More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_138 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_138  response regulator  100 
 
 		 130 aa  268  2e-71  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0240  response regulator receiver protein  86.92 
 
 		 130 aa  236  5e-62  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0131  response regulator  84.62 
 
 		 130 aa  234  3e-61  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4259  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.4 
 
 		 804 aa  87.8  5e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3026  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  36.75 
 
 		 819 aa  87  8e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.956622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2148  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.77 
 
 		 819 aa  82.8  0.000000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233006  hitchhiker  0.00949178 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.29 
 
 		 695 aa  81.6  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.554525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1777  response regulator receiver protein  36.13 
 
 		 129 aa  81.3  0.000000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.723308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0886  GAF sensor hybrid histidine kinase  30.89 
 
 		 842 aa  80.9  0.000000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435524 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1970  GAF sensor hybrid histidine kinase  31.4 
 
 		 602 aa  73.9  0.0000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.316288  normal  0.365319 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0231  GAF sensor hybrid histidine kinase  27.87 
 
 		 844 aa  73.6  0.0000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.794534  normal  0.63544 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0903  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 		 1262 aa  73.6  0.0000000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1405  sensor histidine kinase/response regulator  31.71 
 
 		 1379 aa  73.2  0.000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5744  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 510 aa  70.5  0.000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.739341 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4840  two-component response regulator PilR  35.25 
 
 		 448 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.43512  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6389  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.09 
 
 		 688 aa  69.7  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2554  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.67 
 
 		 551 aa  68.6  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2811  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.89 
 
 		 498 aa  67.8  0.00000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.782124  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3268  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.4 
 
 		 1079 aa  67.4  0.00000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1396  sensor histidine kinase/response regulator  33.06 
 
 		 1092 aa  67  0.00000000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0223  histidine kinase  31.97 
 
 		 647 aa  67  0.00000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 451 aa  67  0.00000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.667822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1412  sensor histidine kinase/response regulator  32.52 
 
 		 737 aa  66.6  0.0000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.281366  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0845  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  34.51 
 
 		 508 aa  66.6  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.903712  hitchhiker  0.00198769 
 
 
-
 
NC_002936  DET1016  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  33.61 
 
 		 1258 aa  65.5  0.0000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4217  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.45 
 
 		 686 aa  65.5  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34172  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1273  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.83 
 
 		 556 aa  65.9  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.12815  normal  0.758765 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0387  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  31.97 
 
 		 487 aa  65.1  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0207452  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0274  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.91 
 
 		 232 aa  64.7  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.701823  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2497  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.41 
 
 		 1168 aa  64.7  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.436801 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3372  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 106 aa  64.7  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.457029  normal  0.363016 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3580  response regulator receiver protein  36.89 
 
 		 564 aa  64.7  0.0000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0638  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 453 aa  64.7  0.0000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1929  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  30.58 
 
 		 853 aa  64.3  0.0000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2416  two component transcriptional regulator  29.6 
 
 		 255 aa  63.9  0.0000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0279623 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1570  response regulator receiver protein  31.36 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2811  PAS  34.17 
 
 		 1023 aa  62  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0211559  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2860  response regulator receiver  36.13 
 
 		 121 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.388237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3086  response regulator receiver protein  36.13 
 
 		 121 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.342425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0891  response regulator receiver domain-containing protein  32.56 
 
 		 137 aa  62.4  0.000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3201  response regulator receiver domain-containing protein  35.25 
 
 		 143 aa  62.4  0.000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1916  response regulator receiver protein  30 
 
 		 128 aa  62.8  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.639162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0338  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  33.04 
 
 		 513 aa  62.8  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.102838 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3479  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.67 
 
 		 1078 aa  62  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4350  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.77 
 
 		 686 aa  61.6  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1268  Hpt sensor hybrid histidine kinase  31.62 
 
 		 781 aa  61.6  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 		 556 aa  61.6  0.000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.936608  normal  0.731504 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2480  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 		 846 aa  61.2  0.000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000921222 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.61 
 
