More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_2089 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_2089  pseudouridine synthase  100 
 
 		 203 aa  419  1e-116  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0286  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  70.53 
 
 		 208 aa  313  8e-85  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0313  pseudouridine synthase, Rsu  69.57 
 
 		 208 aa  308  4e-83  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.222018  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2512  pseudouridine synthase  54.01 
 
 		 217 aa  193  1e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00465534  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2468  23S rRNA pseudouridine synthase E  54.01 
 
 		 217 aa  193  1e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1990  23S rRNA pseudouridine synthase E  54.89 
 
 		 207 aa  193  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.82324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1596  23S rRNA pseudouridine synthase E  54.35 
 
 		 207 aa  193  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000922076 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1298  23S rRNA pseudouridine synthase E  54.01 
 
 		 217 aa  193  1e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1313  23S rRNA pseudouridine synthase E  54.35 
 
 		 217 aa  193  2e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01133  23S rRNA pseudouridine synthase  53.26 
 
 		 217 aa  190  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1255  23S rRNA pseudouridine synthase E  53.48 
 
 		 217 aa  190  1e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105228  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01141  hypothetical protein  53.26 
 
 		 215 aa  190  1e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  54.4 
 
 		 217 aa  190  1e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.269705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  52.38 
 
 		 208 aa  189  2e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.403146 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1562  pseudouridylate synthase  53.85 
 
 		 264 aa  189  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00777765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1722  pseudouridine synthase  52.38 
 
 		 208 aa  189  2.9999999999999997e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  51.85 
 
 		 208 aa  187  8e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1316  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  53.3 
 
 		 245 aa  187  9e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.144995 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2129  RNA pseudouridine synthase family protein  51.89 
 
 		 245 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417959 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2024  pseudouridine synthase  52.75 
 
 		 178 aa  185  3e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.203585  normal  0.0886528 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1354  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  52.75 
 
 		 245 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.971791  normal  0.425008 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1947  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  52.75 
 
 		 245 aa  185  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1338  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  52.75 
 
 		 245 aa  185  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.0256703 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1484  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  53.85 
 
 		 177 aa  184  8e-46  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000142179  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2060  pseudouridylate synthase  49.74 
 
 		 212 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00435727  normal  0.885257 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2589  pseudouridine synthase  49.47 
 
 		 282 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00041275  normal  0.0546564 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2469  pseudouridine synthase  49.47 
 
 		 282 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000626747  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  50.52 
 
 		 215 aa  182  3e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2476  pseudouridine synthase  48.95 
 
 		 270 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000480491  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2231  pseudouridylate synthase  49.47 
 
 		 270 aa  181  5.0000000000000004e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00399974  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1944  pseudouridine synthase  49.21 
 
 		 218 aa  181  8.000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.469445  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  47.64 
 
 		 210 aa  179  2.9999999999999997e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1875  pseudouridine synthase  48.95 
 
 		 282 aa  177  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.414876  hitchhiker  0.0000094043 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2536  pseudouridine synthase  47.4 
 
 		 244 aa  176  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1680  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  48.95 
 
 		 265 aa  177  1e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1749  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  48.95 
 
 		 269 aa  177  1e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3113  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  51.58 
 
 		 182 aa  176  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1605  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  49.2 
 
 		 261 aa  176  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0188099  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0548  RNA pseudouridine synthase family protein  51.09 
 
 		 198 aa  176  3e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0167087  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2898  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  51.1 
 
 		 201 aa  176  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0710  pseudouridine synthase family 1 protein  50.26 
 
 		 290 aa  174  6e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2302  pseudouridine synthase, Rsu  51.58 
 
 		 185 aa  174  8e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.690278 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01560  hypothetical protein  47.59 
 
 		 176 aa  174  9e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4336  pseudouridine synthase, Rsu  52.38 
 
 		 210 aa  173  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0252697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3254  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  50.27 
 
 		 191 aa  174  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.712431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1100  pseudouridine synthase, Rsu  51.89 
 
 		 185 aa  174  9.999999999999999e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2378  pseudouridine synthase, Rsu  48.4 
 
 		 192 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0624832  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2703  pseudouridine synthase  46.84 
 
 		 235 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.011903 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3888  pseudouridine synthase  50 
 
 		 189 aa  172  2.9999999999999996e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.655167 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4794  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  51.85 
 
 		 210 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2156  pseudouridine synthase  47.09 
 
