175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0312 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0312  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 		 191 aa  390  1e-108  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4136  cyclic nucleotide-binding domain protein  28.48 
 
 		 233 aa  63.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4121  cyclic nucleotide-binding domain protein  28.48 
 
 		 263 aa  63.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0388  cyclic nucleotide-binding protein  25.77 
 
 		 213 aa  63.2  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.41 
 
 		 223 aa  61.6  0.000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4032  cAMP-regulatory protein  26.67 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3945  cAMP-regulatory protein  26.67 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4580  cAMP-regulatory protein  26.67 
 
 		 210 aa  59.3  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0550419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3702  cAMP-regulatory protein  26.67 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0248  cAMP-regulatory protein  26.67 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3737  cAMP-regulatory protein  26.06 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0176942 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3663  cAMP-regulatory protein  26.06 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3853  cAMP-regulatory protein  26.06 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 229 aa  57.4  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3834  cAMP-regulatory protein  26.06 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.429858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3663  cAMP-regulatory protein  26.06 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.185514  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3771  cAMP-regulatory protein  26.06 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.275024  normal  0.523362 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2191  cAMP-regulatory protein  26.06 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00075  cAMP-regulatory protein  25.45 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03208  DNA-binding transcriptional dual regulator  26.06 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0355  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.06 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000236327  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03160  hypothetical protein  26.06 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0202429  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002279  cyclic AMP receptor protein  25.45 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4667  cAMP-regulatory protein  26.06 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00224827  normal  0.233908 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3554  cAMP-regulatory protein  26.06 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0355  cAMP-regulatory protein  26.06 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0526852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3639  cAMP-regulatory protein  26.06 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269957 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3733  cAMP-regulatory protein  26.06 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0369  cAMP-regulatory protein  25.45 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3827  cAMP-regulatory protein  26.06 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0293  cAMP-regulatory protein  25.45 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160804  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0602  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.24 
 
 		 225 aa  55.8  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.628877 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1814  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  34.48 
 
 		 242 aa  55.5  0.0000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.38579  normal  0.245711 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 228 aa  55.1  0.0000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2737  cAMP-regulatory protein  24.85 
 
 		 210 aa  54.7  0.0000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1123  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.85 
 
 		 220 aa  54.7  0.0000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.244021  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  24.32 
 
 		 243 aa  54.3  0.0000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3735  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.43 
 
 		 227 aa  54.3  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3784  cAMP-regulatory protein  24.85 
 
 		 210 aa  54.3  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0916512  hitchhiker  0.00483948 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1939  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.56 
 
 		 235 aa  53.5  0.000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  22.89 
 
 		 212 aa  53.1  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2199  cyclic nucleotide-binding protein  29.63 
 
 		 357 aa  53.9  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1243  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25.69 
 
 		 231 aa  53.1  0.000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00145976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0548  cAMP-regulatory protein  23.93 
 
 		 210 aa  52.8  0.000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.549862  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.89 
 
 		 232 aa  52.8  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.71 
 
 		 226 aa  53.1  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3190  cAMP-regulatory protein  25.3 
 
 		 211 aa  52.4  0.000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000213612  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.87 
 
 		 226 aa  52  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 224 aa  51.2  0.000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3725  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 		 237 aa  51.2  0.000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0054318  normal  0.342144 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3232  cyclic nucleotide-binding protein  29.17 
 
 		 212 aa  51.2  0.000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3690  cAMP-regulatory protein  24.85 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0119951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 263 aa  50.8  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0578  cAMP-regulatory protein  24.85 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.001638  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3747  cAMP-regulatory protein  24.85 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0179283  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1677  cyclic nucleotide-binding protein  26.32 
 
 		 258 aa  50.4  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.506462  normal  0.511537 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3873  cAMP-regulatory protein  24.85 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000159716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  23.53 
 
 		 225 aa  50.1  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1660  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.38 
 
 		 261 aa  50.4  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.74426  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2212  cyclic nucleotide-binding protein  26.38 
 
 		 230 aa  50.1  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.328498  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2357  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.67 
 
 		 212 aa  49.3  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.56 
 
 		 246 aa  49.3  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2535  CRP/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 		 226 aa  48.9  0.00004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2775  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  27.19 
 
 		 493 aa  48.9  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.85719 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4099  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.35 
 
 		 237 aa  48.5  0.00005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000655046 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.38 
 
 		 226 aa  48.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.67 
 
 		 223 aa  48.1  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0120826  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.36 
 
 		 228 aa  48.1  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2368  catabolite gene activator  24.4 
 
 		 231 aa  48.1  0.00007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8335  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.64 
 
 		 209 aa  48.1  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.339186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 		 249 aa  48.1  0.00008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  28.71 
 
 		 563 aa  48.1  0.00008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3719  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.35 
 
 		 227 aa  47.8  0.00009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.851339  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.22 
 
 		 222 aa  47.4  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  22.54 
 
 		 226 aa  47.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.73 
 
 		 227 aa  47.4  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1557  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 234 aa  47.4  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.986178 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.71 
 
 		 228 aa  47.8  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2964  catabolite gene activator  25.16 
 
 		 231 aa  47.4  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117686  normal  0.0504815 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0410  putative DNA-binding protein  25.48 
 
 		 190 aa  47.8  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.269856  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0903  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 287 aa  47  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0629  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.07 
 
 		 230 aa  47.8  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000285446  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.3 
 
 		 230 aa  47  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 225 aa  47  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5695  cyclic nucleotide-binding protein  22.77 
 
 		 233 aa  47  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0746044  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0719  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.98 
 
 		 257 aa  47  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000204419 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2514  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.33 
 
 		 231 aa  46.2  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.619242 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1984  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.81 
 
 		 250 aa  46.2  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.312779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0336  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25.79 
 
 		 223 aa  46.2  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0158598  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0355  Crp-like transcriptional regulator  21.12 
 
 		 221 aa  45.8  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128458  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  22.29 
 
 		 226 aa  45.8  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 228 aa  45.8  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 227 aa  46.2  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3214  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.49 
 
 		 230 aa  46.2  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.939046  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.83 
 
 		 242 aa  45.8  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 230 aa  46.2  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.49 
 
 		 227 aa  45.8  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.96 
 
 		 226 aa  45.8  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3152  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 		 487 aa  46.2  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.833452  normal  0.47191 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28321  putative regulatory protein  23.01 
 
 		 231 aa  45.8  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.270503 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>