More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5067 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5067  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 495 aa  1017    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.68424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5070  extracellular solute-binding protein  65.45 
 
 		 495 aa  676    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 505 aa  225  1e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  30.43 
 
 		 497 aa  216  5.9999999999999996e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3804  extracellular solute-binding protein  30.06 
 
 		 509 aa  215  9.999999999999999e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00625229  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5398  extracellular solute-binding protein family 5  33.81 
 
 		 506 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4455  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 		 509 aa  211  2e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.661138  hitchhiker  0.000234808 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1803  extracellular solute-binding protein family 5  29.39 
 
 		 499 aa  202  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0045678  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4029  extracellular solute-binding protein  30.25 
 
 		 502 aa  202  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5411  extracellular solute-binding protein family 5  28.87 
 
 		 506 aa  192  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.253312  decreased coverage  0.00154474 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2790  extracellular solute-binding protein family 5  29.84 
 
 		 527 aa  191  2e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  30.59 
 
 		 525 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  30.35 
 
 		 526 aa  190  4e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5344  extracellular solute-binding protein family 5  29.07 
 
 		 506 aa  190  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.297716  normal  0.516905 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5080  extracellular solute-binding protein  30.85 
 
 		 502 aa  187  3e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0526207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  29.75 
 
 		 522 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3985  extracellular solute-binding protein  30.18 
 
 		 499 aa  183  5.0000000000000004e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1024  extracellular solute-binding protein  28.96 
 
 		 524 aa  181  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.216522 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  30.67 
 
 		 508 aa  181  4e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0028  extracellular solute-binding protein family 5  28.42 
 
 		 520 aa  177  3e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0183012 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  29.35 
 
 		 521 aa  176  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  29.77 
 
 		 521 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  29.12 
 
 		 521 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  29.12 
 
 		 521 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  29.12 
 
 		 521 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  29.12 
 
 		 521 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1288  extracellular solute-binding protein  31.73 
 
 		 492 aa  174  3.9999999999999995e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213997  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  30.41 
 
 		 532 aa  174  3.9999999999999995e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3144  extracellular solute-binding protein  29.77 
 
 		 526 aa  174  5e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000116165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  35.44 
 
 		 528 aa  173  5e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  29.18 
 
 		 509 aa  173  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  29.11 
 
 		 534 aa  173  5.999999999999999e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  29.17 
 
 		 512 aa  172  1e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  29.17 
 
 		 512 aa  172  1e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4690  extracellular solute-binding protein family 5  28.37 
 
 		 524 aa  172  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  29.17 
 
 		 512 aa  172  1e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0184  extracellular solute-binding protein family 5  27.71 
 
 		 518 aa  171  2e-41  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  30.39 
 
 		 528 aa  171  2e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  29.4 
 
 		 494 aa  170  7e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5116  ABC transporter periplasmic binding protein  30.3 
 
 		 531 aa  169  8e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  29.84 
 
 		 521 aa  169  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  30.08 
 
 		 535 aa  169  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1189  extracellular solute-binding protein  28.95 
 
 		 525 aa  169  1e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0440454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  28.29 
 
 		 541 aa  168  2e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  26.8 
 
 		 549 aa  168  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58420  putative binding protein component of ABC dipeptid  30.09 
 
 		 533 aa  168  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.851894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.57 
 
 		 510 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 		 489 aa  167  2.9999999999999998e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  29.89 
 
 		 510 aa  168  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00493  ABC-type dipeptide transporter periplasmic component  30.63 
 
 		 519 aa  166  1.0000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4392  extracellular solute-binding protein  29.47 
 
 		 521 aa  166  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1012  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.27 
 
 		 492 aa  165  2.0000000000000002e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.622148  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  30.21 
 
 		 508 aa  165  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4444  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 517 aa  165  2.0000000000000002e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.300506  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 528 aa  164  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5037  extracellular solute-binding protein  29.35 
 
 		 534 aa  164  3e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  0.963466 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  29.4 
 
 		 535 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0954  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.62 
 
 		 479 aa  163  5.0000000000000005e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5416  extracellular solute-binding protein  28.82 
 
 		 534 aa  163  6e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.74 
 
 		 542 aa  163  6e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  29.11 
 
 		 521 aa  163  7e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  29.18 
 
 		 524 aa  163  7e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  29.32 
 
 		 519 aa  162  1e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0453  4-phytase  29.89 
 
 		 526 aa  161  2e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132073  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  29.66 
 
 		 531 aa  162  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  29.57 
 
 		 508 aa  162  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001974  peptide ABC transporter peptide-binding protein  30.16 
 
 		 517 aa  162  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  30.06 
 
 		 520 aa  161  3e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4203  extracellular solute-binding protein  35.28 
 
 		 520 aa  161  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237738  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4163  extracellular solute-binding protein  35.28 
 
 		 520 aa  161  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0633493  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  28.46 
 
 		 514 aa  160  4e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3353  extracellular solute-binding protein  35.28 
 
 		 520 aa  160  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.587262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1867  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC periplasmic ligand-binding protein  34.97 
 
 		 520 aa  159  7e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.30378  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0095  transport protein, extracellular solute-binding protein  30.37 
 
 		 517 aa  160  7e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0865281  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3571  extracellular solute-binding protein  34.76 
 
 		 520 aa  159  8e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57508  normal  0.258108 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4052  extracellular solute-binding protein  34.76 
 
 		 520 aa  159  8e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.544759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4792  extracellular solute-binding protein  27.38 
 
 		 528 aa  159  8e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  33.33 
 
 		 512 aa  159  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1926  extracellular solute-binding protein  34.88 
 
 		 518 aa  158  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.293523  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1224  extracellular solute-binding protein family 5  29.08 
 
 		 544 aa  158  2e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0137957 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4225  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 520 aa  159  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  29.69 
 
 		 520 aa  158  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1240  extracellular solute-binding protein  28.98 
 
 		 530 aa  159  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  28.76 
 
 		 493 aa  158  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0562  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  29.61 
 
 		 518 aa  158  2e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0901  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  33.14 
 
 		 512 aa  157  3e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  28.54 
 
 		 511 aa  158  3e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.226847 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2812  extracellular solute-binding protein family 5  33.14 
 
 		 512 aa  157  4e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.431185  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1491  extracellular solute-binding protein family 5  28.54 
 
 		 514 aa  157  4e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0872  extracellular solute-binding protein family 5  28.25 
 
 		 527 aa  157  4e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.625735 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0836  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  29.8 
 
 		 520 aa  157  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.385717  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00814  hypothetical protein  33.14 
 
 		 512 aa  157  4e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.840204  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  33.05 
 
 		 512 aa  157  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0981  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  33.05 
 
 		 512 aa  157  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2819  extracellular solute-binding protein  27.34 
 
 		 529 aa  157  5.0000000000000005e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000112764  normal  0.172306 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2518  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  33.05 
 
 		 512 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4426  extracellular solute-binding protein  35.07 
 
 		 520 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0044  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.92 
 
 		 530 aa  157  6e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4355  extracellular solute-binding protein family 5  31.92 
 
 		 495 aa  156  6e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0355555  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4139  extracellular solute-binding protein  26.86 
 
 		 528 aa  156  8e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.414652 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>