 		 827 aa  61.6  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2762  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 225 aa  61.6  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1267  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.17 
 
 		 542 aa  61.6  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4373  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.23 
 
 		 687 aa  61.2  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0865062  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3860  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.04 
 
 		 520 aa  60.8  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13448  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  25.38 
 
 		 442 aa  61.2  0.000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.471352  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1874  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.77 
 
 		 234 aa  61.2  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.254038  normal  0.519638 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2268  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.94 
 
 		 221 aa  60.8  0.000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2487  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.91 
 
 		 735 aa  60.5  0.000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2124  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32.76 
 
 		 474 aa  60.5  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0345179 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1174  putative two-component response regulator  30.58 
 
 		 126 aa  60.5  0.000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.289144  normal  0.876478 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2406  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.89 
 
 		 773 aa  60.5  0.000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3265  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 		 1106 aa  60.1  0.000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_887  sensor histidine kinase/response regulator  30.65 
 
 		 1258 aa  60.1  0.00000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2980  response regulator receiver protein  35.29 
 
 		 121 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2198  response regulator receiver protein  33.87 
 
 		 127 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.16592  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1771  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.91 
 
 		 923 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.357218 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0823  type 4 fimbriae expression regulatory protein pilR  30 
 
 		 446 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2957  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.86 
 
 		 810 aa  58.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5220  response regulator receiver protein  32.5 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.472283  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2015  two component hybrid sensor response regulator  31.62 
 
 		 391 aa  59.3  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0251  response regulator receiver protein  36.15 
 
 		 126 aa  58.9  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.102048 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2296  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 		 394 aa  58.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0176  two-component response regulator AlgB  32.73 
 
 		 450 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_66106  Protein with similarity to DNA-binding region of heat shock transcription factors  30.08 
 
 		 421 aa  58.9  0.00000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.415841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1157  response regulator receiver protein  35.48 
 
 		 127 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116971  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1854  response regulator receiver protein  30.97 
 
 		 445 aa  59.3  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.654411  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0960  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 		 1245 aa  58.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3564  response regulator receiver protein  35.54 
 
 		 122 aa  58.5  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0923704 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5187  two-component response regulator PilR  32.77 
 
 		 445 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60260  two-component response regulator PilR  32.26 
 
 		 445 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000831057 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4023  two component response regulator  29.51 
 
 		 119 aa  58.5  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0722  helix-turn-helix, Fis-type  30 
 
 		 445 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0513  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.93 
 
 		 803 aa  58.2  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.883754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2941  putative PAS/PAC sensor protein  30.77 
 
 		 1169 aa  58.2  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.725686  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.8 
 
 		 773 aa  58.2  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.021882 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.4 
 
 		 1036 aa  58.2  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.11 
 
 		 225 aa  58.2  0.00000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0532  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  32.06 
 
 		 144 aa  57.8  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.693911  normal  0.53556 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  32.14 
 
 		 220 aa  57.8  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1242  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.63 
 
 		 234 aa  57.8  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_1394  predicted protein  31.2 
 
 		 550 aa  57.8  0.00000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.191003 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1980  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  29.31 
 
 		 449 aa  57.8  0.00000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.247955  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0179  histidine kinase  33.06 
 
 		 758 aa  57.8  0.00000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1694  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  29.06 
 
 		 472 aa  57.8  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0859  sensory box histidine kinase/response regulator  31.54 
 
 		 1765 aa  57.4  0.00000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4243  GAF sensor hybrid histidine kinase  28.93 
 
 		 653 aa  57.4  0.00000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.506182  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6282  two-component response regulator AlgB  29.57 
 
 		 449 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0801  two component transcriptional regulator  31.25 
 
 		 221 aa  57.4  0.00000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0203691 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0715  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.15 
 
 		 1767 aa  57.4  0.00000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3307  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.15 
 
 		 1767 aa  57.4  0.00000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3298  response regulator receiver protein  32.23 
 
 		 121 aa  57.8  0.00000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>