More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0194 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0103  30S ribosomal protein S1  75.71 
 
 		 569 aa  863    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.503388  normal  0.928701 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0029  30S ribosomal protein S1  84.83 
 
 		 566 aa  960    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0124  30S ribosomal protein S1  76.42 
 
 		 570 aa  886    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.463891 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4030  30S ribosomal protein S1  94.89 
 
 		 567 aa  1069    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0103  30S ribosomal protein S1  67.13 
 
 		 569 aa  756    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.924927 
 
 
-
 
NC_004310  BR0027  30S ribosomal protein S1  85.89 
 
 		 566 aa  968    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.173864  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1025  30S ribosomal protein S1  67.38 
 
 		 558 aa  759    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0436614  normal  0.528214 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0207  30S ribosomal protein S1  76.33 
 
 		 570 aa  890    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.271501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6076  30S ribosomal protein S1  77.13 
 
 		 569 aa  892    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0206  30S ribosomal protein S1  74.25 
 
 		 567 aa  856    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.49849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3590  30S ribosomal protein S1  66.49 
 
 		 561 aa  759    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.019363  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0754  30S ribosomal protein S1  63.06 
 
 		 575 aa  712    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2456  30S ribosomal protein S1  68.66 
 
 		 569 aa  791    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2229  30S ribosomal protein S1  76.46 
 
 		 571 aa  880    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.516713  normal  0.0580456 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1305  30S ribosomal protein S1  79.89 
 
 		 566 aa  932    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000305659  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0293  30S ribosomal protein S1  65.53 
 
 		 573 aa  759    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0194  30S ribosomal protein S1  100 
 
 		 573 aa  1148    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.571877  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0640  30S ribosomal protein S1  73.93 
 
 		 565 aa  853    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.079846 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1322  30S ribosomal protein S1  70.44 
 
 		 566 aa  787    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.85252  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3882  30S ribosomal protein S1  66.67 
 
 		 561 aa  762    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.237416  normal  0.848573 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0721  30S ribosomal protein S1  66.49 
 
 		 558 aa  739    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0686992  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4360  30S ribosomal protein S1  94.71 
 
 		 567 aa  1066    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294177  hitchhiker  0.00911055 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0397  30S ribosomal protein S1  73.39 
 
 		 565 aa  846    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0168105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0067  30S ribosomal protein S1  74.11 
 
 		 565 aa  851    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00605902  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0192  30S ribosomal protein S1  73.93 
 
 		 565 aa  852    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0782699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0163  30S ribosomal protein S1  73.84 
 
 		 566 aa  854    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.97893  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2917  30S ribosomal protein S1  64.16 
 
 		 571 aa  729    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.371234  normal  0.0728232 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3458  30S ribosomal protein S1  93.83 
 
 		 568 aa  1058    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0200  30S ribosomal protein S1  68.34 
 
 		 558 aa  768    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.977671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1495  30S ribosomal protein S1  69.65 
 
 		 570 aa  766    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.255625 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3606  30S ribosomal protein S1  85.49 
 
 		 569 aa  968    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000377018  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0149  30S ribosomal protein S1  72.08 
 
 		 569 aa  822    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2936  30S ribosomal protein S1  74.87 
 
 		 577 aa  877    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0182  30S ribosomal protein S1  76.42 
 
 		 570 aa  887    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.357984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0098  30S ribosomal protein S1  66.9 
 
 		 566 aa  748    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3275  30S ribosomal protein S1  66.49 
 
 		 561 aa  759    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62304 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0675  30S ribosomal protein S1  74.78 
 
 		 582 aa  865    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.690527 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0026  30S ribosomal protein S1  85.89 
 
 		 566 aa  968    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3786  30S ribosomal protein S1  66.37 
 
 		 571 aa  769    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  hitchhiker  0.000327486 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6612  30S ribosomal protein S1  76.95 
 
 		 569 aa  890    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.328912  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2446  30S ribosomal protein S1  77.26 
 
 		 570 aa  890    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.822205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0172  SSU ribosomal protein S1P  54.88 
 
 		 570 aa  589  1e-167  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0487527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  48.56 
 
 		 556 aa  548  1e-155  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003020  SSU ribosomal protein S1p  48.74 
 
 		 556 aa  548  1e-154  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000113511  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  48.38 
 
 		 557 aa  547  1e-154  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0927  30S ribosomal protein S1  47.46 
 
 		 569 aa  546  1e-154  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000030887  normal  0.340595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1071  30S ribosomal protein S1  47.46 
 
 		 569 aa  546  1e-154  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000319804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  49.35 
 
 		 557 aa  542  1e-153  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0850  30S ribosomal protein S1  47.25 
 
 		 562 aa  542  1e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.334273 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00915  30S ribosomal protein S1  47.65 
 
