More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6676 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6676  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 253 aa  509  1e-143  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2661  two component transcriptional regulator, LytTR family  44.62 
 
 		 252 aa  238  6.999999999999999e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3726  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.24 
 
 		 252 aa  195  6e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.304835 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5335  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.85 
 
 		 253 aa  192  4e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.709567 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1475  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.32 
 
 		 255 aa  192  4e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.059663 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0271  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.98 
 
 		 256 aa  188  5.999999999999999e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6060  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.9 
 
 		 253 aa  187  1e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6406  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.65 
 
 		 252 aa  187  2e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4001  LytTR family two component transcriptional regulator  37.11 
 
 		 255 aa  187  2e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5824  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.61 
 
 		 258 aa  186  4e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0489181 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2091  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.07 
 
 		 259 aa  184  8e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  normal  0.478744 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7151  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.25 
 
 		 249 aa  181  1e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5312  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.19 
 
 		 255 aa  174  9.999999999999999e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0977362 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0758  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.25 
 
 		 256 aa  172  3.9999999999999995e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.649382 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3229  LytTR family two component transcriptional regulator  39.53 
 
 		 250 aa  172  3.9999999999999995e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2256  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.52 
 
 		 262 aa  170  2e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.596319 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2775  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.16 
 
 		 258 aa  170  2e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2789  response regulator receiver  31.1 
 
 		 254 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0804  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.4 
 
 		 251 aa  159  3e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1317  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.59 
 
 		 261 aa  159  6e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0307  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.66 
 
 		 250 aa  156  3e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1794  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.27 
 
 		 260 aa  155  7e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2354  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 256 aa  154  9e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12408  two-component system response regulator  34.9 
 
 		 251 aa  153  2.9999999999999998e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.401855  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4908  LytTR family two component transcriptional regulator  37.11 
 
 		 255 aa  151  8e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0800  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.02 
 
 		 251 aa  150  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6102  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.66 
 
 		 252 aa  150  3e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2868  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.63 
 
 		 259 aa  149  5e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0154807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2439  LytTr DNA-binding region  32.41 
 
 		 255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.697869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1836  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.11 
 
 		 258 aa  145  6e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.367672  normal  0.467017 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0600  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.9 
 
 		 265 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.315052 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1444  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.81 
 
 		 256 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.317386 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5405  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.16 
 
 		 243 aa  124  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.379459 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1209  LytTr DNA-binding region  33.07 
 
 		 240 aa  122  6e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4674  LytTR family two component transcriptional regulator  31.89 
 
 		 254 aa  120  1.9999999999999998e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.124147  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0858  response regulator receiver protein  38.13 
 
 		 141 aa  92.4  7e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.748894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0715  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.47 
 
 		 245 aa  91.7  1e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00500528  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2397  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.46 
 
 		 261 aa  91.3  1e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.55 
 
 		 244 aa  90.9  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.2 
 
 		 242 aa  90.9  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0837  response regulator receiver protein  38.14 
 
 		 153 aa  89  8e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.925678  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.99 
 
 		 257 aa  88.6  9e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  27.59 
 
 		 263 aa  88.2  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  28.77 
 
 		 249 aa  88.6  1e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.95 
 
 		 266 aa  87  3e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  26.46 
 
 		 261 aa  86.7  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  28.25 
 
 		 246 aa  85.9  6e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  32.94 
 
 		 245 aa  85.5  8e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0252  two-component response regulator  30.49 
 
 		 246 aa  85.1  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0246  two-component response regulator  30.49 
 
 		 246 aa  85.1  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  27.16 
 
 		 263 aa  84.3  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0765  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 247 aa  83.6  0.000000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.584976  normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3976  LytTR family two component transcriptional regulator  26.72 
 
 		 247 aa  82.8  0.000000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 255 aa  82.4  0.000000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 265 aa  82.4  0.000000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 262 aa  82.4  0.000000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.21 
 
 		 275 aa  82.4  0.000000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  29.69 
 
 		 246 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  26.7 
 
 		 279 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 317 aa  81.3  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 240 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  28.57 
 
 		 246 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2084  response regulator receiver protein  33.93 
 
 		 202 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.69 
 
 		 260 aa  81.3  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  24.58 
 
 		 268 aa  80.9  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  26.85 
 
 		 268 aa  80.9  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  29.26 
 
 		 246 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  29.26 
 
 		 246 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  29.26 
 
 		 246 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  29.26 
 
 		 246 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.3 
 
 		 251 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  25.69 
 
 		 237 aa  79.7  0.00000000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.4 
 
 		 245 aa  79.7  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.13 
 
 		 265 aa  79.3  0.00000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  28.7 
 
 		 246 aa  78.6  0.00000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  26.72 
 
 		 246 aa  78.6  0.00000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  29.2 
 
 		 246 aa  78.6  0.00000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  23.79 
 
 		 248 aa  78.6  0.00000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.02 
 
 		 260 aa  77.8  0.0000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  25.59 
 
 		 238 aa  78.2  0.0000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 252 aa  77  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3668  two-component response regulator AlgR  28.51 
 
 		 243 aa  77.4  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00827536  normal  0.334671 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  25.71 
 
 		 242 aa  77.4  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.9 
 
 		 237 aa  77.4  0.0000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  31.61 
 
 		 242 aa  77.8  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.44 
 
 		 251 aa  77.4  0.0000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.81 
 
 		 246 aa  76.6  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5950  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.62 
 
 		 253 aa  77  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.792388  normal  0.0587504 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0904  LytTR family two component transcriptional regulator  28.7 
 
 		 243 aa  76.6  0.0000000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2957  response regulator receiver protein  26.79 
 
 		 236 aa  76.3  0.0000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00954821  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  28.07 
 
 		 246 aa  75.9  0.0000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3000  response regulator receiver domain-containing protein  29.7 
 
 		 229 aa  75.5  0.0000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248508 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 253 aa  75.1  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0671  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.77 
 
 		 251 aa  73.9  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.48 
 
 		 257 aa  73.6  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2656  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.65 
 
 		 250 aa  73.6  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.81917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3889  response regulator receiver protein  38.18 
 
 		 374 aa  73.6  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  25.59 
 
 		 260 aa  72.8  0.000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.32 
 
 		 260 aa  73.2  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0582  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.45 
 
 		 253 aa  73.2  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000831919  hitchhiker  0.00409076 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>