More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_0345 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 		 351 aa  692    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.59 
 
 		 335 aa  322  6e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.46 
 
 		 334 aa  308  8e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.46 
 
 		 347 aa  308  9e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.87 
 
 		 321 aa  306  4.0000000000000004e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  46.84 
 
 		 377 aa  303  2.0000000000000002e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  53.23 
 
 		 334 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  56.43 
 
 		 345 aa  303  4.0000000000000003e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.27 
 
 		 337 aa  295  9e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  54.55 
 
 		 343 aa  294  1e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  54.55 
 
 		 343 aa  294  2e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50 
 
 		 343 aa  291  1e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  52.34 
 
 		 346 aa  291  2e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  50.44 
 
 		 376 aa  290  3e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  50.87 
 
 		 482 aa  290  3e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2215  RluA family pseudouridine synthase  53.78 
 
 		 341 aa  290  4e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.550248  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  52.65 
 
 		 349 aa  289  6e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.34 
 
 		 343 aa  288  9e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  55.45 
 
 		 334 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  52.32 
 
 		 322 aa  286  4e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.69 
 
 		 326 aa  286  4e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  53.78 
 
 		 337 aa  286  5e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  53.97 
 
 		 332 aa  285  7e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  54.08 
 
 		 336 aa  285  9e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  50.6 
 
 		 391 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  53.33 
 
 		 349 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  53.47 
 
 		 334 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.03 
 
 		 349 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  49.7 
 
 		 336 aa  280  2e-74  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2431  pseudouridine synthase, RluD  50.45 
 
 		 351 aa  281  2e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0293774 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  51.56 
 
 		 341 aa  279  5e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  52.91 
 
 		 342 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  49.69 
 
 		 326 aa  272  6e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.54 
 
 		 332 aa  272  6e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  49.4 
 
 		 341 aa  269  5e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  51.21 
 
 		 342 aa  268  1e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  51.04 
 
 		 426 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.24 
 
 		 332 aa  264  2e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  51.54 
 
 		 324 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  50.31 
 
 		 326 aa  261  1e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  48.24 
 
 		 315 aa  260  3e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  47.98 
 
 		 343 aa  259  6e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.23 
 
 		 310 aa  259  7e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.83 
 
 		 306 aa  258  1e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  45.6 
 
 		 304 aa  255  8e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.71 
 
 		 303 aa  254  1.0000000000000001e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  48.72 
 
 		 320 aa  253  3e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  45.77 
 
 		 313 aa  250  2e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  43.63 
 
 		 304 aa  250  2e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  47.65 
 
 		 331 aa  250  3e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  50.16 
 
 		 322 aa  249  6e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  46.56 
 
 		 304 aa  247  2e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  46.96 
 
 		 306 aa  247  2e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2859  pseudouridine synthase, RluD  54.51 
 
 		 264 aa  248  2e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  44.55 
 
 		 313 aa  247  2e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2610  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.76 
 
 		 347 aa  246  4.9999999999999997e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000916578 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  44.34 
 
 		 305 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  43.65 
 
 		 306 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  47.51 
 
 		 323 aa  244  1.9999999999999999e-63  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  47.97 
 
 		 334 aa  240  2e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  48.88 
 
 		 319 aa  240  2.9999999999999997e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.28 
 
 		 322 aa  239  4e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  46.25 
 
 		 306 aa  239  4e-62  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  48.24 
 
 		 319 aa  239  5.999999999999999e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  41.8 
 
 		 305 aa  239  6.999999999999999e-62  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  46.56 
 
 		 306 aa  238  9e-62  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.06 
 
 		 313 aa  235  7e-61  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  46.93 
 
 		 309 aa  234  1.0000000000000001e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  47.5 
 
 		 315 aa  232  7.000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  45.75 
 
 		 305 aa  232  8.000000000000001e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0540  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.23 
 
 		 323 aa  231  2e-59  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.373783  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.95 
 
 		 313 aa  230  3e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  44.8 
 
 		 400 aa  229  4e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  45.48 
 
 		 360 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  45.48 
 
 		 402 aa  229  5e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  45.48 
 
 		 402 aa  229  5e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.48 
 
 		 402 aa  229  6e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.34 
 
 		 319 aa  229  8e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  43.56 
 
 		 305 aa  228  9e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  48.23 
 
 		 327 aa  228  1e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  42.95 
 
 		 348 aa  228  1e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2034  pseudouridine synthase, RluA family  45.57 
 
 		 340 aa  227  2e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0680786  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  44.73 
 
 		 310 aa  227  3e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  45.77 
 
 		 405 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  45.77 
 
 		 407 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  46.56 
 
 		 311 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  42.63 
 
 		 302 aa  225  7e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  41.46 
 
 		 306 aa  225  7e-58  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  42.81 
 
 		 343 aa  225  7e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  43.96 
 
 		 318 aa  225  8e-58  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  45.25 
 
 		 326 aa  225  8e-58  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0486  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.68 
 
 		 337 aa  225  8e-58  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.766955  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  42.63 
 
 		 302 aa  224  1e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  46.23 
 
 		 311 aa  225  1e-57  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  42.99 
 
 		 319 aa  224  2e-57  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  45.08 
 
 		 326 aa  224  2e-57  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  40.74 
 
 		 302 aa  224  2e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  40.74 
 
 		 302 aa  224  2e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2550  pseudouridine synthase, RluD  44.75 
 
 		 319 aa  223  3e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.347335  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  43.83 
 
 		 318 aa  223  3e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>