239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_2328 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_2328  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 
112 aa  224  2e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0169  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.6 
 
 
110 aa  105  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.2184  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1926  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.75 
 
 
113 aa  83.2  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2687  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.94 
 
 
113 aa  82.8  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0540586 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.29 
 
 
119 aa  68.6  0.00000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.581103  normal  0.0182397 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1993  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
110 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0188  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
110 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2555  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.79 
 
 
107 aa  63.5  0.0000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1977  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.75 
 
 
111 aa  62.4  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3893  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.8 
 
 
131 aa  61.6  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000111864 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3949  DnaK suppressor protein, putative  40 
 
 
119 aa  60.1  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.442738 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2384  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.98 
 
 
119 aa  57  0.00000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.68054 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4199  hypothetical protein  38.38 
 
 
111 aa  54.3  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124455  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.06 
 
 
115 aa  52.4  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2105  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.64 
 
 
118 aa  52.4  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.8303 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2922  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.71 
 
 
151 aa  52.8  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.319958 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2786  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.97 
 
 
112 aa  52  0.000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.338701 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2168  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.6 
 
 
142 aa  51.2  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1239  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.87 
 
 
119 aa  50.8  0.000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0619111 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3073  transcriptional regulator, TraR/DksA family protein  43.75 
 
 
115 aa  50.8  0.000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0240851 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.98 
 
 
114 aa  50.4  0.000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  40 
 
 
283 aa  50.1  0.000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2385  hypothetical protein  41.25 
 
 
117 aa  49.7  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.309687  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1413  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.11 
 
 
112 aa  49.3  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.218232 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.18 
 
 
155 aa  48.5  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1204  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.44 
 
 
134 aa  48.5  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.418656  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0584  RNA polymerase-binding dnaK suppressor protein DksA  30.38 
 
 
148 aa  48.5  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  34.21 
 
 
130 aa  47.8  0.00005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3327  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.91 
 
 
134 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3937  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.11 
 
 
149 aa  47.4  0.00007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000139541  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0025  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.72 
 
 
131 aa  46.2  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.795475  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.38 
 
 
120 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03545  putative DnaK suppressor protein  27.85 
 
 
152 aa  46.6  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000789924  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.22 
 
 
146 aa  46.6  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.38 
 
 
120 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4011  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.86 
 
 
144 aa  45.8  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00055516  normal  0.87616 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.38 
 
 
120 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.38 
 
 
120 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1363  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.18 
 
 
205 aa  45.4  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000285999  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 
275 aa  46.2  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2707  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.28 
 
 
133 aa  45.4  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.18 
 
 
139 aa  45.4  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.07 
 
 
121 aa  45.4  0.0002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  38.18 
 
 
139 aa  45.4  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0916  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.65 
 
 
106 aa  46.2  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.354828  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.07 
 
 
121 aa  45.4  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.18 
 
 
154 aa  45.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  30.91 
 
 
117 aa  45.1  0.0003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  34.18 
 
 
154 aa  45.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0166  DnaK suppressor protein  43.1 
 
 
105 aa  45.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.76 
 
 
139 aa  45.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.17 
 
 
228 aa  45.4  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1023  DnaK suppressor protein  42.22 
 
 
136 aa  45.1  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4537  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.3 
 
 
140 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.3 
 
 
120 aa  45.4  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.07 
 
 
121 aa  45.4  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.1 
 
 
129 aa  45.4  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.414377  normal  0.0706919 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.67 
 
 
120 aa  44.7  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1573  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.71 
 
 
111 aa  44.7  0.0004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1007  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.89 
 
 
130 aa  44.7  0.0004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3468  RNA polymerase-binding transcription factor  26.58 
 
 
151 aa  44.7  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312993  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3338  RNA polymerase-binding transcription factor  26.58 
 
 
151 aa  44.7  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000258197  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40860  hypothetical protein  32.61 
 
 
108 aa  44.7  0.0004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.802206  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4470  putative DnaK suppressor protein  36.71 
 
 
111 aa  44.7  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000149172  hitchhiker  0.00792418 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4602  putative DnaK suppressor protein  36.71 
 
 
111 aa  44.7  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000114617  normal  0.012222 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0780  TraR/DksA family transcriptional regulator  26.58 
 
 
147 aa  44.7  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00166659  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1198  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.84 
 
 
103 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.114031  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0992  TraR/DksA family transcriptional regulator  56.67 
 
 
257 aa  44.7  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000149375  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1800  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.1 
 
 
105 aa  44.7  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.315491 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2286  hypothetical protein  28.71 
 
 
143 aa  44.3  0.0006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1005  RNA polymerase-binding transcription factor  37.74 
 
 
182 aa  44.3  0.0006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132792  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  33.33 
 
 
134 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.09 
 
 
212 aa  44.3  0.0006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2068  DnaK suppressor protein  33.33 
 
 
149 aa  44.3  0.0006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000191774  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2259  hypothetical protein  28.71 
 
 
143 aa  43.9  0.0007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  30.36 
 
 
134 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4691  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.4 
 
 
147 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000577976 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30 
 
 
120 aa  43.9  0.0007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4024  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.38 
 
 
222 aa  43.9  0.0007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0116599  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.76 
 
 
150 aa  43.9  0.0008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  31.94 
 
 
147 aa  43.9  0.0008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2535  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.94 
 
 
103 aa  43.9  0.0008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.94 
 
 
124 aa  43.9  0.0008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2396  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.11 
 
 
130 aa  43.9  0.0008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0818179  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.62 
 
 
140 aa  43.5  0.0009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.67 
 
 
120 aa  43.5  0.0009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  38.6 
 
 
110 aa  43.5  0.0009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0007  hypothetical protein  32.98 
 
 
104 aa  43.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.807913  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 
136 aa  43.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  31.15 
 
 
141 aa  43.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2654  DnaK suppressor protein  31.63 
 
 
158 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.562233  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1324  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.34 
 
 
139 aa  43.5  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.820819  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.19 
 
 
126 aa  43.5  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0382  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.9 
 
 
104 aa  43.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03446  hypothetical protein  26.58 
 
 
148 aa  43.5  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0238  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.83 
 
 
120 aa  43.1  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0685  RNA polymerase-binding transcription factor  25.32 
 
 
151 aa  43.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0013378  normal  0.581791 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0227  DnaK suppressor protein DksA  24 
 
 
151 aa  43.1  0.001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.143062  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002565  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  26.58 
 
 
148 aa  43.5  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000015142  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1411  transcriptional regulator  36.14 
 
 
92 aa  43.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.10808  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>