More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_1073 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013510  Tcur_3221  protein-export membrane protein SecD  54.65 
 
 
761 aa  738    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.390214  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1073  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  100 
 
 
753 aa  1437    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0361267  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8810  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  57.16 
 
 
756 aa  694    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1629  protein-export membrane protein SecD  57.55 
 
 
748 aa  700    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.683752  normal  0.475056 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0387  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  43.25 
 
 
911 aa  553  1e-156  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.807363  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4072  protein-export membrane protein SecD  47.83 
 
 
885 aa  521  1e-146  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3618  protein-export membrane protein SecD  34.78 
 
 
735 aa  404  1e-111  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000114723  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.1 
 
 
856 aa  370  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.36 
 
 
856 aa  355  2e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1936  protein-export membrane protein SecD  35.47 
 
 
759 aa  353  5e-96  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.609116  hitchhiker  0.000000107208 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.62 
 
 
853 aa  349  1e-94  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03171  Acriflavin resistance protein  32.33 
 
 
843 aa  347  4e-94  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1471  protein-export membrane protein SecD  35.09 
 
 
740 aa  344  4e-93  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000674169 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1239  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.67 
 
 
762 aa  342  1e-92  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.194675  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.58 
 
 
848 aa  338  2.9999999999999997e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3464  protein-export membrane protein SecD  32.41 
 
 
849 aa  337  5.999999999999999e-91  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.068989  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.07 
 
 
849 aa  330  6e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0935  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.22 
 
 
750 aa  328  2.0000000000000001e-88  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.15 
 
 
839 aa  326  1e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  33.05 
 
 
845 aa  324  4e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1284  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.34 
 
 
844 aa  318  2e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1860  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.11 
 
 
844 aa  317  4e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0181  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.44 
 
 
844 aa  313  9e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4545  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.31 
 
 
754 aa  310  8e-83  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0113  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  33.17 
 
 
991 aa  309  1.0000000000000001e-82  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.758548 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4496  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.17 
 
 
754 aa  308  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4258  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.51 
 
 
755 aa  308  2.0000000000000002e-82  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4306  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.17 
 
 
754 aa  309  2.0000000000000002e-82  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4641  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.17 
 
 
754 aa  309  2.0000000000000002e-82  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4530  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.17 
 
 
754 aa  308  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.566924  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1604  protein-export membrane protein SecD  41.3 
 
 
399 aa  308  3e-82  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0444022  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0878  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.28 
 
 
834 aa  308  3e-82  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.335263  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4144  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.56 
 
 
754 aa  307  4.0000000000000004e-82  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4155  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.03 
 
 
754 aa  307  4.0000000000000004e-82  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4491  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.56 
 
 
754 aa  307  4.0000000000000004e-82  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000282789 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0705  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.03 
 
 
754 aa  306  7e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2513  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.66 
 
 
750 aa  304  4.0000000000000003e-81  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000183584  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1201  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  28.87 
 
 
763 aa  297  4e-79  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.732454  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3127  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.33 
 
 
752 aa  296  8e-79  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0092  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.16 
 
 
995 aa  295  2e-78  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0142  preprotein translocase subunit SecD  42.26 
 
 
464 aa  295  2e-78  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1691  protein-export membrane protein SecD  39.28 
 
 
461 aa  295  2e-78  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0199339  normal  0.405053 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6254  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.52 
 
 
1055 aa  293  9e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1727  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.77 
 
 
759 aa  291  2e-77  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.347489  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.77 
 
 
759 aa  291  2e-77  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.08 
 
 
846 aa  290  8e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12600  protein-export membrane protein SecF/protein-export membrane protein SecD  28.97 
 
 
977 aa  288  2.9999999999999996e-76  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3183  protein-export membrane protein SecD  30.81 
 
 
989 aa  285  2.0000000000000002e-75  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0406791  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2738  protein-export membrane protein SecD  39.1 
 
 
406 aa  285  3.0000000000000004e-75  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1496  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.47 
 
