60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_R0002 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_R0002  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 237 bp  470  1.0000000000000001e-131  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0585787 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0042  RNase P  88.8 
 
 		 253 bp  137  1.9999999999999998e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000446762  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0042    84.15 
 
 		 253 bp  133  2.0000000000000002e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000208955  normal  0.577092 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0059  RNA component of RNaseP  95.12 
 
 		 251 bp  131  9.000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.538739 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0004  RNA component of RNaseP  86.78 
 
 		 281 bp  113  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000603454  normal  0.0636822 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0002  RNA component of RNaseP  85.12 
 
 		 276 bp  97.6  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00285057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0066  Bacterial RNase P  85.12 
 
 		 276 bp  97.6  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00243205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0067  RNA component of RNaseP  93.33 
 
 		 382 bp  87.7  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0337579  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    91.38 
 
 		 350 bp  75.8  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  91.38 
 
 		 347 bp  75.8  0.000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  91.38 
 
 		 304 bp  75.8  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    91.38 
 
 		 347 bp  75.8  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  91.38 
 
 		 350 bp  75.8  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  91.38 
 
 		 347 bp  75.8  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  92.31 
 
 		 347 bp  71.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    92.31 
 
 		 347 bp  71.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0029  RNA component of RNaseP  95.45 
 
 		 298 bp  71.9  0.00000000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.538332  normal  0.266913 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  92.31 
 
 		 347 bp  71.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0011  RNA component of RNaseP  86.49 
 
 		 299 bp  67.9  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0609568 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3565  RNase P class A  90.74 
 
 		 350 bp  67.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0010  RNA component of RNaseP  94.87 
 
 		 302 bp  61.9  0.00000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.811892  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 332 bp  61.9  0.00000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  94.74 
 
 		 296 bp  60  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0216  sRNA  91.3 
 
 		 346 bp  60  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.259337  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0217  Bacterial RNase P class A  91.3 
 
 		 294 bp  60  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.235788  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0003  RNA component of RNaseP  91.3 
 
 		 294 bp  60  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.158613 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0003  RNA component of RNaseP  84.62 
 
 		 283 bp  60  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000142891  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0014  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 331 bp  58  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000221757  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0064  RNA component of RNaseP  94.59 
 
 		 316 bp  58  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0444698  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0043  RNA component of RNaseP  90.7 
 
 		 312 bp  54  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.282999  hitchhiker  0.0000000823282 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0025  RNA component of RNaseP  90.7 
 
 		 368 bp  54  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0013  RNA component of RNaseP  92.31 
 
 		 296 bp  54  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.297268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  92.11 
 
 		 303 bp  52  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  92.11 
 
 		 303 bp  52  0.00007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0067  RNA component of RNaseP  89.13 
 
 		 398 bp  52  0.00007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.742746  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  92.11 
 
 		 303 bp  52  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0053  RNA component of RNaseP  89.13 
 
 		 347 bp  52  0.00007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 303 bp  50.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  93.94 
 
 		 302 bp  50.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0051  RNA component of RNaseP  96.55 
 
 		 295 bp  50.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.90798  normal  0.258556 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 303 bp  50.1  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  93.94 
 
 		 359 bp  50.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0127  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 304 bp  50.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  90.24 
 
 		 323 bp  50.1  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 299 bp  50.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 298 bp  50.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 309 bp  48.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0015  RNA component of RNaseP  90 
 
 		 313 bp  48.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0681345  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0027  RNA component of RNaseP  93.75 
 
 		 285 bp  48.1  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.779763  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0046  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 427 bp  48.1  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0219533  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  88.64 
 
 		 307 bp  48.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0038  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 348 bp  48.1  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000786849  hitchhiker  0.000162331 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 335 bp  48.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0043  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 213 bp  46.1  0.004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000487494  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09390  Bacterial RNase P class A  88.37 
 
 		 313 bp  46.1  0.004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.282783 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08950  Bacterial RNase P class A  91.49 
 
 		 306 bp  46.1  0.004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000299529 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  89.36 
 
 		 354 bp  46.1  0.004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0010  RNA component of RNaseP  88.37 
 
 		 312 bp  46.1  0.004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0227621  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0007  bacterial RNase P  91.43 
 
 		 294 bp  46.1  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365172  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09520  Bacterial RNase P class A  93.55 
 
 		 325 bp  46.1  0.004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.546213  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>