More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_0122 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_0122  NOL1/NOP2/sun family protein  100 
 
 
429 aa  865    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2026  Fmu (Sun) domain protein  62.11 
 
 
447 aa  489  1e-137  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0198  Fmu (Sun) domain-containing protein  63.57 
 
 
431 aa  471  1e-132  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2325  Fmu (Sun) domain protein  52.6 
 
 
462 aa  413  1e-114  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000441275  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3109  Fmu (Sun) domain protein  48.59 
 
 
414 aa  360  3e-98  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2455  Fmu (Sun) domain protein  42.13 
 
 
421 aa  308  9e-83  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2136  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.59 
 
 
484 aa  144  3e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2113  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  36.61 
 
 
503 aa  143  7e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000343432 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1840  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  35.69 
 
 
482 aa  142  8e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1281  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  35.52 
 
 
479 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0638049  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1465  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  35.92 
 
 
479 aa  142  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.331125  normal  0.160256 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2051  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  35.92 
 
 
513 aa  142  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.390449  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1848  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  33.23 
 
 
484 aa  140  4.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1993  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  35.56 
 
 
513 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1989  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  35.56 
 
 
513 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00458134 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1770  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.36 
 
 
510 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.475142  normal  0.596617 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2039  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  29.44 
 
 
467 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.137623  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2609  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  33.33 
 
 
474 aa  134  3e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2079  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.52 
 
 
481 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1740  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.36 
 
 
510 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2405  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  33.33 
 
 
480 aa  133  6.999999999999999e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1665  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  32.65 
 
 
509 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0007  ribosomal RNA methyltransferase NOP2  31.82 
 
 
336 aa  132  1.0000000000000001e-29  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.138281 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1110  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  36.4 
 
 
503 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.153136  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1538  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  32.64 
 
 
473 aa  131  3e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.317347  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2046  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  35.29 
 
 
505 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.362171  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1797  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  36.1 
 
 
481 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.396046  normal  0.0585336 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1926  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  36.1 
 
 
481 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.79578  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2236  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  31.12 
 
 
484 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2568  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  31.03 
 
 
505 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.378579  normal  0.101279 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01806  predicted methyltransferase  35.22 
 
 
479 aa  127  3e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.88495  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01794  hypothetical protein  35.22 
 
 
479 aa  127  3e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1896  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  31.03 
 
 
505 aa  128  3e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.167738 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2103  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  35.22 
 
 
481 aa  127  3e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0235271  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2064  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  35.22 
 
 
481 aa  127  3e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.2344  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2455  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  31.35 
 
 
505 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2210  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  32.44 
 
 
505 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1807  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  34.82 
 
 
481 aa  127  5e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0366277  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2448  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  31.35 
 
 
505 aa  127  5e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003425  ribosomal RNA small subunit methyltransferase F  34.84 
 
 
478 aa  127  5e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.837447  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1352  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  35.22 
 
 
481 aa  127  5e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.312061  normal  0.0948873 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2568  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  33.33 
 
 
479 aa  126  8.000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.401694  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02352  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  35.09 
 
 
501 aa  125  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1583  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  31.95 
 
 
486 aa  125  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.855297  normal  0.597939 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1108  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  39.58 
 
 
301 aa  124  2e-27  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000188231  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1219  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  32.7 
 
 
455 aa  125  2e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_2054  predicted protein  30.92 
 
 
485 aa  122  9.999999999999999e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_91345  nucleolar RNA methyltransferase  30.27 
 
 
625 aa  121  1.9999999999999998e-26  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.179856 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2033  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  30.39 
 
 
302 aa  120  4.9999999999999996e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB02220  nucleolus protein, putative  29.57 
 
 
695 aa  120  6e-26  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0735574  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2830  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  32.63 
 
 
305 aa  117  3e-25  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.82296  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0783  sun protein  26.64 
 
 
435 aa  116  1.0000000000000001e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1457  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  33.01 
 
 
335 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0282  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  37.35 
 
 
302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1541  RNA methylase  31.23 
 
 
275 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.719796  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2489  sun protein  32.9 
 
 
453 aa  115  2.0000000000000002e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.968037  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3528  sun protein  33.33 
 
 
448 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3594  sun protein  34.22 
 
 
448 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1954  sun protein  31.92 
 
 
444 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0666  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  32.61 
 
 
302 aa  114  3e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.728996  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3688  sun protein  33.77 
 
 
444 aa  114  3e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.66831  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2695  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  34.26 
 
 
325 aa  114  3e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3612  sun protein  33.48 
 
 
464 aa  114  3e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1927  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  31.71 
 
 
488 aa  114  3e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5890  Fmu (Sun) domain protein  34.93 
 
 
453 aa  114  5e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.133324  hitchhiker  0.00389453 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0979  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  29.57 
 
 
460 aa  113  5e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2224  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  31.67 
 
 
481 aa  113  5e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.508935 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_25394  predicted protein  29.07 
 
 
528 aa  113  7.000000000000001e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0341  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  31.03 
 
 
302 aa  113  8.000000000000001e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1228  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  30.77 
 
 
339 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3964  sun protein  33.33 
 
 
444 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0993  NOL1/NOP2/sun family protein  24.81 
 
 
436 aa  111  2.0000000000000002e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000219997  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0962  sun protein  32.58 
 
 
451 aa  112  2.0000000000000002e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.316292  normal  0.597237 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3624  sun protein  32.89 
 
 
444 aa  111  3e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0232202  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0066  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase:Nop2p  32.96 
 
 
446 aa  111  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1267  Fmu (Sun) domain protein  32.48 
 
 
460 aa  111  3e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3913  sun protein  31.7 
 
 
444 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0159883  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4706  sun protein  30.74 
 
 
446 aa  110  4.0000000000000004e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1986  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  31.58 
 
 
478 aa  110  5e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0149307 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2644  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  32.04 
 
 
478 aa  110  5e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0597695 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3879  sun protein  32.46 
 
 
444 aa  110  6e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.26957e-17 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3716  sun protein  32.46 
 
 
444 aa  110  6e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0992207  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3606  sun protein  32.46 
 
 
444 aa  110  6e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4003  sun protein  32.46 
 
 
444 aa  110  6e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3907  sun protein  33.04 
 
 
444 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1279  sun protein  32.46 
 
 
444 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0193  sun protein  31.82 
 
 
448 aa  109  9.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000593735  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2201  Fmu (Sun) domain protein  29.91 
 
 
437 aa  109  9.000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.256814  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1485  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  30.48 
 
 
314 aa  108  1e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2580  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  30.24 
 
 
454 aa  109  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1228  hypothetical protein  30.73 
 
 
456 aa  109  1e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.13972  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2517  sun protein  31.28 
 
 
444 aa  108  2e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000512112  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3160  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  25.53 
 
 
456 aa  108  2e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0859  sun protein  36.44 
 
 
452 aa  107  3e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4428  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  29.81 
 
 
449 aa  107  4e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1437  sun protein  31.92 
 
 
430 aa  107  5e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2311  sun protein  32.3 
 
 
452 aa  107  6e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.362668  hitchhiker  0.000826968 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0378  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  32.35 
 
 
265 aa  106  7e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.0306061 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0664  Fmu (Sun) domain protein  27.76 
 
 
430 aa  106  7e-22  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3373  Sun protein  33.21 
 
 
448 aa  106  9e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>