More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2175 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2175  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  611  9.999999999999999e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 294 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 294 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 294 aa  155  6e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 296 aa  155  9e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.09 
 
 		 315 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4124  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 303 aa  152  5e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.774115  decreased coverage  0.0000191033 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 297 aa  152  5.9999999999999996e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 296 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 294 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 294 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3439  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 303 aa  152  8e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0327434  normal  0.240925 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0695  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 303 aa  152  8e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000273507  normal  0.730196 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  34.6 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3327  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.114009  normal  0.9019 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0604  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0915  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 314 aa  149  4e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3968  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 303 aa  149  5e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0839  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 303 aa  148  9e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1993  putative transcriptional regulator  34.6 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0670  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87688  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3680  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0522  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 298 aa  147  3e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3156  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000483738  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 297 aa  145  8.000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  30.93 
 
 		 307 aa  145  9e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0839  transcriptional regulator, LysR family  30.88 
 
 		 303 aa  145  9e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.771385  hitchhiker  0.0000128794 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 305 aa  145  9e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6638  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 338 aa  144  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.224115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0814  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 303 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000116496  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  30.17 
 
 		 309 aa  144  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0846  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 303 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.579018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3521  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 303 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00124324  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3219  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 303 aa  144  1e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00312841  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0990  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0579  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.264482  normal  0.0538028 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3212  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2700  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.469247  normal  0.332498 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3913  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2963  LysR, substrate-binding  30.14 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 		 335 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 313 aa  144  3e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 302 aa  142  5e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0551  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 299 aa  142  6e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05302  transcription regulator protein  33.11 
 
 		 329 aa  142  8e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 301 aa  142  8e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 291 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5378  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.519344  normal  0.589348 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  28.18 
 
 		 330 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3443  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 298 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 301 aa  139  4.999999999999999e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 298 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 289 aa  138  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.26 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2362  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3583  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.23323  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3355  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.35672  normal  0.0333388 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  29.63 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  34 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 309 aa  137  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  29.19 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0547  transcriptional regulator, LysR family protein  29.23 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444887  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  28.81 
 
 		 289 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2450  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0291  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 293 aa  137  3.0000000000000003e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3098  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 303 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.870472  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0965  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 314 aa  136  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.292002  normal  0.0128926 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5603  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 359 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.469593 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5256  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 359 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  27.7 
 
 		 289 aa  136  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 		 298 aa  136  5e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0091  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 353 aa  136  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4153  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 315 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0784  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 301 aa  135  6.0000000000000005e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4265  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 315 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.562442 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2398  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 300 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  29.9 
 
 		 302 aa  135  7.000000000000001e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2464  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 300 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.624531 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4625  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 331 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00069577 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  29.97 
 
 		 305 aa  135  7.000000000000001e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0459  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 297 aa  135  8e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  29.76 
 
 		 289 aa  135  8e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34690  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 297 aa  135  9e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0262778  normal  0.106193 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 302 aa  134  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1475  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 325 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 294 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0919  transcriptional regulator, LysR family protein  28.67 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>