More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_2837 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  100 
 
 
436 aa  871    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  63.85 
 
 
368 aa  443  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  58 
 
 
405 aa  418  1e-116  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  47.27 
 
 
326 aa  293  3e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  47.58 
 
 
326 aa  293  3e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  47.98 
 
 
318 aa  290  3e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  47.08 
 
 
330 aa  288  2e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.62 
 
 
327 aa  281  1e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  46.13 
 
 
330 aa  280  4e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.52 
 
 
348 aa  273  4.0000000000000004e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  43.93 
 
 
327 aa  272  1e-71  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  46.13 
 
 
330 aa  271  1e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  45.53 
 
 
346 aa  271  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  42.98 
 
 
364 aa  270  2.9999999999999997e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.56 
 
 
354 aa  270  2.9999999999999997e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.52 
 
 
330 aa  269  8e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  45.14 
 
 
330 aa  269  8.999999999999999e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  45.14 
 
 
329 aa  267  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.24 
 
 
346 aa  268  2e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  45.24 
 
 
346 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  43.87 
 
 
349 aa  263  4e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  43.6 
 
 
455 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  44.98 
 
 
458 aa  259  5.0000000000000005e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  46.54 
 
 
325 aa  259  6e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  42.66 
 
 
348 aa  258  2e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  44.24 
 
 
453 aa  256  5e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  44.55 
 
 
501 aa  256  6e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  45.34 
 
 
469 aa  256  7e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  42.74 
 
 
350 aa  256  8e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  44.94 
 
 
324 aa  255  1.0000000000000001e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  44.98 
 
 
446 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  44.07 
 
 
468 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  44.48 
 
 
457 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  44.07 
 
 
468 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  45.38 
 
 
348 aa  254  3e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3129  pseudouridine synthase RluD  42.38 
 
 
444 aa  253  5.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.411663  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  44.44 
 
 
329 aa  252  1e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  44.55 
 
 
471 aa  251  2e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  44.07 
 
 
411 aa  249  6e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  41.99 
 
 
412 aa  243  3.9999999999999997e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.08 
 
 
330 aa  241  2.9999999999999997e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  35.81 
 
 
307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.35 
 
 
328 aa  187  3e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  43.89 
 
 
286 aa  186  6e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2301  pseudouridine synthase, RluD  33.44 
 
 
318 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00163378  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0556  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.63 
 
 
305 aa  164  3e-39  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.53 
 
 
332 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.68 
 
 
315 aa  162  7e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2633  lysozyme  35.69 
 
 
325 aa  162  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000151513 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.05 
 
 
329 aa  162  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.05 
 
 
329 aa  162  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2503  RluA family pseudouridine synthase  33.44 
 
 
319 aa  161  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.721496  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.74 
 
 
329 aa  161  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  32.83 
 
 
330 aa  159  7e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2033  RluA family pseudouridine synthase  34.37 
 
 
319 aa  159  7e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.904373  normal  0.0708013 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  34.74 
 
 
330 aa  159  8e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3840  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.13 
 
 
318 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283554  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  34.98 
 
 
329 aa  158  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.06 
 
 
327 aa  157  3e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1491  pseudouridine synthase, RluA family protein  33.54 
 
 
318 aa  157  4e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.446351  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.08 
 
 
326 aa  157  5.0000000000000005e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.2 
 
 
320 aa  157  5.0000000000000005e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  32.93 
 
 
318 aa  156  6e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1708  RluA family pseudouridine synthase  34.67 
 
 
329 aa  156  6e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000190104  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  34.67 
 
 
319 aa  156  7e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1711  RluA family pseudouridine synthase  34.67 
 
 
329 aa  156  8e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334248  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  35.03 
 
 
329 aa  155  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.97 
 
 
308 aa  154  2e-36  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2242  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  33.12 
 
 
315 aa  154  2.9999999999999998e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2510  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.31 
 
 
318 aa  154  4e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000592786  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  31.56 
 
 
339 aa  153  5e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.5 
 
 
300 aa  152  1e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  34.22 
 
 
322 aa  152  1e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1517  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 
333 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000147946  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1482  RluA family pseudouridine synthase  33.53 
 
 
333 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00286389  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  32.8 
 
 
315 aa  151  3e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2815  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.78 
 
 
318 aa  150  3e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000464709  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  35.26 
 
 
399 aa  150  5e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3808  RluA family pseudouridine synthase  33.23 
 
 
333 aa  150  5e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0127606  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0390  RluA family pseudouridine synthase  35.11 
 
 
339 aa  150  6e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  35.38 
 
 
370 aa  149  8e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  34.38 
 
 
320 aa  149  8e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.09 
 
 
320 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0336491  normal  0.921895 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.52 
 
 
321 aa  149  1.0000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.27015  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.78 
 
 
314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.01 
 
 
300 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.69 
 
 
316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1255  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.82 
 
 
319 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242253  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1284  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.82 
 
 
319 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0174547  hitchhiker  0.00000000220374 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.82 
 
 
319 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000244921  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  34.16 
 
 
312 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1299  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.82 
 
 
319 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.547954  hitchhiker  0.000000178257 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  34.6 
 
 
314 aa  148  2.0000000000000003e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2185  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.82 
 
 
319 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.012302  hitchhiker  0.000000000136846 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.13 
 
 
318 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0268386  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.85 
 
 
315 aa  147  3e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.13 
 
 
318 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050794  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3659  pseudouridine synthase, RluD  34.72 
 
 
378 aa  147  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  35.52 
 
 
278 aa  147  4.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2207  pseudouridine synthase, RluA family protein  32.73 
 
 
312 aa  147  4.0000000000000006e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.649752  normal  0.163859 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>