175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen_1313 on replicon NC_008060
Organism: Burkholderia cenocepacia AU 1054



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008060  Bcen_1313  helix-turn-helix, Fis-type  100 
 
 
393 aa  782    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6118  Fis family transcriptional regulator  98.47 
 
 
393 aa  772    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5581  helix-turn-helix, Fis-type  90.75 
 
 
389 aa  683    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6516  helix-turn-helix, Fis-type  100 
 
 
393 aa  782    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6307  Fis family transcriptional regulator  91.26 
 
 
389 aa  684    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.311164  normal  0.233668 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3488  transcriptional regulator, Fis family  43.37 
 
 
365 aa  256  7e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.447559 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2976  Fis family transcriptional regulator  37.69 
 
 
626 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3247  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.61 
 
 
596 aa  223  6e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.376143 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1458  helix-turn-helix, Fis-type  34.14 
 
 
635 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1769  Fis family transcriptional regulator  30.79 
 
 
386 aa  115  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0340  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism-like protein  29.38 
 
 
416 aa  103  5e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2856  putative GAF sensor protein  29.17 
 
 
380 aa  95.5  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5567  Fis family transcriptional regulator  26.7 
 
 
406 aa  95.5  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.296467  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0426  Fis family transcriptional regulator  28.27 
 
 
411 aa  95.5  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.702511  normal  0.281722 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5019  transcriptional regulator, Fis family  28.57 
 
 
426 aa  90.5  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5133  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.08 
 
 
584 aa  88.6  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0596409  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3354  Fis family transcriptional regulator  27.87 
 
 
392 aa  84.3  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.385927  normal  0.681411 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0802  Fis family transcriptional regulator  26.15 
 
 
427 aa  81.3  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2870  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  28.84 
 
 
676 aa  78.2  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.360055  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2092  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  25.53 
 
 
676 aa  73.2  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000637573  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1592  transcriptional regulator, Fis family  28.42 
 
 
399 aa  72  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0343  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  24.09 
 
 
640 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00036469  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5127  putative sigma-54-dependent transcriptional regulator, HTH Fis-type family  25.29 
 
 
654 aa  70.9  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.53901  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2640  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.2 
 
 
657 aa  70.5  0.00000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2247  Fis family transcriptional regulator  26.8 
 
 
388 aa  69.3  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.108557  normal  0.0366574 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1840  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  26.89 
 
 
667 aa  68.9  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.286624  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2486  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  24.79 
 
 
672 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.141183 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0285  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  25.18 
 
 
687 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5954  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  25.85 
 
 
677 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0983903 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1744  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.71 
 
 
652 aa  68.2  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0785861  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1000  helix-turn-helix, Fis-type  26.4 
 
 
661 aa  67  0.0000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3379  putative phytochrome sensor protein  27.5 
 
 
651 aa  67  0.0000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0899  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  24.36 
 
 
632 aa  66.2  0.0000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.599128  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1043  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  24.36 
 
 
632 aa  66.2  0.0000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.917083  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0932  sigma54 specific transcriptional regulator  26.69 
 
 
653 aa  65.9  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.702555  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1963  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  26.05 
 
 
647 aa  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1691  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  26.84 
 
 
667 aa  65.5  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6814  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  28.24 
 
 
630 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.890865  normal  0.850064 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0367  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  27.87 
 
 
696 aa  64.3  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.569096  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1413  sigma-54 dependent transcriptional regulator  24.81 
 
 
587 aa  63.2  0.000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2951  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  26.95 
 
 
639 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0236757  normal  0.346853 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3622  putative GAF sensor protein  23.69 
 
 
319 aa  61.6  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0853279 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2469  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  28.11 
 
 
636 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.416044  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3148  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  25.49 
 
 
628 aa  60.5  0.00000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4569  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  25.21 
 
 
638 aa  60.5  0.00000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.375383 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7189  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  26.44 
 
 
662 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000334896  normal  0.517977 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1741  sigma-54 dependent transcriptional regulator  26.84 
 
 
609 aa  60.5  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.606989  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2301  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.88 
 