 		 209 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0322435  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2061  pseudouridine synthase  47.57 
 
 		 208 aa  172  3.9999999999999995e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.355641  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1871  pseudouridine synthase  47.09 
 
 		 218 aa  171  5e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.163248  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2258  pseudouridine synthase, Rsu  50 
 
 		 235 aa  170  1e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0982  pseudouridine synthase  48.39 
 
 		 220 aa  169  3e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0784164 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1882  pseudouridine synthase, Rsu  47.06 
 
 		 236 aa  169  3e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.733285  decreased coverage  0.0000000160719 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03272  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  51.1 
 
 		 200 aa  168  4e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003960  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  49.2 
 
 		 233 aa  168  4e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2138  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  51.1 
 
 		 176 aa  168  4e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0137061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0642  pseudouridine synthase  52.17 
 
 		 209 aa  168  6e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.498464  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2056  pseudouridine synthase  48.39 
 
 		 180 aa  167  9e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.939172  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0847  hypothetical protein  45.64 
 
 		 200 aa  167  1e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4832  pseudouridine synthase  52.72 
 
 		 212 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4654  pseudouridine synthase  51.32 
 
 		 210 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.250689 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1161  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  51.08 
 
 		 221 aa  167  1e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00928122 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0876  hypothetical protein  44.62 
 
 		 200 aa  166  2e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2374  pseudouridine synthase  48.37 
 
 		 180 aa  166  2e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.177247 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1830  pseudouridine synthase, Rsu  45.73 
 
 		 242 aa  166  2e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1683  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  49.48 
 
 		 213 aa  166  2.9999999999999998e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000674605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  50.26 
 
 		 206 aa  164  8e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09940  Pseudouridine synthase, RluE  50 
 
 		 210 aa  164  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.304404  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2977  pseudouridine synthase  50.28 
 
 		 180 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02367  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  46.52 
 
 		 180 aa  164  1.0000000000000001e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.020517  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0242  pseudouridine synthase  47.34 
 
 		 211 aa  163  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1760  pseudouridine synthase  48.69 
 
 		 202 aa  163  2.0000000000000002e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4941  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  48.65 
 
 		 211 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1363  pseudouridine synthase  50.56 
 
 		 216 aa  162  2.0000000000000002e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00149286  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  47.69 
 
 		 257 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1335  pseudouridine synthase  47.67 
 
 		 221 aa  162  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.994233  normal  0.557471 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0410  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  48.35 
 
 		 177 aa  163  2.0000000000000002e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0000693978  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1939  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  50 
 
 		 199 aa  162  3e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12540  putative pseudouridine synthase  48.68 
 
 		 189 aa  162  3e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  49.19 
 
 		 178 aa  162  4.0000000000000004e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.208535  normal  0.739458 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  50 
 
 		 216 aa  161  8.000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.102184  normal  0.0693949 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2403  pseudouridine synthase, Rsu  48.42 
 
 		 201 aa  160  1e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0799405  normal  0.443571 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1141  putative pseudouridine synthase  48.65 
 
 		 189 aa  159  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0853  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  46.56 
 
 		 180 aa  153  2e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.711154 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1983  pseudouridine synthase, Rsu  46.71 
 
 		 230 aa  150  8e-36  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0680971 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3002  pseudouridine synthase  46.24 
 
 		 229 aa  150  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.549118  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2896  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  48.33 
 
 		 214 aa  150  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.438236 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0678  pseudouridine synthase, Rsu  46.11 
 
 		 213 aa  149  3e-35  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.854611  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1227  pseudouridine synthase  47.25 
 
 		 195 aa  149  4e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.664388 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1381  pseudouridine synthase  49.72 
 
 		 204 aa  149  4e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.398718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1351  pseudouridine synthase  48.3 
 
 		 204 aa  147  7e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4021  pseudouridine synthase  46.96 
 
 		 195 aa  146  2.0000000000000003e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1605  pseudouridine synthase  43.96 
 
 		 195 aa  145  3e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000269672  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3808  pseudouridine synthase  42.33 
 
 		 188 aa  145  6e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.56065 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0356  pseudouridine synthase, Rsu  45.86 
 
 		 204 aa  144  7.0000000000000006e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08541  pseudouridine synthase  46.63 
 
 		 203 aa  140  9e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2984  pseudouridine synthase  44.69 
 
 		 201 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>