More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1149 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1149  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 
179 aa  362  2e-99  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  1.07907e-10  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1053  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.58 
 
 
180 aa  232  3e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1021  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.01 
 
 
180 aa  229  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0436807  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.01 
 
 
180 aa  229  1e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0859  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.23 
 
 
197 aa  216  2e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384047  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1788  putative cold shock protein  56 
 
 
173 aa  201  4e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  3.3725e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2474  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.29 
 
 
181 aa  186  2e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.251539  normal  0.0229175 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0551  cold-shock DNA-binding domain protein  39.18 
 
 
189 aa  118  4e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1498  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.27 
 
 
174 aa  116  1e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.919918  normal  0.868857 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1550  cold-shock DNA-binding domain protein  39.53 
 
 
192 aa  116  1e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.666809 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1744  cold-shock DNA-binding domain protein  39.88 
 
 
192 aa  116  2e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000196433  normal  0.915282 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.24 
 
 
192 aa  115  4e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0373427  hitchhiker  0.000349803 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2286  cold shock protein  37.06 
 
 
192 aa  114  9e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00549771  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.32 
 
 
220 aa  113  2e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.190915  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2736  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.48 
 
 
201 aa  112  2e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.634457 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4174  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.62 
 
 
192 aa  112  2e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.524647  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2801  cold-shock DNA-binding domain protein  38.32 
 
 
235 aa  113  2e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4038  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.41 
 
 
217 aa  111  5e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0877657 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3196  cold-shock DNA-binding domain protein  38.79 
 
 
181 aa  111  5e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0381  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.76 
 
 
204 aa  111  6e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.58799 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1882  cold-shock DNA-binding domain protein  38.75 
 
 
189 aa  110  9e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1552  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.21 
 
 
205 aa  110  9e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.786136  normal  0.720192 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.72 
 
 
221 aa  110  1e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.645608  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2530  cold-shock DNA-binding domain protein  38.18 
 
 
219 aa  110  1e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1609  cold-shock protein, DNA-binding  35.91 
 
 
217 aa  108  3e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0789892  normal  0.308571 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3007  cold-shock protein DNA-binding  38.18 
 
 
202 aa  108  6e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0372335  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3232  cold-shock DNA-binding domain protein  38.18 
 
 
181 aa  107  9e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.336817 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1228  cold-shock family protein  35.8 
 
 
193 aa  106  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0834  cold-shock DNA-binding family protein  33.91 
 
 
179 aa  105  3e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.253832  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.43 
 
 
193 aa  105  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.384724  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2142  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.71 
 
 
217 aa  104  6e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.584578  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1266  cold-shock family protein  35.23 
 
 
193 aa  103  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.397552  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2557  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.94 
 
 
198 aa  103  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.557959  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1733  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.47 
 
 
197 aa  102  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.78 
 
 
201 aa  102  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850387  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2974  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.72 
 
 
199 aa  96.3  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.42307 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0538  cold-shock DNA-binding domain protein  30.86 
 
 
217 aa  87.8  8e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0192  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.9 
 
 
241 aa  84.7  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171575  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1528  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.48 
 
 
224 aa  84.3  9e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.689513  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0105  cold-shock DNA-binding domain protein  28.81 
 
 
204 aa  84  1e-15  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.310654  normal  0.194385 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  28.96 
 
 
242 aa  80.9  1e-14  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0346  cold-shock DNA-binding domain protein  29.38 
 
 
242 aa  80.5  1e-14  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0144  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  26.7 
 
 
259 aa  74.7  6e-13  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  normal  0.04146 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  27.61 
 
 
249 aa  72  5e-12  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3156  cold-shock DNA-binding domain protein  26.04 
 
 
268 aa  71.2  6e-12  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  33.96 
 
 
311 aa  68.6  5e-11  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3200  cold-shock DNA-binding domain protein  24.5 
 
 
279 aa  68.2  6e-11  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.693924  normal  0.993369 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2974  cold-shock protein DNA-binding  24.26 
 
 
281 aa  67.4  1e-10  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.372989 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2901  cold-shock DNA-binding protein family protein  28.74 
 
 
288 aa  66.6  2e-10  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  29.27 
 
 
267 aa  64.3  9e-10  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  29.22 
 
 
317 aa  63.2  2e-09  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  29.22 
 