 
636 aa  60.1  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1778  helix-turn-helix, Fis-type  24.02 
 
 
673 aa  59.7  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7557  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  27.85 
 
 
627 aa  59.7  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2813  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  25.25 
 
 
699 aa  59.7  0.00000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.475478  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3467  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.88 
 
 
636 aa  59.7  0.00000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2864  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  25.2 
 
 
651 aa  59.3  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414238  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003329  sigma-54 dependent transcriptional regulator  25.33 
 
 
586 aa  58.9  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0252  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  25.21 
 
 
652 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2789  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  28.86 
 
 
668 aa  57.8  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3538  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  22.57 
 
 
660 aa  57.4  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6248  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  26.14 
 
 
708 aa  57.8  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423516  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0365  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  24.9 
 
 
633 aa  57  0.0000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0633679  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3427  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  26.24 
 
 
648 aa  57  0.0000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.535868 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0253  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  25.91 
 
 
652 aa  57  0.0000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000233378 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0249  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  25.91 
 
 
626 aa  56.6  0.0000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5969  putative phytochrome sensor protein  27.02 
 
 
663 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.118543  normal  0.0102226 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3637  putative sigma-54-dependent transcriptional regulator  29.49 
 
 
646 aa  56.6  0.0000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.772793 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6164  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  25.91 
 
 
666 aa  56.6  0.0000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1790  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  23.67 
 
 
753 aa  56.2  0.0000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000112297 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4479  sigma-54 dependent transcriptional regulator  24.57 
 
 
616 aa  55.8  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5897  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  25.51 
 
 
669 aa  55.8  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.313078 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0249  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  25.51 
 
 
652 aa  55.5  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1400  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.11 
 
 
629 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6490  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  27.12 
 
 
701 aa  55.5  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519588  normal  0.249204 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1075  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  25.55 
 
 
687 aa  55.5  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.990194  normal  0.0882884 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3234  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  25.14 
 
 
699 aa  55.1  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0436708  normal  0.309737 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3559  helix-turn-helix Fis-type  26.57 
 
 
590 aa  54.3  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0123539  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3434  sigma-54 dependent transcriptional regulator  25.09 
 
 
602 aa  54.3  0.000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.66609  normal  0.268345 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0309  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.21 
 
 
657 aa  54.3  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5158  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  25.51 
 
 
680 aa  54.3  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.493898 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3245  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  25.51 
 
 
680 aa  53.5  0.000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5123  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  25.51 
 
 
680 aa  53.5  0.000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0328449  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0479  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.13 
 
 
712 aa  53.5  0.000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1556  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  22.92 
 
 
657 aa  53.1  0.000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0224  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  24.03 
 
 
617 aa  52.4  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3626  sigma-54-dependent transcriptional regulator HTH Fis-type family  26.03 
 
 
626 aa  52.4  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.139273 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3145  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  25.66 
 
 
705 aa  52.4  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02421  hypothetical protein  24.78 
 
 
587 aa  52.8  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0250  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  25.1 
 
 
619 aa  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000206516 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5659  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  24.23 
 
 
663 aa  51.6  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0735  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  21.46 
 
 
683 aa  51.6  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.431182  normal  0.0765632 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2583  sigma-54 activated regulatory protein  24.41 
 
 
709 aa  52  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2614  putative transcriptional regulator  25.65 
 
 
682 aa  51.6  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2041  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  25.75 
 
 
611 aa  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.115359  normal  0.637814 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6716  Fis family transcriptional regulator  23.81 
 
 
349 aa  51.6  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0953502  normal  0.172083 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2259  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  24.89 
 
 
591 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.026618 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3077  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  22.13 
 
 
682 aa  51.2  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3762  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  23.91 
 
 
649 aa  51.2  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1892  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  24.89 
 
 
582 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0389  transcriptional regulator, Fis family protein  52.08 
 
 
76 aa  50.8  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1877  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  22.73 
 
 
694 aa  50.8  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0251  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  24.79 
 
 
628 aa  50.4  0.00005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000347396 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2411  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  27.82 
 
 
595 aa  50.8  0.00005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>