More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_2326 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_2326  putative DNA helicase  100 
 
 
711 aa  1432  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1406  UvrD/REP helicase  45.81 
 
 
708 aa  537  1e-151  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.450912  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0826  UvrD/REP helicase  39.19 
 
 
703 aa  472  1e-131  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0810  UvrD/REP helicase  39.19 
 
 
703 aa  472  1e-131  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2728  UvrD/REP helicase  38.24 
 
 
699 aa  463  1e-129  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0064  putative DNA helicase  38.38 
 
 
696 aa  452  1e-125  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2733  UvrD/REP helicase  38.38 
 
 
705 aa  427  1e-118  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3032  UvrD/REP family ATP-dependent DNA helicase  34.44 
 
 
687 aa  335  2e-90  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.722257  normal  0.242361 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8440  UvrD/REP helicase  36.81 
 
 
685 aa  334  3e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4831  ATP-dependent DNA helicase UvrD  31.62 
 
 
704 aa  318  2e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366653  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3882  UvrD/REP helicase  31.62 
 
 
704 aa  318  3e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.229228  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5811  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  31.75 
 
 
704 aa  318  3e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.859027 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0110  putative DNA helicase  37.44 
 
 
659 aa  313  8e-84  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1352  UvrD/REP helicase  30.69 
 
 
712 aa  310  4e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.541991 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1419  UvrD/REP helicase  30.67 
 
 
706 aa  308  3e-82  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4897  UvrD/REP helicase  30.37 
 
 
705 aa  307  5e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0467  UvrD/REP helicase  41.42 
 
 
603 aa  296  1e-78  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.82885  normal  0.469599 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35190  DNA/RNA helicase, superfamily I  32.56 
 
 
737 aa  294  3e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0355  UvrD/REP helicase  31.62 
 
 
714 aa  293  1e-77  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2329  superfamily protein I DNA/RNA helicase  38.41 
 
 
679 aa  266  8e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3740  UvrD/REP helicase  33.79 
 
 
752 aa  261  3e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6025  UvrD/REP helicase  31.04 
 
 
737 aa  247  7e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5423  UvrD/REP helicase  30.49 
 
 
821 aa  233  1e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106532  normal  0.207547 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2325  hypothetical protein  30.56 
 
 
759 aa  231  3e-59  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0788129  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1320  superfamily I DNA/RNA helicase  26.97 
 
 
683 aa  226  2e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.875169  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2859  UvrD/REP helicase  29.38 
 
 
690 aa  224  3e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1246  UvrD/REP helicase  30.32 
 
 
662 aa  224  3e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.176029  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4174  UvrD/REP helicase  28.78 
 
 
716 aa  219  1e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3085  UvrD/Rep helicase  31.7 
 
 
717 aa  214  6e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.173371  hitchhiker  0.00106438 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3349  hypothetical protein  28.97 
 
 
673 aa  204  6e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.038988  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2943  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  28.71 
 
 
696 aa  199  1e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4063  UvrD/REP helicase  31.54 
 
 
697 aa  176  1e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.21557  normal  0.035765 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2259  UvrD/REP helicase  30.16 
 
 
710 aa  168  3e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0960519  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3757  UvrD/REP helicase  27.56 
 
 
695 aa  154  6e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  3.85426e-05  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3368  NERD domain protein  29.92 
 
 
734 aa  142  3e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000355781 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0589  UvrD/REP helicase  33.69 
 
 
663 aa  139  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0809  LexA repressor  25.1 
 
 
815 aa  132  2e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642499  hitchhiker  8.61607e-05 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4504  UvrD/REP helicase  28.33 
 
 
809 aa  132  2e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0743  plasmid stabilization system  28.87 
 
 
712 aa  129  2e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5351  UvrD/REP helicase  26.58 
 
 
695 aa  127  8e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.149775 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1939  NERD domain-containing protein  28.46 
 
 
700 aa  126  1e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  26.29 
 
 
819 aa  126  1e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  1.8035e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  32.44 
 
 
615 aa  104  5e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4061  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  26.1 
 
 
1107 aa  99  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  30.04 
 
 
601 aa  98.2  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  32.05 
 
 
625 aa  97.8  6e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  30.35 
 
 
593 aa  95.1  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0055  UvrD/REP helicase  24.66 
 
 
671 aa  93.2  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0545819  normal  0.378623 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4005  hypothetical protein  29.57 
 
 
610 aa  89.4  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.467683  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  26.51 
 
 
508 aa  86.7  1e-15  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02993  hypothetical protein  29.46 
 
 
612 aa  84.7  5e-15  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000145899  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  27.52 
 
 
619 aa  84.3  6e-15  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3974  hypothetical protein  27.37 
 
