More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4995 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4995  pseudouridine synthase  100 
 
 		 212 aa  439  9.999999999999999e-123  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000878129  normal  0.0980616 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3319  pseudouridine synthase  65.15 
 
 		 225 aa  264  1e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1012  RNA pseudouridylate synthase, small subunit  63.59 
 
 		 224 aa  262  2e-69  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0522  pseudouridine synthase  40.91 
 
 		 198 aa  140  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0077  pseudouridine synthase  45.74 
 
 		 190 aa  137  1e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10398  RNA pseudouridine synthase family protein  40 
 
 		 195 aa  125  5e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2984  pseudouridine synthase  40.74 
 
 		 201 aa  121  6e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0677  pseudouridine synthase  37.31 
 
 		 194 aa  121  9e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0674596  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2512  pseudouridine synthase  39.25 
 
 		 217 aa  118  7.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00465534  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1298  23S rRNA pseudouridine synthase E  39.25 
 
 		 217 aa  118  7.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2468  23S rRNA pseudouridine synthase E  39.25 
 
 		 217 aa  118  7.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1596  23S rRNA pseudouridine synthase E  39.78 
 
 		 207 aa  117  9e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000922076 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0814  pseudouridine synthase  40.11 
 
 		 182 aa  117  9e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.572557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1313  23S rRNA pseudouridine synthase E  39.78 
 
 		 217 aa  117  9.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01133  23S rRNA pseudouridine synthase  39.78 
 
 		 217 aa  116  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3808  pseudouridine synthase  36.96 
 
 		 188 aa  117  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.56065 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  39.01 
 
 		 178 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.208535  normal  0.739458 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01141  hypothetical protein  39.89 
 
 		 215 aa  115  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  36.17 
 
 		 208 aa  115  5e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.403146 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0942  pseudouridine synthase  38.92 
 
 		 202 aa  115  5e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0290973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1722  pseudouridine synthase  36.17 
 
 		 208 aa  115  5e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1255  23S rRNA pseudouridine synthase E  38.38 
 
 		 217 aa  115  6e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105228  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  36.17 
 
 		 208 aa  114  6.9999999999999995e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2056  pseudouridine synthase  38.76 
 
 		 180 aa  113  2.0000000000000002e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.939172  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1154  RNA pseudouridine synthase family protein  39.89 
 
 		 209 aa  113  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1381  pseudouridine synthase  37.37 
 
 		 204 aa  113  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.398718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1351  pseudouridine synthase  37.37 
 
 		 204 aa  112  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1990  23S rRNA pseudouridine synthase E  38.17 
 
 		 207 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.82324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1316  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  39.04 
 
 		 245 aa  111  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.144995 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1100  pseudouridine synthase, Rsu  36.87 
 
 		 185 aa  111  7.000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0759  pseudouridine synthase  39.46 
 
 		 197 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1947  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  38.5 
 
 		 245 aa  109  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1338  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  38.5 
 
 		 245 aa  109  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.0256703 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1683  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  37.16 
 
 		 213 aa  108  6e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000674605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0982  pseudouridine synthase  36.76 
 
 		 220 aa  108  6e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0784164 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1354  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  37.97 
 
 		 245 aa  108  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.971791  normal  0.425008 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1227  pseudouridine synthase  35.38 
 
 		 195 aa  108  7.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.664388 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0710  pseudouridine synthase family 1 protein  37.17 
 
 		 290 aa  107  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2403  pseudouridine synthase, Rsu  33.85 
 
 		 201 aa  107  2e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0799405  normal  0.443571 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1578  pseudouridine synthase  37.63 
 
 		 188 aa  106  2e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.587542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3888  pseudouridine synthase  36.76 
 
 		 189 aa  106  3e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.655167 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2129  RNA pseudouridine synthase family protein  37.97 
 
 		 245 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417959 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3113  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  36.96 
 
 		 182 aa  105  6e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0356  pseudouridine synthase, Rsu  38.5 
 
 		 204 aa  104  9e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01560  hypothetical protein  36.46 
 
 		 176 aa  104  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0242  pseudouridine synthase  34.24 
 
 		 211 aa  103  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2024  pseudouridine synthase  37.14 
 
 		 178 aa  103  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.203585  normal  0.0886528 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1871  pseudouridine synthase  34.57 
 
 		 218 aa  103  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.163248  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4021  pseudouridine synthase  39.25 
 
 		 195 aa  102  3e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1944  pseudouridine synthase  34.74 
 
