More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_4767 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
364 aa  741    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  62.06 
 
 
469 aa  463  1e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  62.09 
 
 
457 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  61.81 
 
 
468 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  61.81 
 
 
468 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  61.64 
 
 
446 aa  456  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  60.27 
 
 
471 aa  450  1e-125  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  61.43 
 
 
455 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  59.78 
 
 
458 aa  435  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3129  pseudouridine synthase RluD  60.61 
 
 
444 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.411663  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  60.33 
 
 
453 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  59.07 
 
 
501 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  58.52 
 
 
412 aa  426  1e-118  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  58.79 
 
 
411 aa  418  1e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  52.69 
 
 
326 aa  375  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  50.98 
 
 
327 aa  372  1e-102  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  51.67 
 
 
350 aa  372  1e-102  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  52.41 
 
 
326 aa  372  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  52.2 
 
 
349 aa  374  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  53.06 
 
 
318 aa  370  1e-101  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  51.12 
 
 
330 aa  367  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  52.45 
 
 
327 aa  365  1e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  52.59 
 
 
330 aa  355  5.999999999999999e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  51.59 
 
 
329 aa  353  2e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  51.72 
 
 
330 aa  352  7e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  47.08 
 
 
330 aa  278  1e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  45.83 
 
 
325 aa  274  1.0000000000000001e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  42.98 
 
 
436 aa  270  2.9999999999999997e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.91 
 
 
330 aa  268  8.999999999999999e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  40.85 
 
 
348 aa  266  4e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.7 
 
 
368 aa  261  1e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  40.06 
 
 
354 aa  260  2e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  43.75 
 
 
330 aa  259  4e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  44.85 
 
 
324 aa  259  6e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.73 
 
 
348 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  41.58 
 
 
346 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  40.76 
 
 
346 aa  252  6e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  40.76 
 
 
346 aa  251  1e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  39.47 
 
 
348 aa  238  2e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  40.46 
 
 
329 aa  234  3e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  41.21 
 
 
405 aa  230  3e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  29.18 
 
 
307 aa  176  6e-43  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  39.79 
 
 
286 aa  168  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3659  pseudouridine synthase, RluD  32.33 
 
 
378 aa  155  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.38 
 
 
328 aa  153  4e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3085  RluA family pseudouridine synthase  32.5 
 
 
398 aa  152  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.780286  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1875  RluA family pseudouridine synthase  34.77 
 
 
317 aa  152  1e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.763374  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  32.96 
 
 
346 aa  150  4e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.24 
 
 
308 aa  149  6e-35  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  33.61 
 
 
362 aa  149  7e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  32.1 
 
 
313 aa  149  7e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.66 
 
 
315 aa  149  1.0000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  32.74 
 
 
315 aa  148  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  33.51 
 
 
337 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  32.96 
 
 
331 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  34.6 
 
 
329 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2033  RluA family pseudouridine synthase  32.47 
 
 
319 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.904373  normal  0.0708013 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.57 
 
 
314 aa  148  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2633  lysozyme  33.33 
 
 
325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000151513 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  31.27 
 
 
339 aa  147  3e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.85 
 
 
320 aa  147  3e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.73 
 
 
316 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31.71 
 
 
315 aa  145  8.000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  30.34 
 
 
312 aa  145  1e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.71 
 
 
329 aa  145  1e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.71 
 
 
329 aa  145  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  32.39 
 
 
370 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2503  RluA family pseudouridine synthase  32.15 
 
 
319 aa  144  3e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.721496  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.53 
 
 
332 aa  144  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.2 
 
 
300 aa  143  5e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  33.05 
 
 
399 aa  142  6e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3840  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.9 
 
 
318 aa  142  7e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283554  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.17 
 
 
315 aa  142  7e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  26.32 
 
 
307 aa  142  8e-33  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  33.05 
 
 
339 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.68 
 
 
329 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  29.44 
 
 
305 aa  140  3e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1517  RluA family pseudouridine synthase  31.16 
 
 
333 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000147946  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  31.79 
 
 
318 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1482  RluA family pseudouridine synthase  31.23 
 
 
333 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00286389  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.89 
 
 
320 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0336491  normal  0.921895 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  32.65 
 
 
330 aa  139  6e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1255  23S rRNA pseudouridylate synthase C  30.59 
 
 
319 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242253  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1284  23S rRNA pseudouridylate synthase C  30.59 
 
 
319 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0174547  hitchhiker  0.00000000220374 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  37.99 
 
 
264 aa  139  6e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2185  23S rRNA pseudouridylate synthase C  30.59 
 
 
319 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.012302  hitchhiker  0.000000000136846 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1299  23S rRNA pseudouridylate synthase C  30.59 
 
 
319 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.547954  hitchhiker  0.000000178257 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  33.62 
 
 
330 aa  139  7e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  30.14 
 
 
302 aa  139  7e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  31.6 
 
 
315 aa  139  7.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2242  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  31.6 
 
 
315 aa  139  8.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  32.85 
 
 
324 aa  139  8.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.29 
 
 
300 aa  138  1e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.72 
 
 
338 aa  139  1e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.390571  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  31.78 
 
 
323 aa  138  1e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  30.59 
 
 
319 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000244921  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0283  pseudouridine synthase, RluD  33.53 
 
 
343 aa  139  1e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.131037 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3808  RluA family pseudouridine synthase  31.32 
 
 
333 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0127606  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1708  RluA family pseudouridine synthase  32.77 
 
 
329 aa  138  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000190104  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  32.95 
 
 
329 aa  138  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>