More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1556 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4311  D-amino-acid dehydrogenase  97.48 
 
 		 397 aa  746    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.102581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1556  D-amino-acid dehydrogenase  100 
 
 		 397 aa  792    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3877  D-amino-acid dehydrogenase  91.67 
 
 		 398 aa  700    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3638  D-amino-acid dehydrogenase  80.3 
 
 		 397 aa  608  1e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.764265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5290  D-amino-acid dehydrogenase  65.66 
 
 		 413 aa  532  1e-150  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.483786 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5823  putative oxidoreductase  61.62 
 
 		 416 aa  485  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67150  putative oxidoreductase  61.87 
 
 		 416 aa  478  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.54131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4441  D-amino acid dehydrogenase 2 small subunit  48.33 
 
 		 417 aa  312  4.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.136724  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4708  D-amino-acid dehydrogenase  44.5 
 
 		 416 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0268741 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3716  D-amino-acid dehydrogenase  42.01 
 
 		 429 aa  297  2e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276162 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0700  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.23 
 
 		 425 aa  296  4e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2074  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.44 
 
 		 422 aa  296  5e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00739126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0948  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  46.25 
 
 		 415 aa  293  3e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0215  putative D-amino acid dehydrogenase 2, small subunit  46.25 
 
 		 415 aa  293  3e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1933  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  46.25 
 
 		 415 aa  293  4e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1236  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  46.25 
 
 		 415 aa  293  4e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1670  hypothetical protein  46.25 
 
 		 415 aa  293  4e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0305  putative D-amino acid dehydrogenase 2, small subunit  46.25 
 
 		 415 aa  293  4e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2211  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  46.25 
 
 		 415 aa  293  4e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2467  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.95 
 
 		 422 aa  289  7e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4229  D-amino-acid dehydrogenase  42.07 
 
 		 415 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.825619  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0223  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  45.75 
 
 		 445 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2001  D-amino-acid dehydrogenase  42.21 
 
 		 416 aa  276  4e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.930793 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2262  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.49 
 
 		 425 aa  266  7e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.66021  normal  0.350308 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1999  D-amino-acid dehydrogenase  42.57 
 
 		 403 aa  266  7e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2589  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.88 
 
 		 426 aa  264  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.570213  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2380  D-amino-acid dehydrogenase  37.56 
 
 		 428 aa  251  1e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70040  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.25 
 
 		 432 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6078  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.25 
 
 		 432 aa  250  3e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.25 
 
 		 434 aa  248  2e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.25 
 
 		 434 aa  248  2e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004326  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.16 
 
 		 418 aa  248  2e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.25 
 
 		 434 aa  248  2e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.32 
 
 		 421 aa  246  4e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1023  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.59 
 
 		 428 aa  245  9e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0585  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.59 
 
 		 428 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1064  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.59 
 
 		 428 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.32 
 
 		 434 aa  243  3e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0751  D-amino-acid dehydrogenase  36.43 
 
 		 433 aa  243  3e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.32 
 
 		 434 aa  243  3e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0808  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.5 
 
 		 416 aa  243  3.9999999999999997e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.34 
 
 		 432 aa  242  1e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  35.34 
 
 		 432 aa  242  1e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.84 
 
 		 432 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4178  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.34 
 
 		 428 aa  242  1e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.34 
 
 		 432 aa  242  1e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.34 
 
 		 432 aa  242  1e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.34 
 
 		 432 aa  241  1e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  36.16 
 
 		 434 aa  241  1e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.34 
 
 		 432 aa  242  1e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  35.34 
 
 		 432 aa  242  1e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.84 
 
 		 432 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.59 
 
 		 432 aa  241  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.59 
 
 		 432 aa  241  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.59 
 
 		 432 aa  241  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.09 
 
 		 428 aa  239  4e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.59 
 
 		 428 aa  239  9e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1385  D-amino-acid dehydrogenase  39.59 
 
 		 401 aa  238  1e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.71736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.39 
 
 		 428 aa  238  2e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.39 
 
 		 428 aa  238  2e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34 
 
 		 434 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2974  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.39 
 
 		 428 aa  238  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0927  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.39 
 
 		 428 aa  238  2e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.84 
 
 		 434 aa  238  2e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2925  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.39 
 
 		 428 aa  238  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.39 
 
 		 428 aa  238  2e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.39 
 
 		 428 aa  238  2e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36 
 
 		 432 aa  238  2e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.25 
 
 		 416 aa  236  5.0000000000000005e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3159  D-amino-acid dehydrogenase  36.67 
 
 		 436 aa  236  5.0000000000000005e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0245  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35 
 
 		 432 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3886  D-amino-acid dehydrogenase  36.67 
 
 		 436 aa  236  7e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.694538 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.25 
 
 		 416 aa  236  7e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.75 
 
 		 434 aa  235  8e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.09 
 
 		 417 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.75 
 
 		 433 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229652 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5180  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.75 
 
 		 434 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.75 
 
 		 419 aa  233  3e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.25 
 
 		 421 aa  234  3e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1546  FAD dependent oxidoreductase  38.56 
 
 		 419 aa  233  5e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.83 
 
 		 417 aa  233  5e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  36.66 
 
 		 419 aa  232  8.000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4434  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.67 
 
 		 432 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  hitchhiker  0.00000811455 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1545  D-amino-acid dehydrogenase  40 
 
 		 406 aa  231  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2389  D-amino-acid dehydrogenase  33.92 
 
 		 439 aa  230  3e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1408  D-amino-acid dehydrogenase  37.26 
 
 		 422 aa  230  3e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3174  FAD dependent oxidoreductase  34 
 
 		 418 aa  230  3e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5526  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.75 
 
 		 434 aa  229  4e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0069  D-amino-acid dehydrogenase  40.49 
 
 		 411 aa  230  4e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.25 
 
 		 418 aa  229  6e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0235  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34 
 
 		 433 aa  229  8e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0944  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.88 
 
 		 428 aa  228  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.972933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0940  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.88 
 
 		 428 aa  228  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0886  FAD dependent oxidoreductase  37.41 
 
 		 439 aa  227  2e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204512 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.97 
 
 		 429 aa  227  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.835424 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2982  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.97 
 
 		 428 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00652065 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2363  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.33 
 
 		 432 aa  224  1e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.28713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0765  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.2 
 
 		 428 aa  224  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.555163 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1301  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.92 
 
 		 418 aa  224  1e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0101  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  33.5 
 
 		 433 aa  224  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>