More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3004 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3004  transcriptional regulator  100 
 
 		 218 aa  442  1e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.729807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  51.67 
 
 		 230 aa  201  6e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  49.01 
 
 		 216 aa  198  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  49.5 
 
 		 216 aa  198  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  49.27 
 
 		 226 aa  192  4e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 251 aa  192  5e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 218 aa  189  2.9999999999999997e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  46.7 
 
 		 239 aa  188  5.999999999999999e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  49.01 
 
 		 224 aa  187  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5373  transcriptional regulator GntR family  49.01 
 
 		 216 aa  187  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  49.03 
 
 		 223 aa  185  6e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  49.03 
 
 		 223 aa  185  6e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2908  GntR family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 217 aa  180  2e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  46.73 
 
 		 220 aa  180  2e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 240 aa  175  5e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  46.23 
 
 		 221 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1381  transcriptional regulator, GntR family  49.04 
 
 		 223 aa  170  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.526175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 223 aa  169  4e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7256  transcriptional regulator, GntR family  48.57 
 
 		 218 aa  169  4e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0660662  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 221 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0520  GntR family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 225 aa  155  4e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.656964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2767  GntR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 231 aa  145  5e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  43.41 
 
 		 226 aa  145  6e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  40.72 
 
 		 222 aa  136  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  39.59 
 
 		 237 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 222 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 218 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 244 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  39.69 
 
 		 237 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 222 aa  130  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  37.09 
 
 		 214 aa  130  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4082  transcriptional regulator, GntR family  38.5 
 
 		 223 aa  129  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 242 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 243 aa  128  6e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  39.18 
 
 		 230 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  39.18 
 
 		 228 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  38.38 
 
 		 227 aa  125  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 234 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 221 aa  124  9e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  38.66 
 
 		 231 aa  124  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4654  GntR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 238 aa  123  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  0.661063 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  34.65 
 
 		 248 aa  123  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 227 aa  122  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2445  transcriptional regulator, GntR family  41.52 
 
 		 230 aa  121  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 267 aa  117  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 229 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 233 aa  115  5e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5069  GntR family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.046054  normal  0.249885 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 224 aa  114  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  37.32 
 
 		 222 aa  113  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  36.13 
 
 		 223 aa  112  3e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  32.99 
 
 		 226 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 222 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 219 aa  110  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6458  transcriptional regulator, GntR family  38.97 
 
 		 216 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.467399  normal  0.135131 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 212 aa  109  3e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 248 aa  108  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  39.58 
 
 		 244 aa  108  6e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3723  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 216 aa  108  8.000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.504621 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 233 aa  108  9.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  37.5 
 
 		 219 aa  107  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1095  GntR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 253 aa  107  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.103754 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 226 aa  107  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 265 aa  106  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 225 aa  107  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 223 aa  105  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 254 aa  105  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 228 aa  105  6e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 244 aa  105  7e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 229 aa  105  7e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  34.2 
 
 		 231 aa  105  7e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 227 aa  104  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3719  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 232 aa  104  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329499  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4101  GntR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 247 aa  104  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 229 aa  103  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 211 aa  103  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 211 aa  102  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  32.06 
 
 		 228 aa  102  3e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 224 aa  102  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  36.41 
 
 		 223 aa  102  4e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  34.54 
 
 		 211 aa  102  5e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 		 212 aa  102  6e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 211 aa  102  6e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 211 aa  102  6e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  35.75 
 
 		 237 aa  101  8e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 239 aa  101  8e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  34.92 
 
 		 231 aa  101  9e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 232 aa  100  1e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  35.42 
 
 		 238 aa  100  1e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0466  GntR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 239 aa  100  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 222 aa  101  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 230 aa  100  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  35.23 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3219  GntR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 257 aa  100  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0764465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1267  GntR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 235 aa  100  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  31.61 
 
 		 231 aa  99.8  3e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 241 aa  99.4  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  33.51 
 
 		 241 aa  99.4  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  34.31 
 
 		 225 aa  99.4  4e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>