More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_B0394 on replicon NC_007952
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007952  Bxe_B0394  sigma 70 (RpoD)  100 
 
 
628 aa  1261    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.339768  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7094  sigma 70 (RpoD)  50.08 
 
 
677 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.678093  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2569  sigma 70 (RpoD)  50.16 
 
 
665 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.000000000000108997  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6584  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  49.6 
 
 
665 aa  578  1e-164  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000125379  normal  0.0159529 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6013  sigma-70 region 1.2  49.04 
 
 
624 aa  577  1.0000000000000001e-163  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3690  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.67 
 
 
664 aa  558  1e-158  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.556111  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.32 
 
 
707 aa  525  1e-148  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3783  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.9 
 
 
805 aa  518  1e-146  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2204  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.6 
 
 
808 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3641  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.06 
 
 
683 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4813  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.09 
 
 
804 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4480  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.74 
 
 
805 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.793179  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3257  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.74 
 
 
805 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0133032  normal  0.0284743 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3886  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.9 
 
 
805 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.673998  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.8 
 
 
800 aa  513  1e-144  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2820  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.16 
 
 
680 aa  515  1e-144  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6774  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.16 
 
 
681 aa  515  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.669833  normal  0.0681029 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3941  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.07 
 
 
685 aa  513  1e-144  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2525  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.96 
 
 
736 aa  509  1e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0373  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.96 
 
 
680 aa  509  1e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1520  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.96 
 
 
736 aa  510  1e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0339  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.96 
 
 
680 aa  509  1e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0888  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.11 
 
 
783 aa  511  1e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0833  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.96 
 
 
800 aa  509  1e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1713  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.96 
 
 
680 aa  509  1e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.089433  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.33 
 
 
855 aa  509  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2384  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.96 
 
 
736 aa  510  1e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0526  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.1 
 
 
657 aa  505  9.999999999999999e-143  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2388  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  44.14 
 
 
656 aa  508  9.999999999999999e-143  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  43.75 
 
 
644 aa  505  9.999999999999999e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0337  sigma 70 (RpoD)  45.03 
 
 
647 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1189  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.27 
 
 
666 aa  506  9.999999999999999e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.920411  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2215  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.83 
 
 
755 aa  499  1e-140  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2027  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.44 
 
 
821 aa  501  1e-140  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2420  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.44 
 
 
829 aa  501  1e-140  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.814829  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1750  sigma-70 region 1.2  44.19 
 
 
653 aa  497  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.746191  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  40.84 
 
 
746 aa  491  1e-137  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  40.1 
 
 
808 aa  484  1e-135  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  41.59 
 
 
635 aa  482  1e-134  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  41.53 
 
 
784 aa  478  1e-133  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.81 
 
 
615 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1604  RpoD family RNA polymerase sigma factor  40.81 
 
 
736 aa  474  1e-132  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362235  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  41.04 
 
 
801 aa  474  1e-132  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  41.48 
 
 
754 aa  475  1e-132  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.81 
 
 
615 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.81 
 
 
615 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.81 
 
 
615 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.81 
 
 
615 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  40.88 
 
 
797 aa  474  1e-132  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  40.84 
 
 
781 aa  470  1.0000000000000001e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0263  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  40.41 
 
 
629 aa  471  1.0000000000000001e-131  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.262087 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0548  RNA polymerase sigma factor RpoD  40 
 
 
612 aa  466  9.999999999999999e-131  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128359  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.35 
 
 
631 aa  468  9.999999999999999e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  40 
 
 
754 aa  468  9.999999999999999e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.58 
 
 
611 aa  466  9.999999999999999e-131  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.68 
 
 
612 aa  466  9.999999999999999e-131  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  39.9 
 
 
613 aa  465  1e-129  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  39.74 
 
 
613 aa  462  1e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.9 
 
 
613 aa  465  1e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02887  hypothetical protein  39.9 
 
 
613 aa  465  1e-129  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00855324  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4380  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.9 
 
 
613 aa  464  1e-129  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00205022  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0634  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.68 
 
 
612 aa  465  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0230181  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.9 
 
 
613 aa  464  1e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  40.55 
 
 
602 aa  462  1e-129  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0783  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.74 
 
 
611 aa  464  1e-129  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.060586  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1558  sigma 70 (RpoD)  39.52 
 
 
783 aa  464  1e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.990853  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3502  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.9 
 
 
613 aa  464  1e-129  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00613431  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  41.25 
 
 
619 aa  464  1e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.9 
 
 
613 aa  465  1e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0553  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.68 
 
 
612 aa  465  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000359129  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.9 
 
 
613 aa  464  1e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3370  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.58 
 
 
612 aa  462  1e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.264997  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.42 
 
 
647 aa  461  9.999999999999999e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  38.93 
 
 
612 aa  459  9.999999999999999e-129  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1698  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  39.13 
 
 
678 aa  457  1e-127  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  41.57 
 
 
602 aa  458  1e-127  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1575  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  39.62 
 
 
623 aa  457  1e-127  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0235989  normal  0.0103568 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0716  Fis family transcriptional regulator  40.29 
 
 
613 aa  455  1.0000000000000001e-126  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000378476  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0976  sigma 70 (RpoD)  40.79 
 
 
614 aa  454  1.0000000000000001e-126  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.741163  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  40.39 
 
 
616 aa  451  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.42 
 
 
620 aa  451  1e-125  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.39 
 
 
616 aa  452  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.32 
 
 
620 aa  451  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001624  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.45 
 
 
620 aa  450  1e-125  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.294566  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2834  RNA polymerase sigma factor RpoD-like protein  38.68 
 
 
617 aa  449  1e-125  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0916822  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  40.99 
 
 
598 aa  452  1e-125  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0996  RpoD family RNA polymerase sigma factor  39.14 
 
 
616 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0289616  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0310  RNA polymerase sigma-70 factor RpoD  38.65 
 
 
617 aa  446  1.0000000000000001e-124  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.744549  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1260  putative sigma-70 factor (RpoD)  37.87 
 
 
647 aa  446  1.0000000000000001e-124  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  38.11 
 
 
608 aa  446  1.0000000000000001e-124  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.39 
 
 
621 aa  448  1.0000000000000001e-124  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1124  sigma 70 (RpoD)  38.28 
 
 
648 aa  446  1.0000000000000001e-124  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.675922 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.95 
 
 
610 aa  448  1.0000000000000001e-124  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2996  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  38.16 
 
 
614 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000465174  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01730  RNA polymerase sigma factor  38.7 
 
 
611 aa  444  1e-123  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0157743  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1144  RpoD family RNA polymerase sigma factor  38.81 
 
 
627 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0208725  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1188  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  38.81 
 
 
627 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.438947  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1416  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  38.97 
 
 
900 aa  444  1e-123  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.322339  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07520  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.26 
 
 
617 aa  445  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0627024  normal  0.302038 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3169  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  39.12 
 
 
611 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148528  normal  0.341399 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>