More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_A0106 on replicon NC_004349
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004349  SO_A0106  methyl-accepting chemotaxis protein  100 
 
 
546 aa  1103    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.827543  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3236  methyl-accepting chemotaxis protein  38 
 
 
544 aa  312  1e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003886  methyl-accepting chemotaxis protein  36.61 
 
 
542 aa  302  1e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0931  methyl-accepting chemotaxis protein  34.55 
 
 
543 aa  286  1.0000000000000001e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0210  methyl-accepting chemotaxis protein  34.17 
 
 
543 aa  282  1e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000824359  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4218  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  35.33 
 
 
541 aa  276  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.599163 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4541  methyl-accepting chemotaxis protein  35.07 
 
 
541 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.726322  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67010  putative chemotaxis transducer  45.22 
 
 
647 aa  268  2e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000055  methyl-accepting chemotaxis protein  32.79 
 
 
543 aa  267  2.9999999999999995e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000458726  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1491  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  34.89 
 
 
539 aa  266  7e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4624  methyl-accepting chemotaxis protein  34.89 
 
 
539 aa  266  8.999999999999999e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140064  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1059  methyl-accepting chemotaxis protein  40.29 
 
 
629 aa  265  2e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0905  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  38.73 
 
 
640 aa  265  2e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.746842  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5569  methyl-accepting chemotaxis protein  34.25 
 
 
541 aa  264  3e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3114  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  33.15 
 
 
541 aa  264  4e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.860602  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2966  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  38.94 
 
 
642 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.249585  normal  0.113943 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0868  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  33.27 
 
 
546 aa  262  8.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.872643 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2616  methyl-accepting chemotaxis protein  41.51 
 
 
633 aa  262  1e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00438795  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3098  methyl-accepting chemotaxis protein  40.29 
 
 
642 aa  261  2e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.398555  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3139  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.13 
 
 
640 aa  261  3e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.753261  normal  0.0120166 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5811  putative chemotaxis transducer  45.22 
 
 
647 aa  260  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1963  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.61 
 
 
637 aa  259  8e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.870205  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3279  methyl-accepting chemotaxis protein  32.85 
 
 
541 aa  258  3e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.149652  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1254  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.29 
 
 
639 aa  257  3e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523103  normal  0.0331864 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0447  chemotaxis sensory transducer  34.05 
 
 
541 aa  257  4e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2356  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  42.42 
 
 
619 aa  256  5e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0809243  normal  0.398562 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1937  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.9 
 
 
541 aa  256  6e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.158854  normal  0.960341 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1798  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  42.65 
 
 
681 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.668901  normal  0.381267 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1701  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.98 
 
 
650 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.076135 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0732  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.91 
 
 
555 aa  254  3e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.177926 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1674  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.34 
 
 
543 aa  254  3e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4833  chemotaxis sensory transducer  32.42 
 
 
541 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000956827  normal  0.082646 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4706  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  34.58 
 
 
541 aa  251  2e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2309  methyl-accepting chemotaxis protein-like protein  40.96 
 
 
547 aa  251  3e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.037772  hitchhiker  0.0000415162 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0317  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.54 
 
 
541 aa  250  4e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.365849  decreased coverage  0.0000342214 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3266  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.03 
 
 
543 aa  250  4e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0339  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.54 
 
 
541 aa  250  6e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.722367  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1098  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.49 
 
 
637 aa  249  9e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0167241  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3680  methyl-accepting chemotaxis protein  40.37 
 
 
676 aa  249  9e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0380  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  42.06 
 
 
638 aa  249  1e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4266  chemotaxis sensory transducer  32.31 
 
 
546 aa  249  1e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261421  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2907  chemotaxis sensory transducer  33.21 
 
 
541 aa  248  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.300582 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5279  putative chemotaxis transducer  42.02 
 
 
712 aa  248  2e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0493383  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61300  putative chemotaxis transducer  42.02 
 
 
712 aa  247  4e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.862971 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0466  methyl-accepting chemotaxis protein  40.95 
 
