More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1358 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_1358  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  100 
 
 		 588 aa  1189    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1400  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  89.14 
 
 		 581 aa  1017    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1432  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  53.1 
 
 		 576 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00407883  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2150  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  49.34 
 
 		 604 aa  549  1e-155  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00157683  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0770  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  50.69 
 
 		 579 aa  535  1e-151  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0335755  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1892  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  49.16 
 
 		 594 aa  511  1e-143  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087164  hitchhiker  0.00000000000433292 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0578  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  47.91 
 
 		 601 aa  493  9.999999999999999e-139  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0998  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  49.14 
 
 		 586 aa  486  1e-136  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.502416 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0323  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  48.24 
 
 		 599 aa  482  1e-134  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  48.18 
 
 		 595 aa  475  1e-133  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.559097  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0343  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  47.67 
 
 		 599 aa  470  1.0000000000000001e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1056  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  42.16 
 
 		 609 aa  387  1e-106  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.923429  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02667  exonuclease V (RecBCD complex), alpha chain  40.03 
 
 		 608 aa  364  2e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.690529  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4084  exonuclease V subunit alpha  40.07 
 
 		 608 aa  364  2e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02628  hypothetical protein  40.03 
 
 		 608 aa  364  2e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.627808  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2966  exonuclease V subunit alpha  40.41 
 
 		 608 aa  364  3e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0872  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.86 
 
 		 608 aa  363  4e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.938405  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3139  exonuclease V subunit alpha  39.86 
 
 		 608 aa  363  4e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3043  exonuclease V subunit alpha  39.86 
 
 		 608 aa  363  4e-99  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.225396  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0896  exonuclease V subunit alpha  39.86 
 
 		 608 aa  363  4e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.367719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2965  exonuclease V subunit alpha  39.69 
 
 		 608 aa  362  1e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0915  exonuclease V subunit alpha  40.76 
 
 		 619 aa  359  6e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.718919  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002686  exodeoxyribonuclease V alpha chain  36.65 
 
 		 715 aa  357  5e-97  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3813  exonuclease V subunit alpha  40.69 
 
 		 621 aa  355  1e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.752384  hitchhiker  0.00686322 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3219  exonuclease V subunit alpha  40.73 
 
 		 611 aa  354  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3205  exonuclease V subunit alpha  40.73 
 
 		 611 aa  354  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3156  exonuclease V subunit alpha  40.43 
 
 		 611 aa  353  4e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3139  exonuclease V subunit alpha  40.43 
 
 		 611 aa  353  5e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3319  exonuclease V subunit alpha  40.3 
 
 		 611 aa  352  1e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.940485 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3262  exonuclease V subunit alpha  40.73 
 
 		 607 aa  350  5e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3230  exonuclease V subunit alpha  38.28 
 
 		 652 aa  347  3e-94  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.91996 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4536  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.37 
 
 		 691 aa  347  3e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.636293  normal  0.640936 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0992  exonuclease V subunit alpha  37.98 
 
 		 657 aa  346  6e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1044  exonuclease V subunit alpha  37.98 
 
 		 657 aa  346  7e-94  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4672  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.03 
 
 		 691 aa  346  7e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.156704 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3388  exonuclease V subunit alpha  39.9 
 
 		 618 aa  345  2e-93  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1903  exodeoxyribonuclease V, 67 kDa subunit  36.59 
 
 		 706 aa  345  2e-93  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0692  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  42.93 
 
 		 603 aa  343  5.999999999999999e-93  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0682  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.69 
 
 		 697 aa  343  7e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0762  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.69 
 
 		 691 aa  342  1e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.089759 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1758  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.99 
 
 		 737 aa  342  1e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1987  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.48 
 
 		 676 aa  340  4e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000228018  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3006  exonuclease V subunit alpha  40.75 
 
 		 616 aa  338  1.9999999999999998e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4670  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.94 
 
 		 691 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0281806 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51700  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40 
 
 		 703 aa  337  5e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55660  exodeoxyribonuclease V alpha chain  40.61 
 
