More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_2329 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_0467  UvrD/REP helicase  58.18 
 
 		 603 aa  668    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.82885  normal  0.469599 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2329  superfamily protein I DNA/RNA helicase  100 
 
 		 679 aa  1363    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2728  UvrD/REP helicase  44.88 
 
 		 699 aa  365  2e-99  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1406  UvrD/REP helicase  39.97 
 
 		 708 aa  351  2e-95  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.450912  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0064  putative DNA helicase  42.03 
 
 		 696 aa  323  5e-87  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0810  UvrD/REP helicase  39.43 
 
 		 703 aa  321  3e-86  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0826  UvrD/REP helicase  39.43 
 
 		 703 aa  321  3e-86  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3032  UvrD/REP family ATP-dependent DNA helicase  41.67 
 
 		 687 aa  304  3.0000000000000004e-81  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.722257  normal  0.242361 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2733  UvrD/REP helicase  40.98 
 
 		 705 aa  302  1e-80  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8440  UvrD/REP helicase  41.01 
 
 		 685 aa  293  8e-78  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0110  putative DNA helicase  36.09 
 
 		 659 aa  270  7e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2326  putative DNA helicase  38.21 
 
 		 711 aa  261  4e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35190  DNA/RNA helicase, superfamily I  36.24 
 
 		 737 aa  247  4.9999999999999997e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0355  UvrD/REP helicase  36.11 
 
 		 714 aa  238  3e-61  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5811  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  34.08 
 
 		 704 aa  233  8.000000000000001e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859027 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3882  UvrD/REP helicase  34.08 
 
 		 704 aa  233  1e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.229228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4831  ATP-dependent DNA helicase UvrD  33.87 
 
 		 704 aa  231  2e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1419  UvrD/REP helicase  33.61 
 
 		 706 aa  230  7e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4897  UvrD/REP helicase  33.33 
 
 		 705 aa  228  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5423  UvrD/REP helicase  33.45 
 
 		 821 aa  228  4e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106532  normal  0.207547 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1246  UvrD/REP helicase  36.05 
 
 		 662 aa  225  2e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.176029  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4174  UvrD/REP helicase  32.26 
 
 		 716 aa  222  1.9999999999999999e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1352  UvrD/REP helicase  30.4 
 
 		 712 aa  219  1e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541991 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2859  UvrD/REP helicase  33.75 
 
 		 690 aa  216  9.999999999999999e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2943  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  33.47 
 
 		 696 aa  211  3e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6025  UvrD/REP helicase  33.4 
 
 		 737 aa  206  1e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3740  UvrD/REP helicase  33.13 
 
 		 752 aa  196  8.000000000000001e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3349  hypothetical protein  33.26 
 
 		 673 aa  196  1e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.038988  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2325  hypothetical protein  33.86 
 
 		 759 aa  196  2e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0788129  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1320  superfamily I DNA/RNA helicase  30.14 
 
 		 683 aa  171  6e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.875169  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3757  UvrD/REP helicase  30.29 
 
 		 695 aa  167  9e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000385426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3085  UvrD/Rep helicase  31.28 
 
 		 717 aa  162  3e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.173371  hitchhiker  0.00106438 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3368  NERD domain protein  31.2 
 
 		 734 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000355781 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4063  UvrD/REP helicase  31.42 
 
 		 697 aa  147  8.000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.21557  normal  0.035765 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  24.51 
 
 		 819 aa  145  2e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2259  UvrD/REP helicase  30.46 
 
 		 710 aa  138  4e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0960519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1939  NERD domain-containing protein  29.01 
 
 		 700 aa  133  1.0000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0743  plasmid stabilization system  28.82 
 
 		 712 aa  129  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4504  UvrD/REP helicase  30.08 
 
 		 809 aa  127  8.000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0589  UvrD/REP helicase  31.26 
 
 		 663 aa  123  9.999999999999999e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5351  UvrD/REP helicase  26.14 
 
 		 695 aa  118  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.149775 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0809  LexA repressor  22.38 
 
 		 815 aa  106  2e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642499  hitchhiker  0.0000861607 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4061  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  24.4 
 
 		 1107 aa  97.1  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0055  UvrD/REP helicase  26.71 
 
 		 671 aa  85.5  0.000000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0545819  normal  0.378623 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  27.24 
 
 		 619 aa  80.5  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  29.3 
 
 		 625 aa  76.3  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  27.56 
 
 		 593 aa  73.2  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  27.21 
 
 		 619 aa  68.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0445  UvrD/REP helicase  23.08 
 