 
541 aa  246  9e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0712  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.71 
 
 
624 aa  245  9.999999999999999e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0340  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.06 
 
 
541 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.582352  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5070  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.22 
 
 
638 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0580  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.02 
 
 
679 aa  244  3e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4894  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.51 
 
 
638 aa  244  3e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.291281  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0443  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.44 
 
 
541 aa  244  3.9999999999999997e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4463  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.03 
 
 
552 aa  243  6e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.43301 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0445  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.92 
 
 
638 aa  243  7e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.455391  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2492  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.35 
 
 
572 aa  243  7.999999999999999e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5020  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.22 
 
 
638 aa  243  9e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1630  chemotaxis sensory transducer  31.88 
 
 
541 aa  242  2e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0250136 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1426  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.39 
 
 
634 aa  240  5e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4715  chemotaxis sensory transducer  40.62 
 
 
713 aa  239  6.999999999999999e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.233277  normal  0.171171 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2315  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  39.72 
 
 
653 aa  239  9e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.967368  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3669  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.21 
 
 
716 aa  239  1e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.170337  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4196  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.65 
 
 
552 aa  238  2e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.14959  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2268  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.23 
 
 
541 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.255239  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43710  putative methyl-accepting chemotaxis transducer  31.62 
 
 
541 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4653  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.01 
 
 
639 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3351  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  33.09 
 
 
570 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0540062  normal  0.0241334 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3322  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.03 
 
 
539 aa  234  2.0000000000000002e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.910778 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2091  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.3 
 
 
541 aa  234  3e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.596764  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4520  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.71 
 
 
639 aa  234  3e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.886367 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4658  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.71 
 
 
639 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.415489  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0219  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.22 
 
 
773 aa  234  4.0000000000000004e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.952357  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2263  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.48 
 
 
541 aa  233  5e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2346  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.24 
 
 
564 aa  233  5e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0949  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.01 
 
 
636 aa  233  7.000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0451727 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2301  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.94 
 
 
632 aa  233  7.000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4895  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.98 
 
 
739 aa  233  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.247309  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0851  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.05 
 
 
674 aa  232  1e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.244273  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0778  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.81 
 
 
639 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.66043 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1939  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.61 
 
 
638 aa  232  1e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.573171  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5021  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.77 
 
 
647 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0828859  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2511  methyl-accepting chemotaxis protein  38.85 
 
 
653 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295069  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5071  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.28 
 
 
647 aa  231  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3666  chemotaxis transducer  30.27 
 
 
541 aa  231  3e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.260935  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3269  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.18 
 
 
605 aa  231  3e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000515244  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3379  methyl-accepting chemotaxis protein  40.67 
 
 
559 aa  230  4e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1150  chemotaxis sensory transducer  36.71 
 
 
551 aa  231  4e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4890  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.08 
 
 
541 aa  230  4e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.452969  normal  0.355365 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0897  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.94 
 
 
541 aa  230  5e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3441  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.94 
 
 
541 aa  230  5e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0379  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  42.26 
 
 
647 aa  229  8e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.454626  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0921  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.76 
 
 
541 aa  229  9e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0931  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.07 
 
 
541 aa  229  9e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.476721 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0167  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.55 
 
 
540 aa  229  1e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3580  methyl-accepting chemotaxis protein  32.9 
 
 
546 aa  229  1e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3984  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.61 
 
 
688 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5160  methyl-accepting chemotaxis protein  41.67 
 
 
647 aa  228  2e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.391343  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1418  chemotaxis sensory transducer  33.33 
 
 
541 aa  228  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3856  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.4 
 
 
640 aa  228  2e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.825575 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1334  methyl-accepting chemotaxis protein  36.71 
 
 
550 aa  227  4e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1249  methyl-accepting chemotaxis protein  40.06 
 
 
596 aa  227  4e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000483868  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4141  chemotaxis transducer  32.42 
 
 
541 aa  227  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>