 		 721 aa  336  7.999999999999999e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866156  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.69 
 
 		 697 aa  335  1e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0690  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.32 
 
 		 702 aa  333  4e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2421  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.63 
 
 		 664 aa  333  7.000000000000001e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3231  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.36 
 
 		 639 aa  330  4e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00025834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1460  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.74 
 
 		 698 aa  329  8e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4850  exodeoxyribonuclease V alpha chain  40.15 
 
 		 720 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.61173  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03300  hypothetical protein  43.8 
 
 		 725 aa  326  9e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0682  exodeoxyribonuclease V alpha chain  41.91 
 
 		 674 aa  325  1e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.163912  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1935  exodeoxyribonuclease V  36.57 
 
 		 683 aa  324  2e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.280429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1170  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.29 
 
 		 655 aa  324  2e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.768019  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2548  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.55 
 
 		 650 aa  322  9.999999999999999e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.975526 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2933  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.55 
 
 		 646 aa  322  9.999999999999999e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.238613  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2643  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.82 
 
 		 682 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.108895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1773  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.91 
 
 		 706 aa  320  3.9999999999999996e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2247  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.59 
 
 		 701 aa  320  3.9999999999999996e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.271795 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1902  exodeoxyribonuclease V  39.16 
 
 		 631 aa  318  1e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1851  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.19 
 
 		 710 aa  316  6e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1623  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.66 
 
 		 679 aa  315  1.9999999999999998e-84  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.127673  normal  0.170261 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.46 
 
 		 739 aa  311  2e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000685942 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2147  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.12 
 
 		 712 aa  311  2.9999999999999997e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2112  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.75 
 
 		 686 aa  303  6.000000000000001e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.4 
 
 		 662 aa  302  1e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4567  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  41.59 
 
 		 708 aa  300  5e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2169  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.23 
 
 		 601 aa  300  6e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.613998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1269  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.09 
 
 		 680 aa  297  4e-79  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1847  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.73 
 
 		 683 aa  295  1e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.401727  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1747  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.79 
 
 		 672 aa  295  1e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0010  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.24 
 
 		 750 aa  294  3e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4566  hypothetical protein  34.12 
 
 		 739 aa  291  3e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2280  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.12 
 
 		 739 aa  291  3e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2046  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.12 
 
 		 739 aa  289  8e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.591294  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0371  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.17 
 
 		 588 aa  289  1e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.219276  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2093  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.07 
 
 		 740 aa  288  2e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2026  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.78 
 
 		 681 aa  288  2e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2292  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.92 
 
 		 740 aa  288  2e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.615762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0805  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.8 
 
 		 703 aa  287  4e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.983579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4013  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  42.72 
 
 		 626 aa  281  3e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.123788 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2767  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.02 
 
 		 769 aa  277  4e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1208  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.9 
 
 		 551 aa  276  7e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.19 
 
 		 687 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0522  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.16 
 
 		 735 aa  272  1e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.496827  hitchhiker  0.000245551 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3374  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  41.8 
 
 		 616 aa  270  4e-71  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.860557 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2745  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.34 
 
 		 641 aa  269  1e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1980  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.84 
 
 		 714 aa  266  1e-69  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.74 
 
 		 555 aa  261  2e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0547  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.43 
 
 		 619 aa  260  4e-68  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.607405  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1744  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.74 
 
 		 639 aa  257  5e-67  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1812  exodeoxyribonuclease V  37.58 
 
 		 639 aa  255  2.0000000000000002e-66  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10640  exonuclease V alpha subunit recD  38.84 
 
 		 575 aa  253  8.000000000000001e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.47997e-19  normal  0.376997 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2353  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.95 
 
 		 767 aa  251  2e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03905  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.25 
 
 		 750 aa  250  4e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.824272  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0903  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.02 
 
 		 580 aa  247  4e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0479062 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3906  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.64 
 
 		 632 aa  246  6e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.436608  normal  0.0788816 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0928  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.99 
 
 		 674 aa  246  6e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>