88.66 
 
 		 295 bp  105  8e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.338139 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5661  RNaseP_bact_a  88.54 
 
 		 293 bp  103  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00231772  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  89.13 
 
 		 298 bp  103  3e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0010  RNA component of RNaseP  89.01 
 
 		 317 bp  101  1e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0451963  hitchhiker  0.000582152 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0051  RNA component of RNaseP  81.68 
 
 		 295 bp  97.6  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.90798  normal  0.258556 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0011    87.63 
 
 		 295 bp  97.6  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55190  RNase P RNA component precursor RnpB  87.63 
 
 		 296 bp  97.6  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0092  RNA component of RNaseP  87.63 
 
 		 295 bp  97.6  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0010  RNA component of RNaseP  80.6 
 
 		 302 bp  89.7  5e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.811892  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0010  RNA component of RNaseP  89.47 
 
 		 302 bp  87.7  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0305173  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  87.5 
 
 		 332 bp  87.7  0.000000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  97.87 
 
 		 359 bp  85.7  0.000000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0011  RNA component of RNaseP  86.81 
 
 		 299 bp  85.7  0.000000000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0609568 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  97.87 
 
 		 302 bp  85.7  0.000000000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0051  RNA component of RNaseP  86.67 
 
 		 297 bp  83.8  0.00000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R74  RNA component of RNaseP  86.02 
 
 		 291 bp  81.8  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499712 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0013  RNA component of RNaseP  88.16 
 
 		 296 bp  79.8  0.0000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.297268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  86.36 
 
 		 305 bp  79.8  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0054  rnpB RNA  88.16 
 
 		 298 bp  79.8  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0003  RNA component of RNaseP  85.87 
 
 		 305 bp  79.8  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpps01    86.81 
 
 		 205 bp  77.8  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpls01    86.81 
 
 		 205 bp  77.8  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0010  RNA component of RNaseP  85.39 
 
 		 312 bp  73.8  0.00000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0227621  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0061  RNA component of RNaseP  84.62 
 
 		 295 bp  69.9  0.0000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.773331  unclonable  0.00000000000486767 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0030  RNA component of RNaseP  97.44 
 
 		 322 bp  69.9  0.0000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0024  RNA component of RNase P  100 
 
 		 349 bp  67.9  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699982  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0063  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 359 bp  67.9  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169134  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0020    92 
 
 		 296 bp  67.9  0.000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 307 bp  67.9  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0020    92 
 
 		 296 bp  67.9  0.000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0014  RNA component of RNaseP  84.78 
 
 		 342 bp  63.9  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.250128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 323 bp  61.9  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0216  sRNA  97.06 
 
 		 346 bp  60  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.259337  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0023    100 
 
 		 341 bp  60  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0216677 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0049  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 386 bp  60  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.653302  normal  0.250597 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 347 bp  60  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    97.06 
 
 		 303 bp  60  0.0000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0043  RNA component of RNaseP  87.1 
 
 		 312 bp  60  0.0000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.282999  hitchhiker  0.0000000823282 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0022  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 369 bp  60  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00496302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 354 bp  60  0.0000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0972  sRNA  97.06 
 
 		 292 bp  60  0.0000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    97.06 
 
 		 347 bp  60  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 350 bp  60  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0052  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 355 bp  60  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0049  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 292 bp  60  0.0000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 347 bp  60  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0039    97.06 
 
 		 363 bp  60  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.368998 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0003  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 294 bp  60  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.158613 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 304 bp  60  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    97.06 
 
 		 347 bp  60  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  97.06 
 
 		 347 bp  60  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0064  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 316 bp  60  0.0000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0444698  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 335 bp  60  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0217  Bacterial RNase P class A  97.06 
 
 		 294 bp  60  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.235788  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    97.06 
 
 		 350 bp  60  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0085  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 358 bp  60  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.162846  normal  0.0445956 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0074    100 
 
 		 352 bp  60  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.301827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0032  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 326 bp  60  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 347 bp  60  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0076  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 352 bp  60  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.186342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0071  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 352 bp  60  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0671798 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0018    97.06 
 
 		 358 bp  60  0.0000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000656254  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>