More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Synpcc7942_1374 on replicon NC_007604
Organism: Synechococcus elongatus PCC 7942



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 		 543 aa  1086    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3138  pseudouridine synthase  45.04 
 
 		 549 aa  417  9.999999999999999e-116  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3182  pseudouridine synthase  39.86 
 
 		 551 aa  396  1e-109  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.186572  normal  0.110581 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2914  pseudouridine synthase  39.67 
 
 		 551 aa  393  1e-108  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  40.98 
 
 		 548 aa  391  1e-107  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06934  ribosomal large chain pseudouridine synthase A  35.82 
 
 		 523 aa  286  8e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0570  putative RNA pseudouridylate synthase  35.14 
 
 		 561 aa  281  2e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1091  pseudouridine synthase  36.94 
 
 		 574 aa  280  3e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000939  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  37.45 
 
 		 559 aa  280  7e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00612543  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1058  pseudouridine synthase  36.65 
 
 		 574 aa  277  3e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0988  pseudouridine synthase  36.67 
 
 		 574 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3301  pseudouridine synthase  36.35 
 
 		 574 aa  271  2e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1000  pseudouridine synthase  36.67 
 
 		 574 aa  268  2.9999999999999995e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0913  pseudouridine synthase  34.97 
 
 		 566 aa  267  4e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000952399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0688  pseudouridine synthase  37.18 
 
 		 593 aa  265  1e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.241992  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4402  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 570 aa  265  2e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2529  pseudouridine synthase  34.65 
 
 		 578 aa  262  1e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0536  RNA pseudouridine synthase family protein  33.27 
 
 		 567 aa  257  3e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2328  pseudouridine synthase  32 
 
 		 567 aa  256  1.0000000000000001e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0886  pseudouridine synthase  33.81 
 
 		 579 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3017  pseudouridine synthase  34.07 
 
 		 572 aa  253  9.000000000000001e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0569  putative RNA pseudouridylate synthase  31.91 
 
 		 561 aa  221  3e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  50.73 
 
 		 204 aa  184  3e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.19 
 
 		 212 aa  164  3e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  44.02 
 
 		 211 aa  163  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  42.65 
 
 		 218 aa  163  8.000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  45.12 
 
 		 215 aa  163  9e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  44.02 
 
 		 211 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  43.81 
 
 		 211 aa  162  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  42.65 
 
 		 225 aa  160  5e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.11 
 
 		 218 aa  159  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  42.05 
 
 		 241 aa  159  1e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.26 
 
 		 215 aa  158  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  43.26 
 
 		 215 aa  158  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 211 aa  157  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03700  pseudouridylate synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32), dual specificity  43.52 
 
 		 238 aa  157  6e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  39.81 
 
 		 225 aa  157  7e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  45.21 
 
 		 215 aa  156  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  40.28 
 
 		 225 aa  155  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.87 
 
 		 211 aa  155  2e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  41.23 
 
 		 225 aa  155  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.58 
 
 		 211 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4520  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.59 
 
 		 227 aa  154  5.9999999999999996e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.44 
 
 		 221 aa  154  5.9999999999999996e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  43.32 
 
 		 224 aa  153  8e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.11 
 
 		 211 aa  152  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  41.51 
 
 		 225 aa  152  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.15 
 
 		 225 aa  152  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.15 
 
 		 225 aa  152  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  42.11 
 
 		 211 aa  151  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  41.51 
 
 		 217 aa  151  3e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1933  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.24 
 
 		 222 aa  151  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.640885  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  41.94 
 
 		 245 aa  150  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  40.28 
 
 		 219 aa  150  7e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.68 
 
 		 225 aa  150  7e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1736  pseudouridine synthase  43.78 
 
 		 222 aa  150  8e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175202  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  45.45 
 
 		 213 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.28 
 
 		 214 aa  149  1.0000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2524  pseudouridylate synthase  42.18 
 
 		 230 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.349394  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3048  pseudouridylate synthase  41.23 
 
 		 225 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  40.28 
 
 		 217 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  40.28 
 
 		 225 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  40.28 
 
 		 225 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  40.28 
 
 		 225 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  40.09 
 
 		 226 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 219 aa  148  3e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  40.28 
 
 		 225 aa  148  3e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 223 aa  147  3e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0072267 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  41.4 
 
 		 234 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  45.71 
 
 		 256 aa  147  5e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.78 
 
 		 250 aa  147  5e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40 
 
 		 223 aa  147  6e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1014  pseudouridine synthase  42.33 
 
 		 229 aa  146  1e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.1 
 
 		 217 aa  145  1e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  41.01 
 
 		 233 aa  145  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  39.34 
 
 		 218 aa  145  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  41.59 
 
 		 223 aa  145  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42 
 
 		 250 aa  145  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  42.52 
 
 		 223 aa  145  3e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  42.52 
 
 		 223 aa  144  4e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1630  pseudouridylate synthase  39.46 
 
 		 223 aa  144  6e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.427552  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2087  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.64 
 
 		 245 aa  143  8e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000349962  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4024  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.47 
 
 		 217 aa  143  8e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  41.12 
 
 		 225 aa  143  8e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2893  pseudouridine synthase  41.43 
 
 		 212 aa  143  9e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  41.71 
 
 		 219 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2886  pseudouridine synthase  41.59 
 
 		 223 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.71 
 
 		 219 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39.62 
 
 		 219 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  41.71 
 
 		 219 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.71 
 
 		 219 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.71 
 
 		 219 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.71 
 
 		 219 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39.62 
 
 		 219 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39.62 
 
 		 219 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.71 
 
 		 219 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2791  pseudouridine synthase  42.06 
 
 		 223 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  41.21 
 
 		 219 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2811  pseudouridine synthase  41.59 
 
 		 223 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0225697  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  41.59 
 
 		 223 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  0.00000912019 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>