 		 557 aa  541  9.999999999999999e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.792164  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2732  ribosomal protein S1  47.65 
 
 		 557 aa  541  9.999999999999999e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000185762  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1430  30S ribosomal protein S1  47.29 
 
 		 557 aa  539  9.999999999999999e-153  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00086358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  48.01 
 
 		 556 aa  541  9.999999999999999e-153  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000598437  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0909  30S ribosomal protein S1  47.07 
 
 		 562 aa  540  9.999999999999999e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0779  30S ribosomal protein S1  47.25 
 
 		 562 aa  540  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0987  30S ribosomal protein S1  47.65 
 
 		 557 aa  541  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0123742  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2339  30S ribosomal protein S1  47.29 
 
 		 569 aa  540  9.999999999999999e-153  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00489204  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1079  30S ribosomal protein S1  47.65 
 
 		 557 aa  541  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0828489 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1094  30S ribosomal protein S1  47.65 
 
 		 557 aa  541  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.613662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1014  30S ribosomal protein S1  47.65 
 
 		 557 aa  541  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.535746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2685  30S ribosomal protein S1  47.65 
 
 		 557 aa  541  9.999999999999999e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000435893  normal  0.630998 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1046  30S ribosomal protein S1  47.65 
 
 		 557 aa  541  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.700125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1008  30S ribosomal protein S1  47.65 
 
 		 557 aa  541  9.999999999999999e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000383759  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2209  30S ribosomal protein S1  47.65 
 
 		 557 aa  541  9.999999999999999e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000110592  normal  0.604495 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  47.74 
 
 		 589 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2417  30S ribosomal protein S1  47.65 
 
 		 557 aa  541  9.999999999999999e-153  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000560944  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1072  30S ribosomal protein S1  47.65 
 
 		 557 aa  541  9.999999999999999e-153  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000956942  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2237  30S ribosomal protein S1  47.11 
 
 		 557 aa  539  9.999999999999999e-153  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000585516  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00922  hypothetical protein  47.65 
 
 		 557 aa  541  9.999999999999999e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.750734  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1017  30S ribosomal protein S1  47.65 
 
 		 557 aa  541  9.999999999999999e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000848151  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1709  30S ribosomal protein S1  48.61 
 
 		 559 aa  538  1e-151  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000421469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2069  30S ribosomal protein S1  46.91 
 
 		 571 aa  536  1e-151  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000607618  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1735  30S ribosomal protein S1  46.75 
 
 		 557 aa  536  1e-151  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0109338  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4160  30S ribosomal protein S1  47.43 
 
 		 570 aa  532  1e-150  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3035  30S ribosomal protein S1  47.71 
 
 		 567 aa  531  1e-150  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00687642  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2003  30S ribosomal protein S1  46.75 
 
 		 565 aa  534  1e-150  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0183924  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0927  30S ribosomal protein S1  47.45 
 
 		 576 aa  532  1e-150  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.722612  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  45.18 
 
 		 560 aa  532  1e-150  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0722  30S ribosomal protein S1  47.31 
 
 		 564 aa  533  1e-150  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.151231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0568  30S ribosomal protein S1  47.43 
 
 		 570 aa  532  1e-150  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  47.29 
 
 		 555 aa  532  1e-150  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  47.29 
 
 		 555 aa  532  1e-150  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0923  30S ribosomal protein S1  47.45 
 
 		 576 aa  533  1e-150  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1047  30S ribosomal protein S1  47.63 
 
 		 576 aa  533  1e-150  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  47.29 
 
 		 555 aa  532  1e-150  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  47.29 
 
 		 555 aa  533  1e-150  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1006  30S ribosomal protein S1  47.63 
 
 		 576 aa  533  1e-150  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  47.29 
 
 		 555 aa  531  1e-149  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2668  30S ribosomal protein S1  46.21 
 
 		 557 aa  529  1e-149  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000112537  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2572  30S ribosomal protein S1  46.73 
 
 		 570 aa  528  1e-149  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.196878  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2569  30S ribosomal protein S1  47.13 
 
 		 564 aa  530  1e-149  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2993  30S ribosomal protein S1  46.73 
 
 		 570 aa  528  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1638  30S ribosomal protein S1  46.73 
 
 		 570 aa  528  1e-149  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.82562  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0982  30S ribosomal protein S1  48.24 
 
 		 571 aa  529  1e-149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.144535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  48.33 
 
 		 555 aa  530  1e-149  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  46.93 
 
 		 555 aa  529  1e-149  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2945  30S ribosomal protein S1  46.73 
 
 		 570 aa  528  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.855668  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  48.7 
 
 		 555 aa  531  1e-149  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000359988  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3285  30S ribosomal protein S1  48.04 
 
 		 561 aa  531  1e-149  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00279338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2882  30S ribosomal protein S1  46.73 
 
 		 570 aa  528  1e-149  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0077101  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>