More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_0068 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  99.14 
 
 		 347 aa  719    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  100 
 
 		 347 aa  725    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  98.27 
 
 		 347 aa  712    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  70.35 
 
 		 337 aa  508  1e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 335 aa  474  1e-133  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  57.73 
 
 		 335 aa  422  1e-117  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  45 
 
 		 342 aa  300  3e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 330 aa  224  1e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  36.23 
 
 		 331 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  36.83 
 
 		 323 aa  209  5e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  35.56 
 
 		 325 aa  206  4e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  34.76 
 
 		 329 aa  205  1e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  36.12 
 
 		 336 aa  203  4e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  36.25 
 
 		 330 aa  200  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 332 aa  189  5.999999999999999e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 324 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  32.06 
 
 		 326 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  33.53 
 
 		 351 aa  170  3e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  35.94 
 
 		 324 aa  169  5e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.75 
 
 		 326 aa  168  2e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 334 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 334 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  38.91 
 
 		 337 aa  167  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  29.39 
 
 		 324 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  30.93 
 
 		 334 aa  166  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 326 aa  166  4e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  30.51 
 
 		 347 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.88 
 
 		 327 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  30 
 
 		 335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  30.82 
 
 		 336 aa  164  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  29.48 
 
 		 334 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  31.32 
 
 		 340 aa  163  5.0000000000000005e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 341 aa  162  7e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  29.7 
 
 		 331 aa  161  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  29.82 
 
 		 326 aa  161  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 332 aa  159  7e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 333 aa  158  1e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 348 aa  158  1e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  38.01 
 
 		 345 aa  157  2e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.61 
 
 		 324 aa  157  3e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0974  helix-turn-helix domain-containing protein  31.31 
 
 		 314 aa  157  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  32.23 
 
 		 332 aa  156  4e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  30.27 
 
 		 336 aa  155  7e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0113  transcriptional regulator, AraC family  31.86 
 
 		 354 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  29.25 
 
 		 326 aa  154  2e-36  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 328 aa  154  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3021  transcriptional regulator, AraC family  28.95 
 
 		 372 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 322 aa  153  5e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  28.18 
 
 		 321 aa  153  5e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.33 
 
 		 325 aa  151  1e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 285 aa  151  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  31.14 
 
 		 360 aa  150  3e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  31 
 
 		 327 aa  150  3e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 306 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2062  transcriptional activator FtrA  33.47 
 
 		 329 aa  149  7e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  29.5 
 
 		 339 aa  149  7e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  35.59 
 
 		 344 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.54 
 
 		 327 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4484  transcriptional regulator  28.53 
 
 		 361 aa  147  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  35.78 
 
 		 322 aa  147  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  39.72 
 
 		 319 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  32.2 
 
 		 320 aa  146  5e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  35.14 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  28.48 
 
 		 319 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  36.41 
 
 		 320 aa  144  3e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  28.87 
 
 		 341 aa  143  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  28.88 
 
 		 332 aa  142  6e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2196  transcriptional regulator  30.06 
 
 		 334 aa  142  9e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0966  transcriptional regulator, AraC family  31.48 
 
 		 354 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252512 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 343 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 326 aa  139  4.999999999999999e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0731  transcriptional regulator  29.64 
 
 		 349 aa  139  4.999999999999999e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.523916 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  29.22 
 
 		 313 aa  139  6e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  28.25 
 
 		 322 aa  139  6e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6692  transcriptional regulator, AraC family  34.36 
 
 		 313 aa  139  7e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.178977 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  27.54 
 
 		 334 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2659  AraC family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 333 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  34.93 
 
 		 331 aa  138  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4747  AraC family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 320 aa  139  1e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169446 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5005  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 331 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.081564 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3774  transcriptional regulator, AraC family  26.79 
 
 		 349 aa  137  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0964953  normal  0.0117202 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0916  AraC family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 335 aa  137  2e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 329 aa  138  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0573  transcriptional regulator  30.24 
 
 		 342 aa  137  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0972711  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2856  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2723  transcriptional regulator, AraC family  26.89 
 
 		 331 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.844059  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5943  transcriptional regulator  33.64 
 
 		 338 aa  136  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1180  AraC family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 320 aa  137  4e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.688099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 316 aa  137  4e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  27.84 
 
 		 361 aa  137  4e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2002  AraC family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 341 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.513633  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1097  ThiJ/PfpI domain protein  31.7 
 
 		 350 aa  135  9.999999999999999e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0266562  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2612  AraC family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 341 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2289  transcriptional regulator, AraC family  32.28 
 
 		 332 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0296172  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5650  AraC family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 337 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3112  ThiJ/PfpI domain protein  31.78 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.226454  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0475  AraC family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 350 aa  134  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.625315  normal  0.0311111 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>