More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3878 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3777  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  73.58 
 
 		 701 aa  1004    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.215477  hitchhiker  0.0067097 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3878  histidine kinase  100 
 
 		 692 aa  1430    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.245936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3113  histidine kinase  68.41 
 
 		 654 aa  942    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000907022 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3689  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  68.94 
 
 		 655 aa  923    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0721  histidine kinase  72.59 
 
 		 675 aa  994    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1870  histidine kinase  32.08 
 
 		 779 aa  194  4e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3419  sensor histidine kinase  31.73 
 
 		 774 aa  182  1e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1761  histidine kinase  40.23 
 
 		 578 aa  177  5e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3623  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.85 
 
 		 620 aa  174  5.999999999999999e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.838333  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4130  histidine kinase  36.9 
 
 		 572 aa  169  2e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.964997 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4039  histidine kinase  36.51 
 
 		 572 aa  164  5.0000000000000005e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1728  histidine kinase  38.72 
 
 		 560 aa  163  1e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.864697  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1802  histidine kinase  38.72 
 
 		 540 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.963501  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2172  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.96 
 
 		 406 aa  163  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2102  histidine kinase  38.32 
 
 		 575 aa  162  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1759  histidine kinase  35.27 
 
 		 596 aa  162  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.37697  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2081  histidine kinase  35.94 
 
 		 597 aa  160  6e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2755  periplasmic substrate-binding protein/sensor histidine kinase  38.25 
 
 		 590 aa  160  7e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1854  histidine kinase  38.32 
 
 		 578 aa  160  8e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3526  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.92 
 
 		 584 aa  160  9e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1312  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.74 
 
 		 584 aa  159  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1774  histidine kinase  37.96 
 
 		 578 aa  158  4e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2175  histidine kinase  34.77 
 
 		 599 aa  156  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2289  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.42 
 
 		 536 aa  152  2e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000503711  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.86 
 
 		 986 aa  151  5e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2115  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.9 
 
 		 604 aa  150  7e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00123104  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2923  histidine kinase  34.48 
 
 		 598 aa  150  7e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2854  putative two component signal transduction protein  31.95 
 
 		 917 aa  148  4.0000000000000006e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1302  histidine kinase  34.48 
 
 		 596 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000333005 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3228  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.44 
 
 		 609 aa  147  5e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1037  histidine kinase  32.11 
 
 		 608 aa  146  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1894  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.51 
 
 		 1085 aa  145  3e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4555  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  35.46 
 
 		 467 aa  144  5e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1907  histidine kinase  36.19 
 
 		 560 aa  143  9e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.649995 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3478  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.14 
 
 		 1021 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2945  sensor histidine kinase/response regulator  31.32 
 
 		 505 aa  138  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1832  histidine kinase  34.78 
 
 		 550 aa  137  6.0000000000000005e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00156636 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1960  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 525 aa  137  7.000000000000001e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2742  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.32 
 
 		 467 aa  137  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.759384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1747  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.77 
 
 		 850 aa  136  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.346291  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1249  sensory box histidine kinase  35.08 
 
 		 524 aa  136  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0948878  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1676  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.77 
 
 		 850 aa  135  3e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.109527  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.19 
 
 		 671 aa  134  6e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.156465 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0377  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.46 
 
 		 771 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4423  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  29.22 
 
 		 678 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0558  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.4 
 
 		 763 aa  132  3e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.043921  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2449  putative two-component sensor  33.59 
 
 		 305 aa  131  3e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3357  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.45 
 
 		 970 aa  132  3e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.984464  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2545  sensor histidine kinase  29.24 
 
 		 429 aa  131  5.0000000000000004e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4969  putative two-component sensor  28.24 
 
 		 698 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2543  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.27 
 
 		 823 aa  130  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.906632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2200  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.6 
 
 		 848 aa  130  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00863508  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2003  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.07 
 
 		 653 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.977312  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1841  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.01 
 
 		 832 aa  127  5e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.193006  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33 
 
 		 713 aa  127  5e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4376  histidine kinase  33.6 
 
 		 667 aa  127  7e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.314442  normal  0.0171304 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57170  putative two-component sensor  28 
 
 		 698 aa  127  7e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7222  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.69 
 
 		 589 aa  127  9e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.368099  normal  0.237593 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5574  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.95 
 
 		 611 aa  127  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5938  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.95 
 
 		 611 aa  127  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6440  histidine kinase  33.1 
 
 		 611 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.920923  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1578  histidine kinase  28.35 
 
 		 829 aa  126  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1575  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.78 
 
 		 683 aa  125  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.539969  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5981  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.08 
 
 		 602 aa  125  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.08 
 
 		 594 aa  125  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2719  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.54 
 
 		 683 aa  124  4e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3477  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.72 
 
 		 1465 aa  124  4e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2950  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.69 
 
 		 710 aa  125  4e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1533  histidine kinase  32.14 
 
 		 497 aa  124  4e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0957  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.55 
 
 		 676 aa  124  5e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2657  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.61 
 
 		 829 aa  124  5e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1978  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 		 553 aa  124  7e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.260474  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2013  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.53 
 
 		 801 aa  124  8e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4374  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.08 
 
 		 676 aa  124  8e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0796172 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1350  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.08 
 
 		 676 aa  123  9e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0906179 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4499  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.74 
 
 		 674 aa  124  9e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.278807  normal  0.486911 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6389  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.74 
 
 		 688 aa  123  9.999999999999999e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5807  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.72 
 
 		 990 aa  123  9.999999999999999e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4373  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.7 
 
 		 687 aa  123  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0865062  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03784  sensor histidine kinase  30.83 
 
 		 501 aa  123  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0969  histidine kinase  27.16 
 
 		 801 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000115814  hitchhiker  0.0000040144 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3472  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  28.86 
 
 		 520 aa  122  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1751  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.92 
 
 		 671 aa  121  3.9999999999999996e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2296  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 		 679 aa  121  4.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4089  PAS  27.82 
 
 		 678 aa  121  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.465781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4350  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 686 aa  121  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2333  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.62 
 
 		 607 aa  120  7e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0071  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.1 
 
 		 392 aa  120  7.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3624  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.19 
 
 		 523 aa  120  7.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2646  sensor histidine kinase  31.21 
 
 		 445 aa  120  9e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.215713  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3556  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.19 
 
 		 523 aa  120  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1728  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.03 
 
 		 462 aa  119  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.091875  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2145  sensor histidine kinase  33.46 
 
 		 311 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2710  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.82 
 
 		 756 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.438958  normal  0.796256 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0971  PAS  32.01 
 
 		 1187 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.875405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2828  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.62 
 
 		 584 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2548  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.12 
 
 		 861 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3727  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.3 
 
 		 445 aa  119  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.124248  normal  0.045206 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4217  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.85 
 
 		 686 aa  119  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34172  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1428  histidine kinase  30.93 
 
 		 457 aa  119  1.9999999999999998e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>