71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1378 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1378  putative transcriptional activator  100 
 
 		 228 aa  470  1e-132  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.857298  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2779  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.86 
 
 		 246 aa  204  1e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.960019 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3373  anti-sigma factor ChrR, putative  44.1 
 
 		 224 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1985  transcriptional activator, putative  42.17 
 
 		 230 aa  193  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1477  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.68 
 
 		 249 aa  191  9e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.688237  normal  0.852126 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2276  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.38 
 
 		 231 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2348  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.95 
 
 		 231 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.527033  normal  0.0659937 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2466  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.26 
 
 		 231 aa  176  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2637  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.92 
 
 		 240 aa  176  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2598  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.27 
 
 		 243 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2319  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.66 
 
 		 228 aa  176  3e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2323  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.41 
 
 		 235 aa  175  4e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.586398  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2712  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.86 
 
 		 243 aa  175  7e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1748  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.86 
 
 		 243 aa  175  7e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0800571  hitchhiker  0.00180975 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0996  anti-ECFsigma factor, ChrR  40 
 
 		 216 aa  168  7e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2037  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.44 
 
 		 262 aa  152  4e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.280175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1333  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.62 
 
 		 223 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0130181  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01438  Transcription negative regulator ChrR  29.84 
 
 		 246 aa  113  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4076  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.08 
 
 		 231 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03283  hypothetical protein  30.77 
 
 		 219 aa  108  6e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1890  putative transcriptional activator  28.15 
 
 		 226 aa  102  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002701  putative transcriptional activator ChrR  28.09 
 
 		 219 aa  99.8  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0090  anti sigma factor protein  28.39 
 
 		 230 aa  94.7  9e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2472  anti-sigm factor, ChrR  28.02 
 
 		 223 aa  92  7e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.483016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0416  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.95 
 
 		 211 aa  89.7  4e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.168999 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0721  anti-Sigm factor, ChrR  26.07 
 
 		 224 aa  79.7  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699177  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3569  transcriptional regulator  24.02 
 
 		 223 aa  79.3  0.00000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2935  anti-ECFsigma factor, ChrR  24.46 
 
 		 214 aa  78.2  0.00000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.714383  normal  0.0760187 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2756  anti-ECFsigma factor, ChrR  25.11 
 
 		 213 aa  75.9  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0365  anti-ECFsigma factor  27.39 
 
 		 223 aa  76.3  0.0000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.931641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1093  anti-sigma factor ChrR  24.56 
 
 		 213 aa  74.3  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0517  anti-ECFsigma factor, ChrR  24.56 
 
 		 212 aa  72  0.000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112614  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2958  transcriptional regulator  25.78 
 
 		 216 aa  69.3  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.406558 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1553  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.5 
 
 		 212 aa  68.9  0.00000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1630  anti-ECFsigma factor, ChrR  22.84 
 
 		 235 aa  68.2  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1618  anti-ECFsigma factor, ChrR  24.77 
 
 		 214 aa  67  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1439  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.1 
 
 		 214 aa  65.1  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.297382 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1042  transcriptional activator ChrR  23.63 
 
 		 220 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.998121  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1960  anti-ECFsigma factor, ChrR  25.11 
 
 		 214 aa  61.6  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0408517 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4022  anti-sigm factor, ChrR  26.67 
 
 		 213 aa  60.5  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0487  anti-sigm factor, ChrR  34.78 
 
 		 219 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0339  anti-sigma factor ChrR, putative  24.36 
 
 		 218 aa  59.7  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0891  transcriptional activator ChrR  23.14 
 
 		 220 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.627944 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0550  anti-ECFsigma factor, ChrR  24.68 
 
 		 220 aa  58.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1454  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.24 
 
 		 125 aa  53.9  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5392  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.48 
 
 		 227 aa  51.6  0.000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.503327  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6449  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.67 
 
 		 117 aa  51.2  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0335897 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4481  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.67 
 
 		 117 aa  51.2  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0275  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.44 
 
 		 227 aa  50.1  0.00003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5650  Allophanate hydrolase  39.66 
 
 		 114 aa  48.5  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0555941  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1362  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.85 
 
 		 218 aa  46.6  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0025  transcriptional activator anti-ECFsigma factor  36.07 
 
 		 223 aa  46.2  0.0004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322497  normal  0.142099 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1575  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.48 
 
 		 220 aa  46.2  0.0004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1332  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.87 
 
 		 228 aa  46.6  0.0004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.469882 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1793  transcriptional regulator  30.12 
 
 		 230 aa  45.8  0.0005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.376612  normal  0.0711079 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1867  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.57 
 
 		 226 aa  45.8  0.0006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.947993 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4157  anti-sigm factor, ChrR  35.48 
 
 		 219 aa  45.8  0.0006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.424525 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0586  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.87 
 
 		 222 aa  45.8  0.0006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1373  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.26 
 
 		 239 aa  44.3  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.86738  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02219  predicted transcription negative regulator  30.3 
 
 		 218 aa  43.9  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.279228  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1782  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.33 
 
 		 234 aa  43.9  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0336195  normal  0.05616 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1946  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.29 
 
 		 224 aa  43.9  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00378013  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0821  hypothetical protein  32.79 
 
 		 214 aa  43.5  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6445  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.85 
 
 		 244 aa  43.1  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0451  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.57 
 
 		 241 aa  43.1  0.004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38082 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1495  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.3 
 
 		 222 aa  42.4  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2083  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.85 
 
 		 222 aa  42.4  0.006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.246255  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6152  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.85 
 
 		 222 aa  42.4  0.007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4129  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.03 
 
 		 235 aa  42  0.007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3608  anti-Sigm factor, ChrR  29.41 
 
 		 132 aa  42  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_41079  predicted protein  30.3 
 
 		 243 aa  42  0.008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>