More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4441 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4441  D-amino acid dehydrogenase 2 small subunit  100 
 
 		 417 aa  840    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.136724  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4708  D-amino-acid dehydrogenase  61.39 
 
 		 416 aa  496  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0268741 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0948  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  62.35 
 
 		 415 aa  480  1e-134  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1933  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  62.35 
 
 		 415 aa  480  1e-134  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1670  hypothetical protein  62.35 
 
 		 415 aa  480  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2211  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  62.35 
 
 		 415 aa  480  1e-134  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0305  putative D-amino acid dehydrogenase 2, small subunit  62.35 
 
 		 415 aa  480  1e-134  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1236  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  62.35 
 
 		 415 aa  480  1e-134  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0215  putative D-amino acid dehydrogenase 2, small subunit  62.11 
 
 		 415 aa  478  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0223  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  61.87 
 
 		 445 aa  456  1e-127  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3716  D-amino-acid dehydrogenase  54.36 
 
 		 429 aa  444  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276162 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0700  D-amino acid dehydrogenase small subunit  53.55 
 
 		 425 aa  418  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4229  D-amino-acid dehydrogenase  50.24 
 
 		 415 aa  384  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.825619  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5290  D-amino-acid dehydrogenase  49.39 
 
 		 413 aa  373  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.483786 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2001  D-amino-acid dehydrogenase  49.4 
 
 		 416 aa  370  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.930793 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5823  putative oxidoreductase  51.08 
 
 		 416 aa  365  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67150  putative oxidoreductase  51.56 
 
 		 416 aa  364  1e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.54131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2589  D-amino acid dehydrogenase small subunit  50.85 
 
 		 426 aa  359  5e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.570213  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2074  D-amino acid dehydrogenase small subunit  47.63 
 
 		 422 aa  340  4e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00739126  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2467  D-amino acid dehydrogenase small subunit  47.16 
 
 		 422 aa  322  7e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1556  D-amino-acid dehydrogenase  48.21 
 
 		 397 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1385  D-amino-acid dehydrogenase  42.54 
 
 		 401 aa  313  4.999999999999999e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.71736  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4311  D-amino-acid dehydrogenase  47.95 
 
 		 397 aa  309  6.999999999999999e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.102581  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1545  D-amino-acid dehydrogenase  46.15 
 
 		 406 aa  308  8e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1999  D-amino-acid dehydrogenase  47.22 
 
 		 403 aa  308  2.0000000000000002e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2262  D-amino acid dehydrogenase small subunit  48.53 
 
 		 425 aa  306  3e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.66021  normal  0.350308 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3877  D-amino-acid dehydrogenase  47.18 
 
 		 398 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2389  D-amino-acid dehydrogenase  39.95 
 
 		 439 aa  303  3.0000000000000004e-81  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.61 
 
 		 421 aa  301  1e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  40.91 
 
 		 419 aa  297  2e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2864  D-amino-acid dehydrogenase  39.23 
 
 		 417 aa  295  7e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.30815  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.85 
 
 		 433 aa  295  8e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004326  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.12 
 
 		 418 aa  295  1e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  40.33 
 
 		 421 aa  295  1e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3174  FAD dependent oxidoreductase  40.05 
 
 		 418 aa  294  2e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1546  FAD dependent oxidoreductase  41.53 
 
 		 419 aa  293  3e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.61 
 
 		 421 aa  293  4e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3638  D-amino-acid dehydrogenase  45.59 
 
 		 397 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.764265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.17 
 
 		 416 aa  290  3e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.17 
 
 		 416 aa  288  1e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.17 
 
 		 416 aa  288  2e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0808  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.04 
 
 		 416 aa  288  2e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.81 
 
 		 432 aa  286  2.9999999999999996e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4738  D-amino-acid dehydrogenase  45.54 
 
 		 408 aa  285  1.0000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0069  D-amino-acid dehydrogenase  45.21 
 
 		 411 aa  283  3.0000000000000004e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4434  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.65 
 
 		 432 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  hitchhiker  0.00000811455 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.13 
 
 		 434 aa  282  9e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.43 
 
 		 428 aa  281  1e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.43 
 
 		 428 aa  281  1e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.43 
 
 		 428 aa  281  1e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0927  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.43 
 
 		 428 aa  281  1e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.91 
 
 		 419 aa  281  1e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.43 
 
 		 428 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2974  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.43 
 
 		 428 aa  281  2e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5526  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.52 
 
 		 434 aa  281  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0528  D-amino-acid dehydrogenase  39.95 
 
 		 443 aa  280  2e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.0091768  hitchhiker  0.00000110387 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2925  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.43 
 
 		 428 aa  281  2e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.43 
 
 		 433 aa  281  2e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.89 
 
 		 434 aa  280  4e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0796  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.65 
 
 		 429 aa  279  5e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.661102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0245  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.13 
 
 		 432 aa  279  6e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1094  FAD dependent oxidoreductase  40.56 
 
 		 421 aa  279  6e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.293126  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5180  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.89 
 
 		 434 aa  279  6e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0673  D-amino-acid dehydrogenase  37.89 
 
 		 417 aa  279  7e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.180164  hitchhiker  0.00553067 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0926  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.13 
 
 		 429 aa  279  8e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.531144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.89 
 
 		 433 aa  279  9e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229652 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.59 
 
 		 418 aa  278  1e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0751  D-amino-acid dehydrogenase  40.67 
 
 		 433 aa  278  1e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.19 
 
 		 428 aa  278  1e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  38.28 
 
 		 434 aa  278  1e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.13 
 
 		 417 aa  278  2e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70040  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.24 
 
 		 432 aa  277  3e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0867  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.41 
 
 		 429 aa  276  4e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.872467  normal  0.695937 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6078  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.24 
 
 		 432 aa  276  4e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.29 
 
 		 434 aa  276  4e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.29 
 
 		 434 aa  276  4e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.33 
 
 		 432 aa  276  5e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.33 
 
 		 432 aa  276  5e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.29 
 
 		 434 aa  276  5e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.72 
 
 		 428 aa  276  5e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1981  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.21 
 
 		 416 aa  276  6e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200719  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.65 
 
 		 417 aa  275  8e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.1 
 
 		 432 aa  275  8e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.1 
 
 		 432 aa  275  8e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.1 
 
 		 432 aa  275  8e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4178  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.19 
 
 		 428 aa  275  9e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157527  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.71 
 
 		 432 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  37.71 
 
 		 432 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  37.71 
 
 		 432 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.71 
 
 		 432 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.71 
 
 		 432 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.71 
 
 		 432 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.71 
 
 		 434 aa  275  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3159  D-amino-acid dehydrogenase  40.19 
 
 		 436 aa  274  2.0000000000000002e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1301  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.16 
 
 		 418 aa  274  2.0000000000000002e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.71 
 
 		 432 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1064  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.19 
 
 		 428 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0585  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.19 
 
 		 428 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.71 
 
 		 434 aa  275  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1023  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.19 
 
 		 428 aa  273  3e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>