More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2559 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 349 aa  701    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.99545  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2818  efflux transporter, RND family, MFP subunit  69.63 
 
 		 349 aa  512  1e-144  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.96 
 
 		 350 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000250075  normal  0.807389 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2808  membrane fusion protein; cation efflux system protein  34.39 
 
 		 353 aa  207  2e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.44 
 
 		 353 aa  201  9.999999999999999e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.593708  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3707  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.33 
 
 		 354 aa  187  2e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.93 
 
 		 352 aa  181  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1267  RND family efflux transporter MFP subunit  31.69 
 
 		 355 aa  179  5.999999999999999e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0972  secretion protein HlyD  30.66 
 
 		 353 aa  175  9.999999999999999e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4493  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.34 
 
 		 367 aa  171  2e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.612872 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.14 
 
 		 358 aa  162  6e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1676  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.71 
 
 		 367 aa  160  4e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0197098  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3718  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.41 
 
 		 353 aa  159  5e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.0568343 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1044  RND family efflux transporter MFP subunit  30.69 
 
 		 361 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0011899  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.76 
 
 		 383 aa  150  3e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1672  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.46 
 
 		 359 aa  147  2.0000000000000003e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  34.46 
 
 		 350 aa  131  2.0000000000000002e-29  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  28.7 
 
 		 379 aa  128  2.0000000000000002e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  28.23 
 
 		 365 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  28.23 
 
 		 365 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  28.23 
 
 		 365 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  28.23 
 
 		 365 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 365 aa  124  4e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  28.23 
 
 		 365 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.21 
 
 		 357 aa  123  4e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  27.89 
 
 		 365 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  26.99 
 
 		 377 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  27.89 
 
 		 365 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1021  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.82 
 
 		 390 aa  120  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0159772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  26.23 
 
 		 361 aa  120  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.918542  normal  0.711455 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  27.89 
 
 		 369 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  28.49 
 
 		 361 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.62 
 
 		 362 aa  119  6e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  28.76 
 
 		 369 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  27.61 
 
 		 369 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  27.52 
 
 		 382 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.61 
 
 		 369 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.33 
 
 		 380 aa  118  1.9999999999999998e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  27 
 
 		 369 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5576  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.2 
 
 		 353 aa  116  6e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  27.01 
 
 		 361 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  28.38 
 
 		 370 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  28.38 
 
 		 373 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000335121  normal  0.257402 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3483  HlyD family secretion protein  27.43 
 
 		 369 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.61 
 
 		 453 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  26.21 
 
 		 360 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  25.71 
 
 		 381 aa  114  3e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1710  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.35 
 
 		 377 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.68 
 
 		 351 aa  114  3e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  26.98 
 
 		 406 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  25.5 
 
 		 367 aa  113  4.0000000000000004e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  26.33 
 
 		 372 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  27.37 
 
 		 372 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  26.98 
 
 		 382 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  25.97 
 
 		 417 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  26.37 
 
 		 375 aa  113  5e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  27.7 
 
 		 370 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.143794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  26.93 
 
 		 385 aa  112  9e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000232808  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0892  RND efflux membrane fusion protein precursor  27.8 
 
 		 370 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1637  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.06 
 
 		 377 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  27.76 
 
 		 382 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  27.36 
 
 		 372 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  24.52 
 
 		 372 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.78 
 
 		 356 aa  111  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  28.04 
 
 		 360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  27.54 
 
 		 360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0758  hypothetical protein  25.62 
 
 		 420 aa  110  3e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.21 
 
 		 360 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  26.62 
 
 		 360 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  27.21 
 
 		 360 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  25.34 
 
 		 354 aa  110  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  27.54 
 
 		 360 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  27.54 
 
 		 360 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  27.54 
 
 		 360 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  28.62 
 
 		 380 aa  110  5e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0787  hypothetical protein  25.37 
 
 		 420 aa  109  6e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.38 
 
 		 397 aa  109  6e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  26.01 
 
 		 370 aa  109  6e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000311518  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1851  RND family efflux transporter MFP subunit  27.13 
 
 		 361 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000181813  hitchhiker  0.00565244 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.01 
 
 		 363 aa  108  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.01 
 
 		 363 aa  108  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  24.57 
 
 		 360 aa  108  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1023  RND family efflux transporter MFP subunit  25.31 
 
 		 378 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.866452  normal  0.121232 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1969  RND family efflux transporter MFP subunit  27.72 
 
 		 418 aa  107  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.728278 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  25.41 
 
 		 375 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2939  RND family efflux transporter MFP subunit  26.59 
 
 		 352 aa  107  3e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0067677  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.53 
 
 		 355 aa  107  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  25.63 
 
 		 373 aa  107  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  24.29 
 
 		 368 aa  106  5e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  26.27 
 
 		 368 aa  106  5e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0472  secretion protein HlyD  24.05 
 
 		 359 aa  106  7e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.000402153  normal  0.138011 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  25.42 
 
 		 368 aa  105  8e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3362  RND family efflux transporter MFP subunit  26.13 
 
 		 358 aa  105  9e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  25.47 
 
 		 376 aa  105  9e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  27.03 
 
 		 372 aa  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1963  putative secretion protein, HlyD family  24.53 
 
 		 390 aa  105  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000072673  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  25.34 
 
 		 352 aa  105  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  25.88 
 
 		 360 aa  104  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.42 
 
 		 397 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  24.3 
 
 		 372 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>