 
846 aa  284  4.0000000000000003e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.823548 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0716  SecD/SecF family protein-export membrane protein  29.3 
 
 
734 aa  282  1e-74  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000203356  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08751  putative protein-export transmembrane SecDF protein  31.63 
 
 
1001 aa  281  3e-74  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.392094  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1425  preprotein translocase subunit SecD  38.71 
 
 
403 aa  281  5e-74  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000290493  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5169  protein-export membrane protein SecD  32.92 
 
 
1029 aa  278  4e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.325981  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1669  preprotein translocase subunit SecD  40.05 
 
 
413 aa  275  2.0000000000000002e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000293049  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2884  preprotein translocase subunit SecD  39.27 
 
 
470 aa  276  2.0000000000000002e-72  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3212  preprotein translocase subunit SecD  39.27 
 
 
470 aa  276  2.0000000000000002e-72  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.718211  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1028  preprotein translocase subunit SecD  38.86 
 
 
471 aa  275  3e-72  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.016566 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1490  preprotein translocase subunit SecD  39.86 
 
 
474 aa  275  3e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1420  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.95 
 
 
990 aa  275  3e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.469149  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3596  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.38 
 
 
996 aa  274  4.0000000000000004e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.318172 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1123  preprotein translocase subunit SecD  39.06 
 
 
416 aa  273  8.000000000000001e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000301062  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2256  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.82 
 
 
991 aa  266  8e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5077  preprotein translocase subunit SecD  38.85 
 
 
461 aa  265  2e-69  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2178  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.76 
 
 
995 aa  262  1e-68  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.900836  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1762  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.18 
 
 
981 aa  261  3e-68  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12260  protein-export membrane protein SecD  38.02 
 
 
403 aa  253  1e-65  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000764404  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4539  protein-export membrane protein SecD  36.76 
 
 
470 aa  252  2e-65  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.470079  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  38.12 
 
 
533 aa  251  4e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1272  preprotein translocase subunit SecD  36.95 
 
 
411 aa  251  4e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  37.92 
 
 
533 aa  251  5e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2855  protein-export membrane protein SecD  38.2 
 
 
532 aa  251  5e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.20247 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  36.41 
 
 
532 aa  250  6e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_004310  BR0891  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.23 
 
 
785 aa  250  7e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.983907  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07200  protein-export membrane protein SecF/protein-export membrane protein SecD  29.48 
 
 
855 aa  250  7e-65  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0887  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.09 
 
 
785 aa  250  8e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1501  protein-export membrane protein SecD  28.55 
 
 
793 aa  249  1e-64  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.365573  normal  0.0601553 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  37.4 
 
 
533 aa  249  2e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2336  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  28.73 
 
 
759 aa  248  2e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.217617  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  39.84 
 
 
554 aa  247  6.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  36.97 
 
 
531 aa  247  6.999999999999999e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  39.34 
 
 
531 aa  246  9.999999999999999e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  36.91 
 
 
554 aa  246  9.999999999999999e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  38.14 
 
 
535 aa  245  1.9999999999999999e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  38.08 
 
 
556 aa  244  3e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  39.21 
 
 
530 aa  244  3.9999999999999997e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5128  preprotein translocase subunit SecD  40.48 
 
 
464 aa  244  3.9999999999999997e-63  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.473691  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  39.07 
 
 
533 aa  244  3.9999999999999997e-63  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  37.12 
 
 
530 aa  243  7.999999999999999e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  38.12 
 
 
532 aa  243  9e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  37.5 
 
 
530 aa  243  1e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1313  preprotein translocase subunit SecD  38.86 
 
 
616 aa  243  1e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.198401  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  36.94 
 
 
525 aa  243  1e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0079  protein-export membrane protein SecD  34.72 
 
 
515 aa  243  1e-62  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  39.48 
 
 
533 aa  241  2e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000256259  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  38.83 
 
 
533 aa  242  2e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  38.52 
 
 
554 aa  242  2e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  38.4 
 
 
534 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  38.64 
 
 
554 aa  241  4e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  38.64 
 
 
554 aa  241  4e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>