More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2460 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 142 aa  291  2e-78  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  55.07 
 
 		 137 aa  85.5  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0364  XRE family transcriptional regulator  50.72 
 
 		 231 aa  81.3  0.000000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  46.77 
 
 		 321 aa  68.2  0.00000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  43.59 
 
 		 301 aa  67.4  0.00000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3459  transcriptional regulator  33.58 
 
 		 145 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00424563  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3465  XRE family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 142 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3466  transcriptional regulator, XRE family  48.44 
 
 		 121 aa  64.3  0.0000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 374 aa  63.9  0.0000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2436  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 		 104 aa  63.5  0.0000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2791  XRE family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 139 aa  63.5  0.0000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0656  transcriptional regulator, XRE family  46.88 
 
 		 71 aa  62.8  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1565  transcriptional regulator, XRE family  42.03 
 
 		 75 aa  62.8  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1576  transcriptional regulator, XRE family  42.03 
 
 		 75 aa  62.8  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3618  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 123 aa  62.4  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1587  transcriptional regulator, XRE family  42.03 
 
 		 75 aa  62.8  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2431  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 143 aa  61.6  0.000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3095  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 152 aa  62  0.000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0776  helix-turn-helix domain-containing protein  40.54 
 
 		 123 aa  61.2  0.000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000212762  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3344  DNA-binding protein  28.47 
 
 		 374 aa  61.2  0.000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.455978  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1715  XRE family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 152 aa  60.8  0.000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000119777  normal  0.864438 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0418  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  37.33 
 
 		 113 aa  59.7  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00527482  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0432  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  37.33 
 
 		 113 aa  59.7  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000371645  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2790  transcriptional regulator, XRE family  36.17 
 
 		 133 aa  60.1  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000203467  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 118 aa  59.7  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0505  cryptic phage CTXphi transcriptional repressor RstR  40.62 
 
 		 111 aa  59.7  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.451167  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1067  cryptic phage CTXphi transcriptional repressor RstR  40.62 
 
 		 111 aa  59.7  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.745753  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1070  cryptic phage CTXphi transcriptional repressor RstR  40.62 
 
 		 111 aa  59.7  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3127  DNA-binding protein  26.9 
 
 		 374 aa  58.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.81107  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3373  DNA-binding protein  26.9 
 
 		 374 aa  58.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.645168  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3019  DNA-binding protein; transcriptional regulator  27.74 
 
 		 374 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28018  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 115 aa  58.9  0.00000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142648  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 115 aa  58.9  0.00000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000152617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  27.78 
 
 		 374 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 115 aa  58.2  0.00000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3051  XRE family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 242 aa  58.2  0.00000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0338218  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3347  DNA-binding protein  28.06 
 
 		 374 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  42.65 
 
 		 163 aa  58.2  0.00000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0916  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 115 aa  58.2  0.00000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0599  transcriptional regulator, XRE family  34.33 
 
 		 73 aa  57.8  0.00000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  27.74 
 
 		 374 aa  57.8  0.00000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2431  transcriptional regulator, XRE family  42.65 
 
 		 125 aa  57.8  0.00000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000620136 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1604  DNA-binding protein  39.39 
 
 		 114 aa  57  0.00000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00115974  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0510  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 114 aa  57  0.00000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000759518  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3113  transcriptional regulator  26.39 
 
 		 374 aa  56.2  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.694615  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0958  transcriptional regulator, XRE family  36.17 
 
 		 133 aa  56.6  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0844  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 142 aa  56.6  0.0000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0958964 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0495  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 100 aa  56.2  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00400235  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2209  putative DNA-binding protein  42.25 
 
 		 117 aa  56.2  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.706329  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3135  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 137 aa  55.8  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.317529  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  39.24 
 
 		 92 aa  55.1  0.0000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 135 aa  54.7  0.0000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1626  helix-turn-helix domain protein  37.5 
 
 		 121 aa  54.7  0.0000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.365666 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0513  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 70 aa  54.7  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.041665  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  39.24 
 
 		 149 aa  54.3  0.0000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2730  putative DNA-binding protein  41.27 
 
 		 117 aa  54.3  0.0000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000010572  hitchhiker  0.0000267972 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0945  XRE family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 149 aa  53.9  0.0000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000414379  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  39.24 
 
 		 149 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  39.24 
 
 		 149 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2146  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 206 aa  53.9  0.0000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0483341  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1628  XRE family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 133 aa  53.5  0.0000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1931  transcriptional regulator of molybdate metabolism, XRE family  40.68 
 
 		 352 aa  53.9  0.0000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.584244  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2429  transcriptional regulator, XRE family  34.21 
 
 		 127 aa  53.9  0.0000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00159098 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1063  hypothetical protein  37.97 
 
 		 149 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0001043  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0188  DNA-binding protein  35 
 
 		 108 aa  52.8  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000978101  hitchhiker  1.67724e-41 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0234  transcriptional regulator  35 
 
 		 108 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00111986  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0433  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 215 aa  53.1  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  35.48 
 
 		 200 aa  53.1  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 110 aa  52  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3160  transcriptional regulator AnsR  37.1 
 
 		 125 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.980504  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0218  Cro/CI family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 158 aa  52.8  0.000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.631577  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2917  transcriptional regulator AnsR  37.1 
 
 		 125 aa  52.4  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.41229  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3137  transcriptional regulator AnsR  37.1 
 
 		 125 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2885  ans operon repressor protein  37.1 
 
 		 125 aa  52.4  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0484001  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  42.03 
 
 		 146 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2847  ans operon repressor protein  37.1 
 
 		 125 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1967  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 268 aa  52.4  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000016802  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3138  transcriptional regulator AnsR  37.1 
 
 		 125 aa  52.4  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0281  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 78 aa  52.4  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0335018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3117  transcriptional regulator AnsR  37.1 
 
 		 125 aa  52  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2120  transcriptional regulator AnsR  37.1 
 
 		 125 aa  52  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2433  transcriptional regulator, XRE family  31.86 
 
 		 132 aa  52.8  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000213647 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1349  immunity repressor protein  26.43 
 
 		 144 aa  52  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0801  XRE family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 111 aa  52.8  0.000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000260527  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0020  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 141 aa  52.8  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011656  BCAH187_E0031  transcriptional regulator, MerR family  37.1 
 
 		 211 aa  52  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  1.60803e-35  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4304  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 131 aa  52  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.663644 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  31.33 
 
 		 200 aa  52  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  35.94 
 
 		 114 aa  52  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0697  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 151 aa  52  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  36.71 
 
 		 149 aa  52  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  35.94 
 
 		 114 aa  52  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4414  immunity repressor protein  30.07 
 
 		 139 aa  52  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3317  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 281 aa  52  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000786405  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  41.94 
 
 		 142 aa  51.2  0.000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1714  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 67 aa  51.6  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000253714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0336  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 140 aa  51.2  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000000838003  normal  0.0169736 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1010  XRE family transcriptional regulator  31 
 
 		 370 aa  50.8  0.000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6747  XRE family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 115 aa  50.8  0.000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>