More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0700 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0700  D-amino acid dehydrogenase small subunit  100 
 
 		 425 aa  850    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2589  D-amino acid dehydrogenase small subunit  77.23 
 
 		 426 aa  616  1e-175  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.570213  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2074  D-amino acid dehydrogenase small subunit  58.45 
 
 		 422 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00739126  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2467  D-amino acid dehydrogenase small subunit  58.92 
 
 		 422 aa  460  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2262  D-amino acid dehydrogenase small subunit  58.25 
 
 		 425 aa  413  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.66021  normal  0.350308 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4229  D-amino-acid dehydrogenase  52.18 
 
 		 415 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.825619  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4441  D-amino acid dehydrogenase 2 small subunit  53.55 
 
 		 417 aa  403  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.136724  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3716  D-amino-acid dehydrogenase  48.29 
 
 		 429 aa  388  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276162 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4708  D-amino-acid dehydrogenase  48.22 
 
 		 416 aa  372  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0268741 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1933  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  48.35 
 
 		 415 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1236  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  48.35 
 
 		 415 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0305  putative D-amino acid dehydrogenase 2, small subunit  48.35 
 
 		 415 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1670  hypothetical protein  48.35 
 
 		 415 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0948  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  48.35 
 
 		 415 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2211  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  48.35 
 
 		 415 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0215  putative D-amino acid dehydrogenase 2, small subunit  48.11 
 
 		 415 aa  355  1e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2001  D-amino-acid dehydrogenase  46.1 
 
 		 416 aa  351  1e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.930793 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0223  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  47.64 
 
 		 445 aa  348  1e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5823  putative oxidoreductase  47.48 
 
 		 416 aa  342  9e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5290  D-amino-acid dehydrogenase  45.63 
 
 		 413 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.483786 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67150  putative oxidoreductase  47.26 
 
 		 416 aa  325  8.000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.54131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1385  D-amino-acid dehydrogenase  41.61 
 
 		 401 aa  312  7.999999999999999e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.71736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0069  D-amino-acid dehydrogenase  45.78 
 
 		 411 aa  307  3e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1545  D-amino-acid dehydrogenase  45.65 
 
 		 406 aa  305  1.0000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2864  D-amino-acid dehydrogenase  40 
 
 		 417 aa  300  4e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.30815  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70040  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.66 
 
 		 432 aa  292  6e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6078  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.66 
 
 		 432 aa  292  9e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4434  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.1 
 
 		 432 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  hitchhiker  0.00000811455 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  38.76 
 
 		 434 aa  292  1e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0245  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.42 
 
 		 432 aa  289  7e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0808  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.81 
 
 		 416 aa  288  1e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1999  D-amino-acid dehydrogenase  43.32 
 
 		 403 aa  287  2.9999999999999996e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.77 
 
 		 416 aa  285  9e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3877  D-amino-acid dehydrogenase  43.69 
 
 		 398 aa  285  9e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.39 
 
 		 416 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1556  D-amino-acid dehydrogenase  43.94 
 
 		 397 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.97 
 
 		 433 aa  282  8.000000000000001e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.83 
 
 		 416 aa  281  1e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4738  D-amino-acid dehydrogenase  44.29 
 
 		 408 aa  281  1e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.39 
 
 		 416 aa  281  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.83 
 
 		 416 aa  281  2e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.19 
 
 		 434 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.02 
 
 		 419 aa  280  4e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.38 
 
 		 432 aa  280  4e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.95 
 
 		 433 aa  279  8e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229652 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.95 
 
 		 434 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.35 
 
 		 432 aa  278  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5180  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.95 
 
 		 434 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.35 
 
 		 432 aa  278  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.35 
 
 		 432 aa  278  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.35 
 
 		 432 aa  277  3e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.35 
 
 		 432 aa  277  3e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38 
 
 		 421 aa  277  3e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0926  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.15 
 
 		 429 aa  276  4e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.531144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.63 
 
 		 421 aa  276  4e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.26 
 
 		 416 aa  276  5e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0867  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.83 
 
 		 429 aa  275  8e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.872467  normal  0.695937 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3174  FAD dependent oxidoreductase  37.83 
 
 		 418 aa  275  9e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0558  D-amino-acid dehydrogenase small subunit  36.15 
 
 		 419 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.12 
 
 		 432 aa  273  3e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  37.12 
 
 		 432 aa  273  3e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.12 
 
 		 434 aa  273  3e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2547  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.12 
 
 		 434 aa  273  3e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  37.12 
 
 		 432 aa  273  3e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.12 
 
 		 432 aa  273  3e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.12 
 
 		 434 aa  273  3e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.12 
 
 		 432 aa  273  3e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.12 
 
 		 432 aa  273  3e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  39.2 
 
 		 419 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.12 
 
 		 432 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0796  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.59 
 
 		 429 aa  273  4.0000000000000004e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.661102  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4311  D-amino-acid dehydrogenase  43.18 
 
 		 397 aa  272  7e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.102581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.19 
 
 		 418 aa  272  7e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.5 
 
 		 434 aa  272  7e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.5 
 
 		 434 aa  272  7e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.5 
 
 		 434 aa  272  7e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.86 
 
 		 436 aa  272  8.000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.190955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3113  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.86 
 
 		 436 aa  272  9e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0235  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.33 
 
 		 433 aa  271  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0673  D-amino-acid dehydrogenase  39.72 
 
 		 417 aa  270  2.9999999999999997e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.180164  hitchhiker  0.00553067 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1301  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.06 
 
 		 418 aa  270  2.9999999999999997e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.32 
 
 		 434 aa  270  4e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1981  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.15 
 
 		 416 aa  270  4e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200719  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0101  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  38.19 
 
 		 433 aa  269  5e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5526  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.47 
 
 		 434 aa  268  8.999999999999999e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.17 
 
 		 433 aa  268  1e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0528  D-amino-acid dehydrogenase  38.3 
 
 		 443 aa  268  1e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.0091768  hitchhiker  0.00000110387 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.8 
 
 		 432 aa  267  2.9999999999999995e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3886  D-amino-acid dehydrogenase  38.32 
 
 		 436 aa  266  4e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.694538 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.87 
 
 		 417 aa  266  4e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3520  D-amino-acid dehydrogenase  38.05 
 
 		 444 aa  266  5.999999999999999e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.553559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1408  D-amino-acid dehydrogenase  39.77 
 
 		 422 aa  266  5.999999999999999e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3159  D-amino-acid dehydrogenase  38.32 
 
 		 436 aa  265  8e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1503  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.53 
 
 		 425 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.839298  normal  0.265321 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0740  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.88 
 
 		 434 aa  265  1e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.968608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  38.35 
 
 		 421 aa  264  2e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.63 
 
 		 417 aa  265  2e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004326  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.53 
 
 		 418 aa  263  3e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1813  FAD dependent oxidoreductase  36.15 
 
 		 417 aa  263  3e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0751  D-amino-acid dehydrogenase  37.38 
 
 		 433 aa  263  4e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>