199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3719 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_3719  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 		 227 aa  449  1e-125  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.851339  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2741  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  39.72 
 
 		 225 aa  143  2e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.705936 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26880  cAMP-binding protein  39.27 
 
 		 225 aa  139  3e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.452605 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3957  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.71 
 
 		 289 aa  89.7  3e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1644  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 223 aa  74.3  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1659  cyclic nucleotide-binding  31.03 
 
 		 223 aa  68.6  0.00000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.834954  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8981  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.69 
 
 		 222 aa  68.2  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0632  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.89 
 
 		 236 aa  67.4  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.649143  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5506  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 246 aa  67.4  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.324567  normal  0.438631 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0602  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.07 
 
 		 225 aa  64.7  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.628877 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5511  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.97 
 
 		 227 aa  61.6  0.000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.360617  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 222 aa  61.6  0.000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.87 
 
 		 225 aa  61.2  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6804  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.56 
 
 		 238 aa  60.5  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.743669  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4099  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 237 aa  58.9  0.00000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000655046 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7216  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.46 
 
 		 246 aa  58.5  0.00000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.726682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3233  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 256 aa  58.2  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0303  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.75 
 
 		 228 aa  57.8  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2257  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.48 
 
 		 234 aa  57  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000784359  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2478  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 249 aa  56.2  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.651433 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  26.18 
 
 		 225 aa  55.5  0.0000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  31.73 
 
 		 222 aa  55.1  0.0000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2683  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.11 
 
 		 236 aa  55.1  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.168298 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.77 
 
 		 222 aa  54.7  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  26.17 
 
 		 225 aa  54.3  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3227  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 232 aa  55.1  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0070  cyclic nucleotide-binding protein  26.85 
 
 		 227 aa  54.7  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.376283 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6844  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.53 
 
 		 235 aa  53.9  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0901192  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1724  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.33 
 
 		 230 aa  53.9  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  26.67 
 
 		 228 aa  53.5  0.000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5783  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.05 
 
 		 212 aa  53.5  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00268451  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.14 
 
 		 223 aa  52.8  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0120826  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 225 aa  51.6  0.000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3212  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 229 aa  51.6  0.000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0543887  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2357  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.86 
 
 		 212 aa  51.6  0.000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.76 
 
 		 226 aa  51.6  0.000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.18 
 
 		 225 aa  51.6  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.36 
 
 		 240 aa  51.2  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8335  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.95 
 
 		 209 aa  51.6  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.339186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0328  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 246 aa  51.6  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0277272  normal  0.0570772 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.63 
 
 		 231 aa  50.4  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 214 aa  50.4  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 229 aa  50.4  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.69 
 
 		 226 aa  50.8  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0798  transcription regulator  22.17 
 
 		 213 aa  50.8  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000892201  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  25 
 
 		 212 aa  50.4  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  23.56 
 
 		 243 aa  50.4  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5695  cyclic nucleotide-binding protein  30.04 
 
 		 233 aa  50.8  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0746044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2386  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.84 
 
 		 230 aa  50.1  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0267635  normal  0.395563 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2737  cAMP-regulatory protein  24.86 
 
 		 210 aa  50.1  0.00003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0293  cAMP-regulatory protein  25.13 
 
 		 210 aa  50.1  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160804  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.18 
 
 		 242 aa  50.1  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 246 aa  50.1  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.78 
 
 		 234 aa  49.3  0.00004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4286  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 241 aa  49.7  0.00004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 249 aa  49.7  0.00004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3550  cAMP-regulatory protein  24.47 
 
 		 217 aa  49.3  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0369  cAMP-regulatory protein  25.13 
 
 		 210 aa  49.3  0.00005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.96 
 
 		 228 aa  49.3  0.00005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3784  cAMP-regulatory protein  25.67 
 
 		 210 aa  49.3  0.00005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0916512  hitchhiker  0.00483948 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2591  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.21 
 
 		 221 aa  48.9  0.00006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.44001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3834  cAMP-regulatory protein  25.13 
 
 		 210 aa  48.9  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.429858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0691  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.41 
 
 		 214 aa  48.9  0.00006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.275069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3737  cAMP-regulatory protein  25.13 
 
 		 210 aa  48.9  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0176942 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3771  cAMP-regulatory protein  25.13 
 
 		 210 aa  48.9  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.275024  normal  0.523362 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3663  cAMP-regulatory protein  25.13 
 
 		 210 aa  48.9  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.185514  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3663  cAMP-regulatory protein  25.13 
 
 		 210 aa  48.9  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1945  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 242 aa  48.5  0.00008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3702  cAMP-regulatory protein  24.32 
 
 		 210 aa  48.5  0.00009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0248  cAMP-regulatory protein  24.32 
 
 		 210 aa  48.5  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3853  cAMP-regulatory protein  24.32 
 
 		 210 aa  48.5  0.00009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3945  cAMP-regulatory protein  24.32 
 
 		 210 aa  48.5  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03208  DNA-binding transcriptional dual regulator  25.13 
 
 		 210 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0355  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.13 
 
 		 210 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000236327  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4032  cAMP-regulatory protein  24.32 
 
 		 210 aa  48.1  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 263 aa  47.8  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3749  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 228 aa  48.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.9168  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0312  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.35 
 
 		 191 aa  47.8  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3639  cAMP-regulatory protein  25.13 
 
 		 210 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269957 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 225 aa  47.8  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4667  cAMP-regulatory protein  25.13 
 
 		 210 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00224827  normal  0.233908 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.06 
 
 		 225 aa  48.1  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2191  cAMP-regulatory protein  25.13 
 
 		 210 aa  47.8  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6723  putative cyclic-AMP receptor-like protein  22.35 
 
 		 235 aa  48.1  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.823634  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03160  hypothetical protein  25.13 
 
 		 210 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0202429  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0355  cAMP-regulatory protein  25.13 
 
 		 210 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0526852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0436  transcription regulator  25.97 
 
 		 214 aa  48.1  0.0001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0316636  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 223 aa  48.1  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00075  cAMP-regulatory protein  24.6 
 
 		 210 aa  48.1  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3554  cAMP-regulatory protein  25.13 
 
 		 210 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3827  cAMP-regulatory protein  24.86 
 
 		 210 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3733  cAMP-regulatory protein  25.13 
 
 		 210 aa  48.1  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4580  cAMP-regulatory protein  24.32 
 
 		 210 aa  47.8  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0550419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1677  cyclic nucleotide-binding protein  26.52 
 
 		 258 aa  47.8  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.506462  normal  0.511537 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.35 
 
 		 223 aa  47.4  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3735  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 		 227 aa  47.8  0.0002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1232  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.24 
 
 		 235 aa  47.4  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4779  cAMP-regulatory protein  24.08 
 
 		 214 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.345439 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002279  cyclic AMP receptor protein  24.6 
 
 		 210 aa  47.4  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  24.74 
 
 		 239 aa  47  0.0002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>