More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_1999 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_1999  D-amino-acid dehydrogenase  100 
 
 		 403 aa  816    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1545  D-amino-acid dehydrogenase  65.76 
 
 		 406 aa  484  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4738  D-amino-acid dehydrogenase  65.17 
 
 		 408 aa  466  9.999999999999999e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0069  D-amino-acid dehydrogenase  56.72 
 
 		 411 aa  405  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1936  D-amino-acid dehydrogenase  56.19 
 
 		 429 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0466359 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4229  D-amino-acid dehydrogenase  48.87 
 
 		 415 aa  351  1e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.825619  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1385  D-amino-acid dehydrogenase  45.41 
 
 		 401 aa  332  7.000000000000001e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.71736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4708  D-amino-acid dehydrogenase  47.28 
 
 		 416 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0268741 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2001  D-amino-acid dehydrogenase  44.97 
 
 		 416 aa  320  3e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.930793 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1236  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  47.28 
 
 		 415 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1933  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  47.28 
 
 		 415 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0948  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  47.28 
 
 		 415 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1670  hypothetical protein  47.28 
 
 		 415 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0215  putative D-amino acid dehydrogenase 2, small subunit  47.28 
 
 		 415 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2211  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  47.28 
 
 		 415 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0305  putative D-amino acid dehydrogenase 2, small subunit  47.28 
 
 		 415 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3716  D-amino-acid dehydrogenase  45.61 
 
 		 429 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276162 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2074  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.37 
 
 		 422 aa  304  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00739126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5290  D-amino-acid dehydrogenase  45.27 
 
 		 413 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.483786 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0223  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  47.03 
 
 		 445 aa  301  1e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0700  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.32 
 
 		 425 aa  296  5e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4441  D-amino acid dehydrogenase 2 small subunit  46.48 
 
 		 417 aa  295  9e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.136724  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2589  D-amino acid dehydrogenase small subunit  46.82 
 
 		 426 aa  293  3e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.570213  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2262  D-amino acid dehydrogenase small subunit  46.06 
 
 		 425 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.66021  normal  0.350308 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5823  putative oxidoreductase  44.44 
 
 		 416 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2467  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.88 
 
 		 422 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67150  putative oxidoreductase  46.35 
 
 		 416 aa  282  8.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.54131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1546  FAD dependent oxidoreductase  42.33 
 
 		 419 aa  280  3e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3159  D-amino-acid dehydrogenase  42.23 
 
 		 436 aa  277  2e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.2 
 
 		 418 aa  277  3e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0808  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.05 
 
 		 416 aa  276  5e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3886  D-amino-acid dehydrogenase  41.75 
 
 		 436 aa  275  1.0000000000000001e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.694538 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.21 
 
 		 421 aa  274  3e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2380  D-amino-acid dehydrogenase  39.23 
 
 		 428 aa  272  7e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.87 
 
 		 421 aa  268  2e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004326  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.9 
 
 		 418 aa  267  2e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.72 
 
 		 416 aa  265  1e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.04 
 
 		 416 aa  265  2e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1408  D-amino-acid dehydrogenase  42.44 
 
 		 422 aa  264  2e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.04 
 
 		 416 aa  264  2e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4507  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.23 
 
 		 439 aa  264  2e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251273 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0751  D-amino-acid dehydrogenase  39.08 
 
 		 433 aa  264  2e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2864  D-amino-acid dehydrogenase  38.6 
 
 		 417 aa  263  3e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.30815  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.72 
 
 		 433 aa  263  4e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1556  D-amino-acid dehydrogenase  43 
 
 		 397 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.96 
 
 		 416 aa  261  2e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3877  D-amino-acid dehydrogenase  42.35 
 
 		 398 aa  258  9e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4311  D-amino-acid dehydrogenase  41.84 
 
 		 397 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.102581  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0528  D-amino-acid dehydrogenase  38.22 
 
 		 443 aa  258  1e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.0091768  hitchhiker  0.00000110387 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.46 
 
 		 416 aa  257  3e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3174  FAD dependent oxidoreductase  35.98 
 
 		 418 aa  254  1.0000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70040  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.48 
 
 		 432 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6078  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.48 
 
 		 432 aa  254  3e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.06 
 
 		 416 aa  254  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1503  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.37 
 
 		 425 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.839298  normal  0.265321 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  38.21 
 
 		 421 aa  251  2e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.47 
 
 		 432 aa  250  3e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0245  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.57 
 
 		 432 aa  248  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2389  D-amino-acid dehydrogenase  36.79 
 
 		 439 aa  247  3e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5180  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.98 
 
 		 434 aa  247  3e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6239  FAD dependent oxidoreductase  39.9 
 
 		 414 aa  246  4e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0122  D-amino-acid dehydrogenase  39.07 
 
 		 407 aa  246  6e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.79375 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6408  FAD dependent oxidoreductase  39.9 
 
 		 414 aa  246  6e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.874497  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6641  FAD dependent oxidoreductase  39.9 
 
 		 414 aa  246  6e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.73 
 
 		 434 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.14 
 
 		 433 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229652 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.73 
 
 		 434 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5526  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.89 
 
 		 434 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4473  D-amino-acid dehydrogenase  37.9 
 
 		 417 aa  241  1e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3394  FAD dependent oxidoreductase  39.16 
 
 		 414 aa  242  1e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.361362 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4434  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.41 
 
 		 432 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  hitchhiker  0.00000811455 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.24 
 
 		 434 aa  239  5.999999999999999e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3638  D-amino-acid dehydrogenase  40.8 
 
 		 397 aa  239  8e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.764265  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0101  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  36.39 
 
 		 433 aa  239  9e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  38.02 
 
 		 419 aa  239  9e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.15 
 
 		 419 aa  239  9e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.33 
 
 		 432 aa  238  2e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.72 
 
 		 432 aa  238  2e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34 
 
 		 417 aa  237  3e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.33 
 
 		 432 aa  236  4e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  33.33 
 
 		 432 aa  236  4e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.33 
 
 		 434 aa  236  4e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.33 
 
 		 432 aa  236  4e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.33 
 
 		 432 aa  236  4e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  33.33 
 
 		 432 aa  236  4e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.33 
 
 		 434 aa  236  4e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.33 
 
 		 432 aa  236  4e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0235  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.89 
 
 		 433 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2005  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.24 
 
 		 416 aa  236  5.0000000000000005e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143364  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.88 
 
 		 433 aa  236  5.0000000000000005e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0148  D-amino-acid dehydrogenase  37.35 
 
 		 445 aa  235  1.0000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.739629  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0558  D-amino-acid dehydrogenase small subunit  33.33 
 
 		 419 aa  235  1.0000000000000001e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.61 
 
 		 428 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3630  D-amino-acid dehydrogenase  33.75 
 
 		 417 aa  234  2.0000000000000002e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000258766 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0886  FAD dependent oxidoreductase  38.74 
 
 		 439 aa  234  2.0000000000000002e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204512 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3113  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.18 
 
 		 436 aa  233  3e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2974  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.12 
 
 		 428 aa  233  5e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34 
 
 		 417 aa  233  5e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2925  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.12 
 
 		 428 aa  233  5e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.12 
 
 		 428 aa  233  6e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>