 		 515 aa  66.6  0.000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00058157 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  25.52 
 
 		 508 aa  66.2  0.000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1549  hypothetical protein  32.09 
 
 		 465 aa  65.5  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.400172  normal  0.819759 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3362  UvrD family helicase  21.53 
 
 		 630 aa  65.5  0.000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.753608  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  25.13 
 
 		 706 aa  64.7  0.000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0317  UvrD/REP helicase  26.94 
 
 		 1032 aa  64.3  0.000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.907606  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  24.67 
 
 		 726 aa  63.9  0.000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2268  ATP-dependent DNA helicase replicase  28.22 
 
 		 753 aa  63.9  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472116  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1110  hypothetical protein  24.47 
 
 		 702 aa  61.6  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.924141 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2302  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  24.16 
 
 		 607 aa  61.2  0.00000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  24.83 
 
 		 601 aa  60.8  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0076  DNA helicase II  28.24 
 
 		 632 aa  60.5  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0110  superfamily I DNA and RNA helicase  26.9 
 
 		 401 aa  60.5  0.0000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.285644  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  36.19 
 
 		 625 aa  59.3  0.0000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3329  UvrD/REP helicase  27.61 
 
 		 695 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.544954  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1077  DNA helicase IV  24.56 
 
 		 684 aa  59.7  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255278  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1693  UvrD/REP helicase  27.27 
 
 		 683 aa  59.7  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.508868  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02993  hypothetical protein  26.91 
 
 		 612 aa  58.9  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000145899  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3879  ATP-dependent DNA helicase Rep  38.75 
 
 		 663 aa  58.9  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00966  DNA helicase IV  24.36 
 
 		 684 aa  58.5  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0970992  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2681  UvrD/REP helicase  24.36 
 
 		 684 aa  58.5  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2634  DNA helicase IV  24.28 
 
 		 684 aa  58.5  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.46085  hitchhiker  0.000000654371 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1071  DNA helicase IV  24.36 
 
 		 684 aa  58.5  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000145038  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0149  UvrD/REP helicase  27.61 
 
 		 695 aa  58.5  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00973  hypothetical protein  24.36 
 
 		 684 aa  58.5  0.0000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.132374  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1066  UvrD/REP helicase  27.78 
 
 		 1048 aa  58.2  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  26.95 
 
 		 615 aa  58.5  0.0000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0137  UvrD/REP helicase  27.61 
 
 		 695 aa  58.5  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0163  UvrD/REP helicase  27.61 
 
 		 695 aa  58.5  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1126  DNA helicase IV  24.36 
 
 		 684 aa  58.2  0.0000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.440253  normal  0.367013 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2157  DNA helicase IV  24.02 
 
 		 684 aa  57.8  0.0000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00794949  normal  0.209046 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4015  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.87 
 
 		 675 aa  57.8  0.0000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2353  DNA helicase IV  24.36 
 
 		 684 aa  57.8  0.0000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.757014  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4207  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.97 
 
 		 673 aa  57.8  0.0000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0992  UvrD/REP helicase  27.27 
 
 		 1156 aa  57.4  0.0000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.175331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2905  UvrD/REP helicase  27.61 
 
 		 695 aa  57.4  0.0000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.306179  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0150  UvrD/REP helicase  27.61 
 
 		 695 aa  57.4  0.0000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.275527  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0146  UvrD/REP helicase  27.61 
 
 		 721 aa  57.4  0.0000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.728084  normal  0.499392 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0175  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.97 
 
 		 673 aa  57  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0849  UvrD/REP helicase  30.91 
 
 		 845 aa  57  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.462782  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0166  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.66 
 
 		 660 aa  57  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.119958 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0507  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.97 
 
 		 673 aa  57  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0177061  normal  0.0105879 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4038  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.97 
 
 		 673 aa  57  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000320  DNA helicase IV  23.85 
 
 		 689 aa  56.6  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4301  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.17 
 
 		 674 aa  55.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.165801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4139  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.17 
 
 		 674 aa  55.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0943  UvrD/REP helicase  34.52 
 
 		 684 aa  55.8  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4193  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.17 
 
 		 674 aa  55.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4242  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.17 
 
 		 674 aa  55.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.907548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4124  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.17 
 
 		 707 aa  55.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2483  UvrD/REP helicase  28.3 
 
 		 1127 aa  55.8  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0554  UvrD/REP helicase  28.06 
 
 		 705 aa  55.5  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.358681  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>