More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5943 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_5943  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  608  1e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.180862 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2486  LysR family transcriptional regulator  57.82 
 
 		 296 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3891  LysR family transcriptional regulator  58.5 
 
 		 305 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.314742  normal  0.132364 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5135  LysR family transcriptional regulator  52.74 
 
 		 296 aa  307  1.0000000000000001e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.428363 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5310  LysR family transcriptional regulator  55.14 
 
 		 296 aa  297  2e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8309  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 318 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1380  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 309 aa  135  6.0000000000000005e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.306362  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5583  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 299 aa  135  7.000000000000001e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00542603  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5902  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 307 aa  134  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.202203  normal  0.230241 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3275  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 300 aa  132  6e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0115346  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3116  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 298 aa  132  9e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.341096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3111  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.77 
 
 		 300 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0720  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 298 aa  125  7e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2373  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0629728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1919  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.02 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1029  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 306 aa  115  8.999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.850278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2069  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 326 aa  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.18458  hitchhiker  0.00114846 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  29.28 
 
 		 308 aa  103  5e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5236  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 311 aa  102  6e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.61001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3344  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 329 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0604334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4822  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 329 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4171  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 305 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.632041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 419 aa  101  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.137483 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2910  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 309 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 320 aa  97.1  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 406 aa  97.4  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  24.13 
 
 		 326 aa  97.1  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1848  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 314 aa  96.3  5e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 415 aa  95.9  8e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  26.01 
 
 		 295 aa  95.9  8e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.91 
 
 		 292 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4248  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 317 aa  95.5  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.409634 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2608  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 303 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2584  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 303 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0798399  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4722  transcriptional regulator, LysR family  27.18 
 
 		 301 aa  94.4  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1974  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 303 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  30.21 
 
 		 304 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5051  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 306 aa  93.6  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.443716  normal  0.966436 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  27.78 
 
 		 331 aa  93.6  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 313 aa  93.2  5e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1615  LysR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 292 aa  93.2  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.760983  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  25.08 
 
 		 293 aa  93.2  5e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5159  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 318 aa  92.4  7e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.169813 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  29.74 
 
 		 304 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 315 aa  92.4  9e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 307 aa  91.7  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1896  LysR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349748 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  32.47 
 
 		 330 aa  92  1e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2888  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 299 aa  92  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 304 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.25 
 
 		 299 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7575  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 417 aa  90.1  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  30.87 
 
 		 311 aa  90.1  4e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0713  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 328 aa  90.1  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.730012  normal  0.411699 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2503  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 306 aa  89.7  5e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 314 aa  89.7  5e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2157  LysR family transcriptional regulator  21.12 
 
 		 293 aa  89.7  6e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0147  LysR family transcriptional regulator  22.3 
 
 		 296 aa  89.7  6e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5915  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 303 aa  89.4  6e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 311 aa  89.7  6e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.87 
 
 		 299 aa  89.4  6e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 351 aa  89.7  6e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 311 aa  89.4  6e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  25.48 
 
 		 299 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  25.48 
 
 		 299 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2539  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 308 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0196237 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  25.48 
 
 		 299 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5134  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 342 aa  89.4  7e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178908  normal  0.868057 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3178  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 308 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.538145 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 291 aa  89.4  7e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02985  DNA-binding transcriptional activator  26.02 
 
 		 312 aa  89  9e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0585  transcriptional regulator, LysR family  26.02 
 
 		 312 aa  89  9e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3592  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.02 
 
 		 312 aa  89  9e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0580  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.02 
 
 		 312 aa  89  9e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74712  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02936  hypothetical protein  26.02 
 
 		 312 aa  89  9e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3306  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.02 
 
 		 312 aa  89  9e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.180291  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3414  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.02 
 
 		 312 aa  89  9e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4431  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.02 
 
 		 312 aa  89  9e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0908114 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.98 
 
 		 299 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.7 
 
 		 295 aa  88.6  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3239  DNA-binding transcriptional activator TdcA  25.61 
 
 		 312 aa  88.6  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.87 
 
 		 299 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2156  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 313 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0145  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 307 aa  88.6  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685524 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 301 aa  88.6  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.87 
 
 		 299 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2632  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 306 aa  88.6  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.724671  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 310 aa  89  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2649  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 313 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  29.77 
 
 		 294 aa  88.2  2e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1678  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 318 aa  87.8  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 320 aa  88.2  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2023  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 306 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.14781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  29.61 
 
 		 297 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  32.02 
 
 		 315 aa  87.8  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 291 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.52 
 
 		 311 aa  87.4  3e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.52 
 
 		 311 aa  87.4  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.36 
 
 		 295 aa  87.4  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>