More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acid345_1342 on replicon NC_008009
Organism: Candidatus Koribacter versatilis Ellin345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008009  Acid345_1342  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
198 aa  404  1.0000000000000001e-112  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.524179  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2826  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  45.08 
 
 
208 aa  156  2e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1836  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.1 
 
 
197 aa  125  4.0000000000000003e-28  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.74 
 
 
193 aa  121  7e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6883  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.01 
 
 
214 aa  120  1.9999999999999998e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0272  Fis family transcriptional regulator  38.98 
 
 
205 aa  117  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.341377  normal  0.75535 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.45 
 
 
192 aa  115  6e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.87 
 
 
192 aa  112  3e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1785  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.9 
 
 
202 aa  110  2.0000000000000002e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.39 
 
 
192 aa  106  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.92 
 
 
192 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.92 
 
 
192 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.55 
 
 
220 aa  106  2e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.92 
 
 
192 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.92 
 
 
192 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
192 aa  105  4e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.25 
 
 
223 aa  105  4e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.8 
 
 
192 aa  105  4e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.05 
 
 
191 aa  105  5e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4527  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.58 
 
 
237 aa  105  5e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.77842 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.8 
 
 
206 aa  105  5e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.8 
 
 
192 aa  105  5e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.28 
 
 
192 aa  105  5e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1327  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.89 
 
 
202 aa  105  5e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00289153  normal  0.01768 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.8 
 
 
192 aa  105  6e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.8 
 
 
192 aa  105  6e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.75 
 
 
193 aa  104  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  30.73 
 
 
193 aa  103  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.69 
 
 
208 aa  103  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.75 
 
 
192 aa  103  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  33.69 
 
 
208 aa  103  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  30.41 
 
 
193 aa  102  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  30.41 
 
 
193 aa  102  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  30.21 
 
 
193 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  30.21 
 
 
193 aa  102  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  30.21 
 
 
193 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0951  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.51 
 
 
218 aa  102  5e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.941158  normal  0.954881 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  30.21 
 
 
193 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  30.21 
 
 
193 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0250  RNA polymerase sigma factor  37.84 
 
 
202 aa  101  6e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.22 
 
 
192 aa  101  6e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0803  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.8 
 
 
184 aa  101  7e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.22 
 
 
192 aa  100  9e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01711  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.65 
 
 
206 aa  100  1e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.45569  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  100  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.91 
 
 
206 aa  100  2e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  29.69 
 
 
193 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0316  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  34.38 
 
 
212 aa  99.4  3e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1369  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.45 
 
 
206 aa  99.4  3e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0484883  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0241  RNA polymerase sigma factor  35.52 
 
 
202 aa  99.8  3e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.421712  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1438  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.45 
 
 
206 aa  99.4  3e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.389052  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3124  RNA polymerase, sigma-E factor  31.12 
 
 
214 aa  99  4e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00674158  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0706  RNA polymerase sigma factor  33.88 
 
 
232 aa  98.6  5e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.438313  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  29.69 
 
 
193 aa  98.6  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0759  RNA polymerase sigma factor  32.26 
 
 
223 aa  98.6  5e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.777163 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0865  RNA polymerase sigma factor  32.26 
 
 
227 aa  98.6  5e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1626  RNA polymerase sigma factor AlgU  29.1 
 
 
201 aa  98.6  5e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.909239  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.11 
 
 
199 aa  98.6  6e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.83 
 
 
208 aa  98.2  6e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.212033  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0252  RNA polymerase sigma factor  35.52 
 
 
202 aa  98.2  7e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.105605  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0543  RNA polymerase, ECF-type sigma factor  30.69 
 
 
194 aa  97.8  9e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0552939  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.53 
 
 
199 aa  97.4  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.53 
 
 
199 aa  97.4  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1027  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.9 
 
 
200 aa  97.1  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0089  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.43 
 
 
215 aa  97.1  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3887  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.22 
 
 
187 aa  97.1  1e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.526394  normal  0.0354938 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.67 
 
 
199 aa  97.4  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.53 
 
 
199 aa  96.7  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.94 
 
 
185 aa  96.7  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3158  RNA polymerase sigma factor  31.72 
 
 
233 aa  97.1  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0148477  normal  0.0636538 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3684  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.22 
 
 
247 aa  95.9  3e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.328373  normal  0.718843 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.18 
 
 
199 aa  96.3  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.18 
 
 
199 aa  96.3  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.18 
 
 
199 aa  95.9  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0230  RNA polymerase sigma factor  35.52 
 
 
202 aa  96.3  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1133  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.72 
 
 
195 aa  95.9  3e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1395  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.98 
 
 
224 aa  96.3  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.25 
 
 
392 aa  96.3  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.18 
 
 
199 aa  96.3  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  30 
 
 
192 aa  96.3  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4185  ECF subfamily RNA polymerase sigma 24 subunit  32.32 
 
 
218 aa  95.9  3e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.465475  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.18 
 
 
199 aa  95.9  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.18 
 
 
199 aa  95.9  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.18 
 
 
199 aa  96.3  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  30 
 
 
192 aa  96.3  3e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.67 
 
 
199 aa  95.9  4e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.67 
 
 
199 aa  95.9  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.67 
 
 
199 aa  95.9  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0099  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.85 
 
 
202 aa  95.5  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00980912  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.67 
 
 
199 aa  95.9  4e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.67 
 
 
199 aa  95.9  4e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.67 
 
 
199 aa  95.9  4e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4370  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.77 
 
 
218 aa  95.5  4e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.338054  normal  0.0299236 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.67 
 
 
199 aa  95.9  4e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3604  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.98 
 
 
191 aa  95.5  5e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0116592  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1129  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.98 
 
 
191 aa  95.5  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0822674  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1182  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.98 
 
 
191 aa  95.5  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0314169  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.11 
 
 
199 aa  95.1  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4933  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.82 
 
 
218 aa  95.1  6e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.366814 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>