 
418 aa  62.8  3e-09  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0320  cold-shock DNA-binding protein family  42.19 
 
 
68 aa  62.8  3e-09  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.673011 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  26.35 
 
 
179 aa  59.7  2e-08  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3615  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.33 
 
 
84 aa  59.3  3e-08  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00635954  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28290  cold shock protein, CspD  36.67 
 
 
92 aa  59.3  3e-08  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0754  cold-shock DNA-binding domain protein  39.39 
 
 
66 aa  58.9  4e-08  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2395  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.25 
 
 
89 aa  58.5  5e-08  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.80282  normal  0.0844989 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  26.78 
 
 
310 aa  58.2  6e-08  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2585  cold shock domain-containing protein CspD  36.07 
 
 
90 aa  58.2  6e-08  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.169981  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30200  cold-shock protein CspD  36.07 
 
 
90 aa  58.2  6e-08  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1823  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.38 
 
 
88 aa  57.8  7e-08  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.565643  normal  0.0615675 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3414  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.26 
 
 
83 aa  57.8  7e-08  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0959818 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4010  cold-shock protein CspD  32.81 
 
 
88 aa  57.8  9e-08  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0979489 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1074  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.88 
 
 
68 aa  57  2e-07  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0836241  normal  0.241517 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2676  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.36 
 
 
67 aa  56.2  2e-07  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  2.56327e-06  unclonable  1.4308e-18 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.62 
 
 
87 aa  56.2  2e-07  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.03728e-08 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3185  cold-shock protein, DNA-binding  34.25 
 
 
92 aa  55.8  3e-07  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.937654  normal  0.149852 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0333  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.88 
 
 
69 aa  55.8  4e-07  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  4.34433e-09 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1263  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.23 
 
 
205 aa  55.8  4e-07  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18948  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.94 
 
 
66 aa  55.5  4e-07  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  6.16798e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2170  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.88 
 
 
69 aa  55.8  4e-07  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0613  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.31 
 
 
71 aa  55.5  4e-07  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.513087  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.5 
 
 
66 aa  55.1  5e-07  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000295831  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1492  cold-shock protein DNA-binding  38.46 
 
 
66 aa  55.1  6e-07  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  1.92979e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1463  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.46 
 
 
66 aa  55.1  6e-07  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.302037  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0856  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.92 
 
 
69 aa  54.7  7e-07  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  1.89352e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16470  putative cold-shock DNA-binding domain protein  39.06 
 
 
67 aa  54.7  8e-07  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.46303e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1110  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.46 
 
 
69 aa  54.3  8e-07  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0603017  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4220  cold-shock protein  39.06 
 
 
69 aa  54.7  8e-07  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49410  cold-shock protein  39.06 
 
 
69 aa  54.7  8e-07  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  1.91939e-05  normal  0.274128 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4395  cold-shock DNA-binding protein  35.82 
 
 
70 aa  54.3  9e-07  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.314613 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  35.94 
 
 
66 aa  54.3  1e-06  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  35.94 
 
 
66 aa  54.3  1e-06  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.32551e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1846  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.46 
 
 
69 aa  53.9  1e-06  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.174737  normal  0.594257 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  35.94 
 
 
66 aa  54.3  1e-06  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  35.94 
 
 
66 aa  54.3  1e-06  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  1.81e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0235  cold-shock DNA-binding domain protein  32.26 
 
 
95 aa  54.3  1e-06  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433921  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  35.94 
 
 
66 aa  54.3  1e-06  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  35.94 
 
 
66 aa  54.3  1e-06  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  1.69422e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  35.94 
 
 
66 aa  54.3  1e-06  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2133  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.46 
 
 
69 aa  53.9  1e-06  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.415341  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  35.94 
 
 
66 aa  54.3  1e-06  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0769  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.92 
 
 
71 aa  53.9  1e-06  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  5.6179e-09  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  35.94 
 
 
66 aa  53.5  1e-06  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  5.99312e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1238  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.46 
 
 
197 aa  53.5  2e-06  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.267087  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4209  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.46 
 
 
197 aa  53.1  2e-06  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1407  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.06 
 
 
69 aa  52.8  2e-06  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0231172  normal  0.970454 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0932  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.64 
 
 
68 aa  53.1  2e-06  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2698  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.81 
 
 
70 aa  53.1  2e-06  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.089353  normal  0.418887 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>