More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_3716 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_3716  D-amino-acid dehydrogenase  100 
 
 		 429 aa  889    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276162 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4441  D-amino acid dehydrogenase 2 small subunit  54.36 
 
 		 417 aa  444  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.136724  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4708  D-amino-acid dehydrogenase  51.94 
 
 		 416 aa  429  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0268741 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1933  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  52.66 
 
 		 415 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1670  hypothetical protein  52.66 
 
 		 415 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2211  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  52.66 
 
 		 415 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0305  putative D-amino acid dehydrogenase 2, small subunit  52.66 
 
 		 415 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0948  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  52.9 
 
 		 415 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1236  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  52.66 
 
 		 415 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0215  putative D-amino acid dehydrogenase 2, small subunit  52.42 
 
 		 415 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0223  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  52.53 
 
 		 445 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0700  D-amino acid dehydrogenase small subunit  48.23 
 
 		 425 aa  401  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4229  D-amino-acid dehydrogenase  48.65 
 
 		 415 aa  390  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.825619  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2589  D-amino acid dehydrogenase small subunit  47.29 
 
 		 426 aa  372  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.570213  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2001  D-amino-acid dehydrogenase  45.57 
 
 		 416 aa  360  2e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.930793 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2074  D-amino acid dehydrogenase small subunit  46.08 
 
 		 422 aa  354  2e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00739126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5290  D-amino-acid dehydrogenase  42.93 
 
 		 413 aa  339  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.483786 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2467  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.37 
 
 		 422 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1999  D-amino-acid dehydrogenase  45.61 
 
 		 403 aa  323  4e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1545  D-amino-acid dehydrogenase  44.42 
 
 		 406 aa  322  9.000000000000001e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0751  D-amino-acid dehydrogenase  41.33 
 
 		 433 aa  320  3.9999999999999996e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5823  putative oxidoreductase  43 
 
 		 416 aa  320  5e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.2 
 
 		 421 aa  318  1e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2864  D-amino-acid dehydrogenase  38.89 
 
 		 417 aa  316  5e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.30815  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.34 
 
 		 416 aa  316  6e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67150  putative oxidoreductase  44.63 
 
 		 416 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.54131  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3174  FAD dependent oxidoreductase  37.83 
 
 		 418 aa  312  5.999999999999999e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2262  D-amino acid dehydrogenase small subunit  46.94 
 
 		 425 aa  310  2e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.66021  normal  0.350308 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.25 
 
 		 421 aa  309  6.999999999999999e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  40 
 
 		 419 aa  309  8e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.04 
 
 		 416 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4507  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.35 
 
 		 439 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251273 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.08 
 
 		 416 aa  307  3e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.08 
 
 		 416 aa  307  3e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0528  D-amino-acid dehydrogenase  39.81 
 
 		 443 aa  307  3e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.0091768  hitchhiker  0.00000110387 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.95 
 
 		 416 aa  306  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0558  D-amino-acid dehydrogenase small subunit  36.83 
 
 		 419 aa  304  2.0000000000000002e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1813  FAD dependent oxidoreductase  39.23 
 
 		 417 aa  303  5.000000000000001e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0808  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.48 
 
 		 416 aa  301  1e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1503  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.52 
 
 		 425 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.839298  normal  0.265321 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1385  D-amino-acid dehydrogenase  40.25 
 
 		 401 aa  301  1e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.71736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.84 
 
 		 433 aa  301  1e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3886  D-amino-acid dehydrogenase  39.14 
 
 		 436 aa  301  2e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.694538 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4738  D-amino-acid dehydrogenase  45.16 
 
 		 408 aa  301  2e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3113  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.27 
 
 		 436 aa  300  3e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.55 
 
 		 416 aa  300  3e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3159  D-amino-acid dehydrogenase  39.14 
 
 		 436 aa  300  4e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004326  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.64 
 
 		 418 aa  299  5e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.75 
 
 		 436 aa  299  8e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.190955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1546  FAD dependent oxidoreductase  41.01 
 
 		 419 aa  298  1e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1556  D-amino-acid dehydrogenase  41.79 
 
 		 397 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4434  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.36 
 
 		 432 aa  296  5e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  hitchhiker  0.00000811455 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2380  D-amino-acid dehydrogenase  38.12 
 
 		 428 aa  295  9e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0235  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.37 
 
 		 433 aa  294  2e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.89 
 
 		 434 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4311  D-amino-acid dehydrogenase  41.03 
 
 		 397 aa  292  7e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.102581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0673  D-amino-acid dehydrogenase  36.86 
 
 		 417 aa  292  8e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.180164  hitchhiker  0.00553067 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.65 
 
 		 434 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5180  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.65 
 
 		 434 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  36.36 
 
 		 434 aa  292  1e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.65 
 
 		 433 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229652 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.27 
 
 		 419 aa  291  1e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.69 
 
 		 432 aa  291  2e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  36.1 
 
 		 421 aa  290  3e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0245  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.12 
 
 		 432 aa  289  6e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2389  D-amino-acid dehydrogenase  37.25 
 
 		 439 aa  289  6e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.59 
 
 		 432 aa  289  8e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3877  D-amino-acid dehydrogenase  41.34 
 
 		 398 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1408  D-amino-acid dehydrogenase  39.86 
 
 		 422 aa  286  4e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0796  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.71 
 
 		 429 aa  286  7e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.661102  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.5 
 
 		 433 aa  285  8e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.97 
 
 		 418 aa  285  2.0000000000000002e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0867  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.47 
 
 		 429 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.872467  normal  0.695937 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0101  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  37.8 
 
 		 433 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5526  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.93 
 
 		 434 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70040  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.41 
 
 		 432 aa  281  1e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2547  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.56 
 
 		 434 aa  280  4e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6078  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.17 
 
 		 432 aa  279  5e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1301  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.01 
 
 		 418 aa  279  7e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.59 
 
 		 428 aa  279  8e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.59 
 
 		 428 aa  279  8e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.59 
 
 		 428 aa  279  8e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.59 
 
 		 428 aa  279  8e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0927  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.59 
 
 		 428 aa  279  8e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2974  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.59 
 
 		 428 aa  278  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2925  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.59 
 
 		 428 aa  278  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2122  D-amino-acid dehydrogenase  36.72 
 
 		 421 aa  277  2e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.17481  normal  0.029766 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1936  D-amino-acid dehydrogenase  40 
 
 		 429 aa  276  4e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0466359 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.86 
 
 		 434 aa  276  5e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.86 
 
 		 434 aa  276  5e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.86 
 
 		 434 aa  276  5e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0168  D-amino-acid dehydrogenase  35.33 
 
 		 439 aa  276  7e-73  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.42 
 
 		 434 aa  275  8e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.42 
 
 		 434 aa  275  8e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.35 
 
 		 428 aa  275  9e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0926  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.3 
 
 		 429 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.531144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.92 
 
 		 432 aa  275  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1094  FAD dependent oxidoreductase  36.11 
 
 		 421 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.293126  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.92 
 
 		 432 aa  275  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.68 
 
 		 432 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>