More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_3616 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010623  Bphy_3616  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
143 aa  291  2e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62766  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2761  putative PAS/PAC sensor protein  79.02 
 
 
143 aa  248  1e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6742  putative PAS/PAC sensor protein  79.02 
 
 
143 aa  245  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.63921  normal  0.585827 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4662  PAS  74.48 
 
 
145 aa  233  9e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2802  putative PAS/PAC sensor protein  66.9 
 
 
152 aa  208  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.540476  normal  0.477024 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4485  putative PAS/PAC sensor protein  63.12 
 
 
145 aa  200  7e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1366  putative PAS/PAC sensor protein  69.57 
 
 
149 aa  199  9e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1206  PAS sensor protein  68.84 
 
 
149 aa  199  9.999999999999999e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.490223  normal  0.110316 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0488  putative PAS/PAC sensor protein  65.73 
 
 
148 aa  198  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4841  putative PAS/PAC sensor protein  64.75 
 
 
143 aa  198  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.300455  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1145  putative PAS/PAC sensor protein  68.12 
 
 
149 aa  196  7.999999999999999e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4051  putative PAS/PAC sensor protein  65.69 
 
 
142 aa  194  5.000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.949542  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5581  putative PAS/PAC sensor protein  66.42 
 
 
157 aa  184  3e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.595222 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0639  putative PAS/PAC sensor protein  59.42 
 
 
142 aa  184  5e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2500  putative PAS/PAC sensor protein  58.52 
 
 
143 aa  171  2.9999999999999996e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0993  putative PAS/PAC sensor protein  53.62 
 
 
146 aa  166  8e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1710  putative PAS/PAC sensor protein  54.35 
 
 
144 aa  161  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.010044  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1781  putative PAS/PAC sensor protein  54.35 
 
 
144 aa  160  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.345246  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2168  putative PAS/PAC sensor protein  54.74 
 
 
144 aa  160  6e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.242596  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3857  putative PAS/PAC sensor protein  52.99 
 
 
145 aa  154  3e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.759378  normal  0.914632 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5550  putative PAS/PAC sensor protein  52.21 
 
 
141 aa  147  4e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0483  putative PAS/PAC sensor protein  48.53 
 
 
147 aa  145  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000401014 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2133  putative PAS/PAC sensor protein  57.89 
 
 
141 aa  144  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.625741  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0466  putative PAS/PAC sensor protein  48.53 
 
 
147 aa  145  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.98341  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3152  sensory box protein  50.36 
 
 
151 aa  143  9e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0362  putative PAS/PAC sensor protein  51.18 
 
 
141 aa  141  3e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3172  putative PAS/PAC sensor protein  48.44 
 
 
151 aa  141  3e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.920236  normal 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3701  putative PAS/PAC sensor protein  46.72 
 
 
145 aa  139  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0298  putative PAS/PAC sensor protein  48.06 
 
 
149 aa  139  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.169835  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2658  putative PAS/PAC sensor protein  44.44 
 
 
145 aa  138  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0282  transcriptional regulator  47.79 
 
 
141 aa  137  4.999999999999999e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.283126  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0214  putative PAS/PAC sensor protein  46.62 
 
 
144 aa  136  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1034  putative PAS/PAC sensor protein  43.51 
 
 
158 aa  132  9.999999999999999e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1202  putative PAS/PAC sensor protein  42.96 
 
 
144 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1568  transcriptional regulator  42.15 
 
 
139 aa  110  7.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.683844  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3803  PAS  36 
 
 
143 aa  84.7  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0051055 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2007  putative PAS/PAC sensor protein  41.8 
 
 
692 aa  80.5  0.000000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.259838  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1533  sensory box protein  35.11 
 
 
965 aa  78.6  0.00000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.76081  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3124  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.07 
 
 
1374 aa  77  0.00000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.957955  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  32.35 
 
 
732 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5232  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.1 
 
 
698 aa  73.9  0.0000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3151  putative PAS/PAC sensor protein  31.01 
 
 
1589 aa  73.6  0.0000000000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.274524  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.59 
 
 
851 aa  73.6  0.0000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1093  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.97 
 