 
607 aa  84  1e-14  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.335001 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0076  DNA helicase II  28.57 
 
 
632 aa  83.6  1e-14  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  30.18 
 
 
619 aa  84  1e-14  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2383  TPR repeat-containing protein  21.21 
 
 
1421 aa  82.8  2e-14  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.823331 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0807  hypothetical protein  27.38 
 
 
616 aa  82  4e-14  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  28.07 
 
 
726 aa  81.3  6e-14  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1056  ATP-dependent DNA helicase  23.53 
 
 
687 aa  78.6  4e-13  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1546  UvrD/REP helicase  22.77 
 
 
564 aa  76.6  1e-12  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.924385  hitchhiker  2.4327e-05 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  27.39 
 
 
706 aa  75.9  2e-12  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1911  UvrD/REP helicase  28.24 
 
 
742 aa  75.9  3e-12  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.306722  normal  0.156803 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2483  UvrD/REP helicase  27.68 
 
 
1127 aa  75.9  3e-12  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1758  UvrD/REP helicase  25.97 
 
 
1244 aa  74.7  5e-12  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2861  uvrD/Rep helicase family protein  26.94 
 
 
689 aa  72  4e-11  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  1.06246e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2914  hypothetical protein  24.41 
 
 
658 aa  72  4e-11  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2823  UvrD/Rep helicase family protein  27.27 
 
 
691 aa  72  4e-11  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.271387  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0022  UvrD/REP helicase  25.79 
 
 
1174 aa  72  4e-11  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2469  UvrD/Rep helicase family protein  26.94 
 
 
691 aa  70.9  7e-11  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00119782  normal  0.334322 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07530  DNA/RNA helicase, superfamily I  26.33 
 
 
694 aa  70.9  8e-11  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.565866 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2539  UvrD/Rep helicase family protein  26.84 
 
 
689 aa  70.5  9e-11  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  7.8955e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2814  uvrD/Rep helicase family protein  26.84 
 
 
689 aa  70.9  9e-11  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  1.83326e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2623  uvrD/Rep helicase family protein  26.84 
 
 
689 aa  70.9  9e-11  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000508135  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2295  UvrD/REP helicase  23.26 
 
 
666 aa  70.1  1e-10  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2572  UvrD/Rep helicase family protein  27 
 
 
689 aa  69.3  2e-10  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  4.33537e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1110  hypothetical protein  27.99 
 
 
702 aa  69.3  2e-10  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.924141 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0222  UvrD/REP helicase  23.22 
 
 
666 aa  69.7  2e-10  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  4.5018e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2615  UvrD/Rep helicase family protein  26.94 
 
 
691 aa  69.3  2e-10  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000204354  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2134  DNA helicase IV  24.05 
 
 
687 aa  69.7  2e-10  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0277838  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2821  uvrD/Rep helicase family protein  26.47 
 
 
689 aa  68.9  3e-10  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.64243e-09 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1516  UvrD/REP helicase  29.8 
 
 
688 aa  68.6  4e-10  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.200062  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1567  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  26.13 
 
 
629 aa  68.6  4e-10  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0426  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.94 
 
 
748 aa  68.2  5e-10  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  26.87 
 
 
768 aa  67.8  6e-10  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1807  UvrD/REP helicase  25.94 
 
 
710 aa  67.4  9e-10  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.388525  normal  0.14229 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00200  DNA helicase II  25.24 
 
 
723 aa  67.4  9e-10  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.105669  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1715  UvrD/REP helicase  30.16 
 
 
462 aa  66.6  1e-09  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  3.56586e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4939  DNA helicase II  24.91 
 
 
613 aa  67  1e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891198  normal  0.619317 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  26.25 
 
 
707 aa  67  1e-09  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2706  UvrD/REP helicase  25.3 
 
 
704 aa  67  1e-09  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.341733 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3121  UvrD/REP helicase  26.53 
 
 
1033 aa  67  1e-09  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2878  DNA and RNA helicase  26.7 
 
 
1050 aa  67  1e-09  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.015904  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.11 
 
 
718 aa  66.2  2e-09  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.1 
 
 
765 aa  66.6  2e-09  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2839  uvrD/Rep helicase family protein  26.1 
 
 
689 aa  65.9  2e-09  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  1.85117e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4600  UvrD/REP helicase  26.35 
 
 
758 aa  65.9  3e-09  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000134986  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1719  UvrD/REP helicase  26.52 
 
 
646 aa  65.5  3e-09  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.571128  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0142  UvrD/REP helicase  27.54 
 
 
751 aa  65.1  4e-09  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.750575  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39740  DNA helicase  27.17 
 
 
615 aa  64.7  5e-09  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0820371  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1235  putative ATP-dependent DNA helicase  22.69 
 
 
676 aa  64.7  5e-09  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>