79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3000 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_3000  hypothetical protein  100 
 
 		 526 aa  1065    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.592771  normal  0.37885 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0353  hypothetical protein  48.23 
 
 		 530 aa  434  1e-120  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3087  hypothetical protein  54.1 
 
 		 477 aa  309  8e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0232  hypothetical protein  41.9 
 
 		 356 aa  151  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0234  hypothetical protein  45.65 
 
 		 354 aa  150  7e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1272  hypothetical protein  39.56 
 
 		 351 aa  144  5e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.637281 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1836  hypothetical protein  41.45 
 
 		 369 aa  140  4.999999999999999e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.934972 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0133  putative type I secretion target repeat protein  43.23 
 
 		 319 aa  140  6e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3785  hemolysin-type calcium-binding region  33.33 
 
 		 792 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0346171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2108  hypothetical protein  45.73 
 
 		 353 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0294  hemolysin-type calcium-binding region  40.24 
 
 		 589 aa  129  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0174  hypothetical protein  39.17 
 
 		 438 aa  126  1e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.023441  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2490  hemolysin-type calcium-binding protein  36.73 
 
 		 833 aa  124  4e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0747804  normal  0.0246403 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0010  hypothetical protein  40.64 
 
 		 425 aa  123  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1505  hypothetical protein  33.91 
 
 		 398 aa  119  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0183734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2465  hemolysin-type calcium-binding region  39.05 
 
 		 561 aa  119  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.798132  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3159  hypothetical protein  38.95 
 
 		 322 aa  117  5e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1453  hypothetical protein  31.48 
 
 		 387 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.445258 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3681  hemolysin-type calcium-binding protein  33.66 
 
 		 1462 aa  113  1.0000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0807  hypothetical protein  36.87 
 
 		 342 aa  113  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.219261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4344  hypothetical protein  34.82 
 
 		 321 aa  110  8.000000000000001e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0548812  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1434  type I secretion target repeat-containing protein  35.68 
 
 		 220 aa  109  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.27327  normal  0.163462 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1574  hypothetical protein  36.6 
 
 		 207 aa  108  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.010056  normal  0.553816 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2930  hypothetical protein  38.32 
 
 		 207 aa  107  6e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.505078  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1206  hypothetical protein  40.56 
 
 		 332 aa  104  4e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0911  hypothetical protein  36.36 
 
 		 232 aa  103  8e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0645348 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0953  hypothetical protein  30.28 
 
 		 364 aa  99.8  1e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.682232 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0780  hypothetical protein  34.29 
 
 		 340 aa  93.6  8e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0264  hypothetical protein  37.89 
 
 		 352 aa  92  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3516  hypothetical protein  36.31 
 
 		 346 aa  91.7  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4207  triple helix repeat-containing collagen  32.27 
 
 		 346 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.532408 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1066  hemolysin-type calcium-binding protein  34.55 
 
 		 950 aa  87.4  5e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0187032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2690  hemolysin-type calcium-binding region  29.61 
 
 		 767 aa  84.7  0.000000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.969151  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4889  hypothetical protein  38.12 
 
 		 447 aa  84  0.000000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2933  hypothetical protein  38.62 
 
 		 469 aa  83.2  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0258334 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1488  hemolysin-type calcium-binding region  31.33 
 
 		 854 aa  83.2  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6773  hypothetical protein  36.47 
 
 		 308 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0663  hypothetical protein  37.24 
 
 		 1503 aa  82  0.00000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.994599  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4724  collagen triple helix repeat  33.79 
 
 		 342 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.958299  normal  0.038222 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1166  triple helix repeat-containing collagen  39.04 
 
 		 1050 aa  79.3  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  unclonable  0.000520628  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5397  hypothetical protein  38.3 
 
 		 465 aa  79.3  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3041  hemolysin-type calcium-binding region  29.52 
 
 		 1043 aa  78.2  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6774  peptidase metallopeptidase  35.71 
 
 		 641 aa  77.8  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.486131  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1804  hypothetical protein  35.56 
 
 		 338 aa  77  0.0000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.269337  normal  0.0111784 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1179  hypothetical protein  34.71 
 
 		 343 aa  77  0.0000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.983645  normal  0.0540579 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2282  hypothetical protein  34.25 
 
 		 452 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2062  hypothetical protein  34.72 
 
 		 418 aa  75.1  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0641  hypothetical protein  33.33 
 
 		 594 aa  74.7  0.000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00375147  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5751  hypothetical protein  34.46 
 
 		 363 aa  74.7  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.357131  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2113  hypothetical protein  33.53 
 
 		 493 aa  74.7  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.234838  normal  0.126619 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0857  hypothetical protein  28.08 
 
 		 1280 aa  72.8  0.00000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1763  hypothetical protein  34.03 
 
 		 516 aa  72.8  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.85755  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2619  hypothetical protein  36.49 
 
 		 460 aa  71.6  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0605452  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1987  hypothetical protein  31.79 
 
 		 499 aa  71.2  0.00000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2422  hypothetical protein  34.31 
 
 		 283 aa  70.5  0.00000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.756462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5071  triple helix repeat-containing collagen  35.4 
 
 		 465 aa  70.9  0.00000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0278582  normal  0.141411 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3178  hypothetical protein  29.1 
 
 		 292 aa  68.2  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.187373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4881  Collagen triple helix repeat protein  32.53 
 
 		 743 aa  65.5  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3940  hypothetical protein  30.77 
 
 		 273 aa  64.3  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0722  hypothetical protein  29.37 
 
 		 266 aa  61.2  0.00000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0772  hypothetical protein  29.37 
 
 		 266 aa  61.2  0.00000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.585439  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0616  hypothetical protein  26.06 
 
 		 255 aa  60.5  0.00000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3487  triple helix repeat-containing collagen  31.68 
 
 		 848 aa  58.5  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.18885 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0352  hypothetical protein  28.97 
 
 		 348 aa  56.6  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1563  hypothetical protein  31.78 
 
 		 230 aa  56.2  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.170983  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01070  hypothetical protein  29 
 
 		 1030 aa  55.8  0.000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06075  hypothetical protein  27.54 
 
 		 766 aa  54.3  0.000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.903534  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0421  hypothetical protein  26.83 
 
 		 738 aa  50.1  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2997  hypothetical protein  36.67 
 
 		 365 aa  49.7  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0953  hypothetical protein  30.94 
 
 		 518 aa  48.1  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.420413  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0105  VCBS  35.64 
 
 		 1597 aa  47.4  0.0007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00289742  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1518  hypothetical protein  33.83 
 
 		 202 aa  47.4  0.0007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.785989  normal  0.167707 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6410  hypothetical protein  28.28 
 
 		 1781 aa  47  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.885103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3894  hypothetical protein  31.05 
 
 		 313 aa  46.6  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6214  hypothetical protein  30.83 
 
 		 1752 aa  45.1  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0213789 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2968  hypothetical protein  30.36 
 
 		 197 aa  44.7  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0306  hypothetical protein  24.2 
 
 		 644 aa  44.7  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.919182  decreased coverage  0.00578351 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1283  hypothetical protein  44.07 
 
 		 190 aa  44.3  0.006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00921825  normal  0.841233 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1759  Fibronectin type III domain protein  30.73 
 
 		 2067 aa  43.5  0.009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.77836  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>