 
1721 aa  72.8  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.06 
 
 
573 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000284252 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0692  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.25 
 
 
620 aa  72.8  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 
398 aa  72.4  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1109  putative PAS/PAC sensor protein  31.06 
 
 
557 aa  72.4  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0677  sensory box/GGDEF family protein  32.03 
 
 
947 aa  72  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000825914  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.58 
 
 
695 aa  71.6  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.554525  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2366  two component sensor histidine kinase  29.69 
 
 
1154 aa  71.2  0.000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0469089  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1707  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.33 
 
 
1313 aa  71.2  0.000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.2 
 
 
648 aa  71.6  0.000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0207  protein phosphatase 2C-like, stage II sporulation E  38.71 
 
 
684 aa  69.7  0.00000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.543577  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0150  putative PAS/PAC sensor protein  34.09 
 
 
1969 aa  68.6  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1193  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  33.08 
 
 
857 aa  68.9  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146062  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3213  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  32.03 
 
 
778 aa  68.6  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2225  putative PAS/PAC sensor protein  34.19 
 
 
509 aa  67.8  0.00000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00360384  normal  0.281465 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2014  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.58 
 
 
904 aa  67.4  0.00000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0285  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.68 
 
 
713 aa  67  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.1 
 
 
1248 aa  67  0.00000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1939  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  32.85 
 
 
1328 aa  66.6  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.282055  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 
652 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0431  putative PAS/PAC sensor protein  52.63 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00281975  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  33.33 
 
 
486 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0120  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 
1568 aa  66.2  0.0000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  33.33 
 
 
486 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  33.33 
 
 
486 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  33.33 
 
 
486 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2854  putative two component signal transduction protein  35.34 
 
 
917 aa  65.1  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2228  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.89 
 
 
654 aa  65.1  0.0000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.728607  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2121  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.03 
 
 
1171 aa  64.7  0.0000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.48946  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1538  putative PAS/PAC sensor protein  29.46 
 
 
495 aa  64.7  0.0000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1703  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  30.83 
 
 
368 aa  64.3  0.0000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.301457  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0531  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30 
 
 
1193 aa  63.9  0.0000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0316  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.68 
 
 
713 aa  63.9  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.810499  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1726  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.5 
 
 
881 aa  63.5  0.0000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0185814  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0634  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 
1000 aa  63.2  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.932649  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3529  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 
1088 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.95 
 
 
728 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0535292  normal  0.500981 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3530  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.31 
 
 
654 aa  63.2  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1688  PAS sensor protein  28.78 
 
 
823 aa  62.8  0.000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1731  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.78 
 
 
637 aa  62.4  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000986575 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0678  two-component sensor histidine kinase  31.3 
 
 
460 aa  62  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.320332 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2663  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.2 
 
 
979 aa  62.4  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.366427 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2666  signal transduction histidine kinase  30 
 
 
446 aa  62  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.653198  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3508  putative PAS/PAC sensor protein  32.48 
 
 
554 aa  62.8  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.254838 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1683  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.78 
 
 
1659 aa  62  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2895  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.61 
 
 
705 aa  62.4  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2470  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.13 
 
 
693 aa  62.8  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000343207  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0168  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.83 
 
 
352 aa  62.8  0.000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6933  signal transduction histidine kinase  29.29 
 
 
488 aa  62.8  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0223762  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2374  putative sensory box-containing diguanylate cyclase  34.13 
 
 
693 aa  62  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000185954  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1944  signal-transducing histidine kinase  29.01 
 
 
1248 aa  61.6  0.000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.318144  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1658  putative sensory box-containing diguanylate cyclase  34.13 
 
 
693 aa  62  0.000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000881395  normal  0.485091 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3371  putative PAS/PAC sensor protein  35.71 
 
 
649 aa  62  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00785192 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2468  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.62 
 
 
1049 aa  61.6  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.858637  normal  0.0946099 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0076  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.08 
 
 
898 aa  61.2  0.000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.695831  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1666  sensory transduction histidine kinase  27.34 
 
 
945 aa  61.2  0.000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.515191  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0825  signal transduction histidine kinase  31.06 
 
 
455 aa  61.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.111815  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>