More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_1232 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_1232  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 306 aa  619  1e-176  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  43.84 
 
 		 292 aa  204  2e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  39.74 
 
 		 308 aa  201  1.9999999999999998e-50  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  40.13 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  42.71 
 
 		 303 aa  199  5e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  42.75 
 
 		 304 aa  199  5e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  41.5 
 
 		 302 aa  198  7.999999999999999e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  43.66 
 
 		 293 aa  188  9e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  43.66 
 
 		 293 aa  188  9e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  41.58 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  41.58 
 
 		 321 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  41.58 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  43.15 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  41.58 
 
 		 321 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  41.58 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  41.58 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  41.58 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  41.37 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  41.56 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  37.19 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  36.67 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  41.67 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  43.6 
 
 		 310 aa  182  7e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  41.24 
 
 		 311 aa  181  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  41.49 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  46.93 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  41.43 
 
 		 304 aa  180  2e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  43.25 
 
 		 310 aa  180  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 314 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  41.78 
 
 		 304 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  41.78 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  43.32 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  43.32 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  40.48 
 
 		 307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  42.16 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0929  tRNA pseudouridine synthase B  45.12 
 
 		 305 aa  179  2.9999999999999997e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.590741  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  42.99 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  42.74 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  42.25 
 
 		 307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  43.32 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  43.6 
 
 		 310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  43.32 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  43.32 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  43.32 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  40.48 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  43.32 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  43.32 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  45.64 
 
 		 371 aa  179  4e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  42.56 
 
 		 342 aa  179  4e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  43.2 
 
 		 310 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  43.2 
 
 		 310 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  39.68 
 
 		 314 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  40.48 
 
 		 307 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  40.48 
 
 		 307 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  47.06 
 
 		 299 aa  179  5.999999999999999e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  42.13 
 
 		 309 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 308 aa  179  5.999999999999999e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  40.79 
 
 		 307 aa  178  8e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0491  tRNA pseudouridine synthase B  40.58 
 
 		 323 aa  178  8e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.444271 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3387  tRNA pseudouridine synthase B  39.92 
 
 		 321 aa  178  8e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00448784 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  39.68 
 
 		 314 aa  178  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 313 aa  178  9e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  39.68 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  39.29 
 
 		 314 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  38.82 
 
 		 302 aa  177  1e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  40.49 
 
 		 309 aa  178  1e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  39.29 
 
 		 314 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  43.83 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  35.79 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 307 aa  176  3e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  44.44 
 
 		 318 aa  176  3e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 314 aa  177  3e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  40.16 
 
 		 317 aa  176  3e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  43.32 
 
 		 314 aa  177  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  35.79 
 
 		 307 aa  176  4e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  42.23 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  44.49 
 
 		 297 aa  176  4e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  35.45 
 
 		 307 aa  176  5e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  42.29 
 
 		 363 aa  176  5e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  36.3 
 
 		 317 aa  176  5e-43  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  43.66 
 
 		 299 aa  176  6e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  41.8 
 
 		 303 aa  176  6e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  44.88 
 
 		 339 aa  175  9e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  42.42 
 
 		 310 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  38.89 
 
 		 311 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  40.93 
 
 		 312 aa  175  9.999999999999999e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  40.87 
 
 		 300 aa  174  9.999999999999999e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0441  tRNA pseudouridine synthase B  40.61 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  39.86 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  40.57 
 
 		 315 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  39.44 
 
 		 324 aa  173  2.9999999999999996e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3058  tRNA pseudouridine synthase B  38.31 
 
 		 315 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.538597  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  39.44 
 
 		 324 aa  173  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  39.15 
 
 		 312 aa  173  2.9999999999999996e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  39.44 
 
 		 324 aa  173  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  42.02 
 
 		 308 aa  173  3.9999999999999995e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  38.19 
 
 		 311 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  45.21 
 
 		 306 aa  172  5e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>