 		 218 aa  102  3e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.469445  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1514  pseudouridine synthase, Rsu  35.42 
 
 		 199 aa  102  4e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.843798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1685  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  37.84 
 
 		 188 aa  102  4e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1760  pseudouridine synthase  37.57 
 
 		 202 aa  102  5e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003960  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  36.31 
 
 		 233 aa  102  5e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0843  RNA pseudouridine synthase family protein  38.04 
 
 		 218 aa  101  8e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.626046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2977  pseudouridine synthase  32.96 
 
 		 180 aa  101  9e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0847  hypothetical protein  36.5 
 
 		 200 aa  100  1e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1939  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  35.33 
 
 		 199 aa  101  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0548  RNA pseudouridine synthase family protein  34.05 
 
 		 198 aa  100  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0167087  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0678  pseudouridine synthase, Rsu  34.8 
 
 		 213 aa  100  2e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.854611  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  37.29 
 
 		 257 aa  100  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2896  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  34.48 
 
 		 214 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.438236 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1983  pseudouridine synthase, Rsu  33.83 
 
 		 230 aa  99.8  3e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0680971 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1484  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  33.89 
 
 		 177 aa  99.8  3e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000142179  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2156  pseudouridine synthase  34.04 
 
 		 209 aa  99.4  4e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0322435  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3002  pseudouridine synthase  34.78 
 
 		 229 aa  99  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.549118  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2138  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  33.89 
 
 		 176 aa  99  4e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0137061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1161  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  35.14 
 
 		 221 aa  98.6  5e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00928122 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  33.52 
 
 		 210 aa  97.8  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0876  hypothetical protein  37.78 
 
 		 200 aa  97.8  1e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2060  pseudouridylate synthase  34.76 
 
 		 212 aa  97.4  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00435727  normal  0.885257 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1562  pseudouridylate synthase  36.21 
 
 		 264 aa  96.7  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00777765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1335  pseudouridine synthase  31.91 
 
 		 221 aa  97.1  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.994233  normal  0.557471 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2061  pseudouridine synthase  33.51 
 
 		 208 aa  97.4  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.355641  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3254  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  32.04 
 
 		 191 aa  96.3  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.712431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  33.89 
 
 		 206 aa  95.9  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  35.48 
 
 		 217 aa  95.9  4e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.269705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4654  pseudouridine synthase  35.33 
 
 		 210 aa  95.9  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.250689 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5857  pseudouridine synthase, Rsu  33.33 
 
 		 192 aa  95.5  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.833933  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4794  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  35.56 
 
 		 210 aa  95.1  6e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0769  pseudouridine synthase  33.15 
 
 		 228 aa  95.1  6e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000104471 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2089  pseudouridine synthase  34.62 
 
 		 203 aa  94.7  8e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2536  pseudouridine synthase  34.81 
 
 		 244 aa  94.4  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0853  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  32.61 
 
 		 180 aa  94.4  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.711154 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1875  pseudouridine synthase  36.57 
 
 		 282 aa  94  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.414876  hitchhiker  0.0000094043 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2573  pseudouridine synthase, Rsu  33.92 
 
 		 192 aa  94.4  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2898  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  34.48 
 
 		 201 aa  93.6  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  33.91 
 
 		 216 aa  93.6  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.102184  normal  0.0693949 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2231  pseudouridylate synthase  36.57 
 
 		 270 aa  93.6  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00399974  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4336  pseudouridine synthase, Rsu  34.24 
 
 		 210 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0252697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1605  pseudouridine synthase  33.72 
 
 		 195 aa  93.6  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000269672  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02367  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  31.87 
 
 		 180 aa  94  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.020517  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1363  pseudouridine synthase  33.91 
 
 		 216 aa  93.6  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00149286  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2378  pseudouridine synthase, Rsu  34.25 
 
 		 192 aa  94  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0624832  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0410  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  31.84 
 
 		 177 aa  93.6  2e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0000693978  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30.73 
 
 		 269 aa  94  2e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0313  pseudouridine synthase, Rsu  32.82 
 
 		 208 aa  93.2  3e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.222018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2444  pseudouridine synthase  33.92 
 
 		 192 aa  93.2  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000696433 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2589  pseudouridine synthase  36.57 
 
 		 282 aa  92.8  4e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00041275  normal  0.0546564 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2469  pseudouridine synthase  36.57 
 
 		 282 aa  92.8  4e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000626747  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>