More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3116 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3116  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  598  1e-170  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.341096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1029  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 306 aa  158  9e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.850278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5902  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  152  8e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.202203  normal  0.230241 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5135  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.428363 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8309  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 318 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5310  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 296 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5943  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 305 aa  125  6e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.180862 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3275  transcriptional regulator, LysR family  32.1 
 
 		 300 aa  123  5e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0115346  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3111  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.28 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1380  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 309 aa  122  7e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.306362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2373  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 300 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0629728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2486  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 296 aa  112  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3891  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 305 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.314742  normal  0.132364 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0720  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  31.08 
 
 		 304 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.22 
 
 		 292 aa  103  4e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5583  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 299 aa  103  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00542603  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 339 aa  101  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2000  transcriptional regulator, LysR family  31.92 
 
 		 299 aa  101  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40236  normal  0.73412 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0704  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 338 aa  99.4  7e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.271413  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 309 aa  98.6  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0837  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 308 aa  98.2  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.033112  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0886  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 338 aa  97.4  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0376917  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 318 aa  97.1  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0889  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 338 aa  97.4  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1678  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 318 aa  96.3  5e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 317 aa  95.9  8e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.7 
 
 		 302 aa  95.9  8e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.7 
 
 		 302 aa  95.5  9e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.7 
 
 		 302 aa  95.5  9e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.7 
 
 		 302 aa  95.5  9e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  27.7 
 
 		 302 aa  95.5  9e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.7 
 
 		 302 aa  95.5  9e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  27.7 
 
 		 302 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.7 
 
 		 302 aa  95.1  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 317 aa  94.4  2e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.63 
 
 		 292 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 309 aa  94.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0345  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 332 aa  94  3e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0092  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 298 aa  94  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0215492  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0644  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 332 aa  94  3e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0772357  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2479  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 298 aa  94  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 303 aa  93.6  4e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 314 aa  93.2  4e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.36 
 
 		 302 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  28.29 
 
 		 325 aa  93.2  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2608  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 303 aa  93.2  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.21 
 
 		 298 aa  92.8  6e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1974  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 303 aa  92.8  7e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 319 aa  92.8  7e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2584  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 303 aa  92.8  7e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0798399  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 319 aa  92.4  8e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1919  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.28 
 
 		 299 aa  92.4  9e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  31.22 
 
 		 290 aa  92  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  27.36 
 
 		 298 aa  92  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  29.27 
 
 		 303 aa  91.7  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2954  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 308 aa  92  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000398128  unclonable  0.0000000375451 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2875  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 297 aa  90.9  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6156  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 308 aa  90.9  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  30.08 
 
 		 314 aa  91.3  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  30.08 
 
 		 314 aa  90.9  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 313 aa  90.5  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.6 
 
 		 298 aa  90.1  4e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2503  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 306 aa  90.1  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.55 
 
 		 298 aa  89.7  5e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  26.17 
 
 		 323 aa  89.7  5e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 297 aa  90.1  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 321 aa  89.4  7e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3257  translation initiation factor IF-2  30.69 
 
 		 297 aa  89.4  7e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.22333 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4369  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 324 aa  89.4  7e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5915  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 303 aa  89  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 337 aa  88.2  1e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  24.65 
 
 		 314 aa  88.6  1e-16  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6182  transcriptional regulator, LysR family  31.45 
 
 		 301 aa  89  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  26.35 
 
 		 316 aa  88.2  1e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  24.65 
 
 		 319 aa  89  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  27.9 
 
 		 322 aa  89  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0578  LysR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3176  transcriptional regulator, LysR family  25.78 
 
 		 334 aa  88.2  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.356855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  24.65 
 
 		 314 aa  88.2  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  26.09 
 
 		 329 aa  88.2  2e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2915  transcriptional regulator, LysR family  26.56 
 
 		 335 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0114903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 321 aa  87.8  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 303 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  25.17 
 
 		 317 aa  87.4  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0352  transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 		 294 aa  87  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 304 aa  87  4e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0038  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 294 aa  87  4e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 295 aa  86.7  5e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 295 aa  86.7  5e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 295 aa  86.7  5e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 321 aa  86.3  5e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 295 aa  86.3  5e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0147  LysR family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 296 aa  86.3  6e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0713  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 328 aa  86.3  6e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.730012  normal  0.411699 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1049  regulatory protein, LysR  30.48 
 
 		 340 aa  85.9  7e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.97331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1032  regulatory protein, LysR  30.48 
 
 		 340 aa  85.9  7e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.205894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  26.29 
 
 		 336 aa  85.9  7e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 329 aa  85.9  8e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2243  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 289 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>