More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_p0260 on replicon NC_009475
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 243 aa  505  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0943  transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 242 aa  123  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 260 aa  122  6e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5387  autoinducer-binding domain-containing protein  29.74 
 
 		 320 aa  115  7.999999999999999e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.841269  normal  0.0379322 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4558  LuxR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 234 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.534127  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8140  transcriptional regulator TraR  31.9 
 
 		 227 aa  110  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.692827  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8300  transcriptional regulator TraR  31.9 
 
 		 230 aa  109  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9195  transcriptional regulator TraR  30.09 
 
 		 234 aa  108  6e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.391185  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5493  transcriptional regulator, LuxR family  32.63 
 
 		 236 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  33.33 
 
 		 213 aa  105  6e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 248 aa  105  7e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  30 
 
 		 250 aa  103  3e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1836  transcriptional regulator, LuxR family  27.96 
 
 		 245 aa  102  4e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.28867  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1547  LuxR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 245 aa  100  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 245 aa  100  1e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1655  LuxR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 245 aa  100  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4889  autoinducer-binding domain-containing protein  30.17 
 
 		 233 aa  100  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70592  normal  0.843155 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 244 aa  99  6e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  29.74 
 
 		 236 aa  98.6  8e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  28.93 
 
 		 243 aa  98.6  8e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1442  transcriptional regulator, LuxR family  27.49 
 
 		 245 aa  98.2  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  30.04 
 
 		 243 aa  96.7  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  29.05 
 
 		 243 aa  96.7  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 237 aa  95.5  7e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 237 aa  95.5  7e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 237 aa  95.5  7e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  29.57 
 
 		 247 aa  94  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 268 aa  93.2  3e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  30 
 
 		 248 aa  92.4  5e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  28.15 
 
 		 237 aa  92  7e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  26.4 
 
 		 307 aa  92  8e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  28.93 
 
 		 236 aa  90.5  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2311  LuxR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 265 aa  90.1  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  28.51 
 
 		 247 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  27.31 
 
 		 237 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  30.73 
 
 		 253 aa  88.6  7e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 245 aa  88.6  8e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 248 aa  88.6  8e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 248 aa  88.6  8e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4428  transcriptional regulator, LuxR family  28.44 
 
 		 245 aa  88.2  9e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0720  LuxR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 247 aa  87  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0182  LuxR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 247 aa  87  2e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00268604  hitchhiker  0.00000585836 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0097  transcriptional regulator, LuxR family  31.22 
 
 		 244 aa  87  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0791  LuxR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 247 aa  87  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 235 aa  86.7  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 235 aa  86.3  4e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4147  transcriptional regulator, LuxR family  27.32 
 
 		 242 aa  86.3  4e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 247 aa  85.5  6e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  27.34 
 
 		 254 aa  85.5  7e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  29.32 
 
 		 243 aa  84.7  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3112  regulatory protein, LuxR  26.45 
 
 		 250 aa  84  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  31.34 
 
 		 235 aa  83.2  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  26.69 
 
 		 245 aa  82.8  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5699  LuxR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 239 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0607724 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  27.89 
 
 		 244 aa  81.6  0.000000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  26.86 
 
 		 239 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  26.86 
 
 		 239 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  26.86 
 
 		 239 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  26.86 
 
 		 239 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  26.86 
 
 		 239 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  26.86 
 
 		 239 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  26.86 
 
 		 239 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 239 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.45 
 
 		 239 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 239 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 239 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2028  LuxR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 242 aa  79.7  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  28.65 
 
 		 246 aa  79  0.00000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.89 
 
 		 238 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 242 aa  79  0.00000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.89 
 
 		 238 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.89 
 
 		 238 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.89 
 
 		 238 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.89 
 
 		 238 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.02 
 
 		 425 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  28.21 
 
 		 235 aa  78.2  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 239 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.02 
 
 		 394 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  27.46 
 
 		 239 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  26.56 
 
 		 239 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 241 aa  74.3  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 228 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 228 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 242 aa  74.3  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1686  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.81 
 
 		 237 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0643903  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0641  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.81 
 
 		 241 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0312274  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2672  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.81 
 
 		 241 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2915  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.81 
 
 		 237 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.454836  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2798  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.81 
 
 		 237 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.675669  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  28.83 
 
 		 234 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2729  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.81 
 
 		 241 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930619  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 231 aa  73.9  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.83 
 
 		 236 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.83 
 
 		 234 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2371  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.81 
 
 		 241 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.440892  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0963  transcriptional regulator, LuxR family  25.94 
 
 		 237 aa  73.6  0.000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.27907  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1817  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.81 
 
 		 241 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.985291  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 240 aa  72.8  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>