More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5892 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010087  Bmul_5975  RpoD family RNA polymerase sigma factor  67.63 
 
 
625 aa  723    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0317255 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5892  RpoD family RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
621 aa  1215    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6159  RNA polymerase, sigma 28 subunit  94.52 
 
 
617 aa  1117    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5152  RpoD family RNA polymerase sigma factor  53.71 
 
 
627 aa  546  1e-154  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3239  RNA polymerase, sigma 28 subunit  52.61 
 
 
628 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0142824  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5129  RNA polymerase, sigma 28 subunit  52.61 
 
 
628 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.33 
 
 
707 aa  348  2e-94  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.76 
 
 
855 aa  340  4e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.33 
 
 
698 aa  338  1.9999999999999998e-91  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
698 aa  338  1.9999999999999998e-91  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  33.61 
 
 
808 aa  337  2.9999999999999997e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0888  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.82 
 
 
783 aa  336  5.999999999999999e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2027  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.87 
 
 
821 aa  335  2e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2215  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.93 
 
 
755 aa  334  3e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1558  sigma 70 (RpoD)  31.8 
 
 
783 aa  334  3e-90  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.990853  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2420  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.87 
 
 
829 aa  333  4e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.814829  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  33.11 
 
 
797 aa  332  1e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3641  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.49 
 
 
683 aa  332  1e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  32.28 
 
 
784 aa  331  2e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4480  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.49 
 
 
805 aa  332  2e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.793179  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3886  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.49 
 
 
805 aa  331  2e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.673998  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  33.28 
 
 
801 aa  331  3e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1750  sigma-70 region 1.2  34.8 
 
 
653 aa  330  3e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.746191  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  33 
 
 
746 aa  329  7e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2388  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  33.33 
 
 
656 aa  329  8e-89  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  32.47 
 
 
754 aa  329  1.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4813  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.97 
 
 
804 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  34.04 
 
 
781 aa  328  3e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2820  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.23 
 
 
680 aa  328  3e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6774  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.23 
 
 
681 aa  328  3e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.669833  normal  0.0681029 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.67 
 
 
610 aa  327  4.0000000000000003e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  32.18 
 
 
635 aa  327  4.0000000000000003e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2569  sigma 70 (RpoD)  35.1 
 
 
665 aa  327  6e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.000000000000108997  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  32.89 
 
 
644 aa  326  7e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3257  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.06 
 
 
805 aa  325  1e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0133032  normal  0.0284743 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3783  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.33 
 
 
805 aa  325  2e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  32.09 
 
 
754 aa  325  2e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1604  RpoD family RNA polymerase sigma factor  31.95 
 
 
736 aa  324  3e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362235  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0526  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.79 
 
 
657 aa  324  3e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0337  sigma 70 (RpoD)  36.01 
 
 
647 aa  324  3e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0394  sigma 70 (RpoD)  36.7 
 
 
628 aa  323  4e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.339768  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  35.45 
 
 
594 aa  322  9.999999999999999e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  34.51 
 
 
623 aa  321  3e-86  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  32.95 
 
 
612 aa  321  3e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  34.51 
 
 
623 aa  321  3e-86  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6584  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  34.78 
 
 
665 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000125379  normal  0.0159529 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1698  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  32.47 
 
 
678 aa  320  5e-86  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6013  sigma-70 region 1.2  33.82 
 
 
624 aa  320  6e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  34.41 
 
 
602 aa  319  7.999999999999999e-86  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7094  sigma 70 (RpoD)  33.91 
 
 
677 aa  319  1e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.678093  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.28 
 
 
650 aa  319  1e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0310  RNA polymerase sigma-70 factor RpoD  32.64 
 
 
617 aa  315  1.9999999999999998e-84  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.744549  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1416  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  32.24 
 
 
900 aa  315  1.9999999999999998e-84  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.322339  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  33.33 
 
 
598 aa  315  1.9999999999999998e-84  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.6 
 
 
656 aa  313  3.9999999999999997e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  31.27 
 
 
612 aa  313  4.999999999999999e-84  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1038  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  31.32 
 
 
613 aa  310  5.9999999999999995e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0389354  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.76 
 
 
615 aa  309  9e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.76 
 
 
615 aa  309  9e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.76 
 
 
615 aa  309  9e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.76 
 
 
615 aa  309  9e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.76 
 
 
615 aa  309  9e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0634  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.64 
 
 
612 aa  308  1.0000000000000001e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0230181  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0553  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.64 
 
 
612 aa  308  1.0000000000000001e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000359129  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.64 
 
 
612 aa  309  1.0000000000000001e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.8 
 
 
647 aa  308  2.0000000000000002e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  34.32 
 
 
608 aa  307  3e-82  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4380  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.76 
 
 
613 aa  307  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00205022  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.76 
 
 
613 aa  307  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.76 
 
 
613 aa  307  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3502  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.76 
 
 
613 aa  307  4.0000000000000004e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00613431  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.04 
 
 
595 aa  307  5.0000000000000004e-82  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0548  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.15 
 
 
612 aa  306  6e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128359  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  31.6 
 
 
613 aa  306  7e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  31.6 
 
 
613 aa  306  8.000000000000001e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.6 
 
 
613 aa  306  8.000000000000001e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02887  hypothetical protein  31.6 
 
 
613 aa  306  8.000000000000001e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00855324  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.6 
 
 
613 aa  306  8.000000000000001e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  31.53 
 
 
621 aa  306  9.000000000000001e-82  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01730  RNA polymerase sigma factor  32.02 
 
 
611 aa  305  1.0000000000000001e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0157743  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0783  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.64 
 
 
611 aa  306  1.0000000000000001e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.060586  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  33.44 
 
 
599 aa  303  5.000000000000001e-81  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.2 
 
 
611 aa  303  6.000000000000001e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.03 
 
 
631 aa  303  7.000000000000001e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  31.37 
 
 
621 aa  302  9e-81  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  32.23 
 
 
602 aa  302  1e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.71 
 
 
666 aa  301  2e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.86 
 
 
667 aa  301  2e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0976  sigma 70 (RpoD)  33.55 
 
 
614 aa  301  2e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.741163  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.48 
 
 
638 aa  301  2e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.62 
 
 
718 aa  301  2e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.19 
 
 
666 aa  301  3e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.71 
 
 
665 aa  300  6e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.7 
 
 
669 aa  300  6e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.41 
 
 
710 aa  299  1e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3370  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.48 
 
 
612 aa  298  2e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.264997  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.59 
 
 
621 aa  298  2e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  32.85 
 
 
616 aa  298  2e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.13 
 
 
674 aa  298  2e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.89 
 
 
667 aa  298  3e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>