59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_R0007 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_R0007  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 390 bp  773    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.390255  normal  0.448753 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 301 bp  63.9  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0007    97.14 
 
 		 344 bp  61.9  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.877668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1398  sRNA  94.44 
 
 		 422 bp  56  0.000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0029  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 364 bp  56  0.000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4508  RNase P RNA component precursor RnpB  94.44 
 
 		 396 bp  56  0.000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 308 bp  56  0.000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  96.77 
 
 		 301 bp  54  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0040  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 360 bp  54  0.00003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.26217 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0034  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 333 bp  54  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0944967  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0032  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 333 bp  54  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.148898 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 373 bp  54  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0034  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 333 bp  52  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0634985 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0027  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 285 bp  52  0.0001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.779763  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0071  RNA component of RNaseP  96.55 
 
 		 338 bp  50.1  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0880759  normal  0.202054 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  96.55 
 
 		 353 bp  50.1  0.0005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  96.55 
 
 		 356 bp  50.1  0.0005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  96.55 
 
 		 359 bp  50.1  0.0005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0022  RNA component of RNaseP  96.55 
 
 		 369 bp  50.1  0.0005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00496302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  96.55 
 
 		 304 bp  50.1  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0003  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 305 bp  48.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    96.43 
 
 		 303 bp  48.1  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0972  sRNA  96.43 
 
 		 292 bp  48.1  0.002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0003  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 294 bp  48.1  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.158613 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0736  Bacterial RNase P class A  96.43 
 
 		 288 bp  48.1  0.002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0216  sRNA  96.43 
 
 		 346 bp  48.1  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.259337  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0217  Bacterial RNase P class A  96.43 
 
 		 294 bp  48.1  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.235788  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0080    96.43 
 
 		 295 bp  48.1  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00404274  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0030  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 369 bp  48.1  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.668661  normal  0.541777 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4342  RNA component of RNase P  93.75 
 
 		 353 bp  48.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0019  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 297 bp  48.1  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000680683  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55190  RNase P RNA component precursor RnpB  96.43 
 
 		 296 bp  48.1  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R74  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 291 bp  48.1  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499712 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0049  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 386 bp  48.1  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.653302  normal  0.250597 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA62  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 292 bp  48.1  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.110793  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5661  RNaseP_bact_a  96.43 
 
 		 293 bp  48.1  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00231772  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WprnpB1  WprnpB1  96.43 
 
 		 292 bp  48.1  0.002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0011    96.43 
 
 		 295 bp  48.1  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_R0055    93.75 
 
 		 320 bp  48.1  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0035  RNaseP RNA  91.67 
 
 		 378 bp  48.1  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  96.43 
 
 		 302 bp  48.1  0.002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0035  RNase P RNA  96.43 
 
 		 354 bp  48.1  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0032  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 233 bp  48.1  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0007  bacterial RNase P  96.43 
 
 		 294 bp  48.1  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0014  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 342 bp  48.1  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.250128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0088  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 295 bp  48.1  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.338139 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0052  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 355 bp  48.1  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0032  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 326 bp  48.1  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0092  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 295 bp  48.1  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0002  RNA component of RNaseP  93.75 
 
 		 346 bp  48.1  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.269548 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0061  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 418 bp  46.1  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0246154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0017  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 332 bp  46.1  0.007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.312757  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA10  RNaseP  96.3 
 
 		 365 bp  46.1  0.007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133459  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0028  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 366 bp  46.1  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0059  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 374 bp  46.1  0.007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.303106  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 307 bp  46.1  0.007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0009  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 348 bp  46.1  0.007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_rnpB  RNase P RNA component  91.43 
 
 		 326 bp  46.1  0.007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 339 bp  46.1  0.007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>