141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4264 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  100 
 
 		 495 aa  1008    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  50.2 
 
 		 587 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  38.34 
 
 		 501 aa  298  2e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  40.44 
 
 		 469 aa  233  6e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.72 
 
 		 493 aa  233  7.000000000000001e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  45.99 
 
 		 236 aa  206  1e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  37.63 
 
 		 464 aa  201  3e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  38.65 
 
 		 435 aa  189  1e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.72 
 
 		 459 aa  175  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  29.29 
 
 		 477 aa  170  7e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.84 
 
 		 471 aa  141  3e-32  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  28.94 
 
 		 457 aa  140  3.9999999999999997e-32  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  39.78 
 
 		 396 aa  133  7.999999999999999e-30  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681459  hitchhiker  0.00000169581 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  24.75 
 
 		 577 aa  126  1e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1551  type I restriction enzyme  34.83 
 
 		 439 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  25.75 
 
 		 479 aa  119  9.999999999999999e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  38.02 
 
 		 427 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  25.44 
 
 		 387 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  29.79 
 
 		 576 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.14 
 
 		 532 aa  103  5e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.06 
 
 		 495 aa  103  9e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.01 
 
 		 401 aa  103  9e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  29.52 
 
 		 436 aa  103  9e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  27.93 
 
 		 492 aa  102  1e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  26.57 
 
 		 514 aa  103  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.62 
 
 		 477 aa  101  3e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  24.14 
 
 		 595 aa  96.7  8e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  28.86 
 
 		 460 aa  94.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  26.27 
 
 		 511 aa  92.8  1e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  22.94 
 
 		 450 aa  92.8  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  22.89 
 
 		 547 aa  89.4  1e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  26.45 
 
 		 538 aa  85.5  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.87 
 
 		 520 aa  81.6  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2743  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  26.67 
 
 		 175 aa  75.1  0.000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.441032  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.63 
 
 		 406 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  27.02 
 
 		 490 aa  75.1  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  25.89 
 
 		 611 aa  74.7  0.000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  22.66 
 
 		 633 aa  73.9  0.000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  22.6 
 
 		 395 aa  73.6  0.000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  24.93 
 
 		 411 aa  71.6  0.00000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  27.94 
 
 		 441 aa  71.2  0.00000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0901  restriction endonuclease S subunit  25.52 
 
 		 363 aa  70.9  0.00000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000124976  hitchhiker  0.000000573897 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  22.76 
 
 		 612 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  22.44 
 
 		 444 aa  69.3  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  24.46 
 
 		 528 aa  68.9  0.0000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  21.1 
 
 		 476 aa  68.2  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.57 
 
 		 388 aa  68.2  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  21.88 
 
 		 390 aa  67.4  0.0000000006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  24.15 
 
 		 400 aa  64.7  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  20.66 
 
 		 477 aa  64.3  0.000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  21.56 
 
 		 413 aa  63.2  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  20.83 
 
 		 439 aa  62.4  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  25.84 
 
 		 447 aa  62.4  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.32 
 
 		 572 aa  61.6  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.42 
 
 		 565 aa  61.6  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  22.38 
 
 		 461 aa  61.2  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  27.27 
 
 		 453 aa  60.8  0.00000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  24.63 
 
 		 438 aa  60.5  0.00000007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  19.62 
 
 		 442 aa  58.9  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0285  N-6 DNA methylase  31.58 
 
 		 634 aa  58.9  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  21.49 
 
 		 584 aa  59.3  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.06 
 
 		 415 aa  58.5  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  23.12 
 
 		 557 aa  57.8  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.98 
 
 		 457 aa  57.8  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.61 
 
 		 419 aa  57.8  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2033  N-6 DNA methylase  28.48 
 
 		 775 aa  56.6  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.599209  normal  0.628554 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  20.62 
 
 		 589 aa  55.5  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  23.78 
 
 		 398 aa  55.5  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  23.22 
 
 		 451 aa  54.7  0.000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  22.82 
 
 		 561 aa  53.9  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  22.82 
 
 		 563 aa  53.9  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  21.91 
 
 		 432 aa  53.9  0.000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  24.87 
 
 		 590 aa  53.9  0.000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  24 
 
 		 419 aa  53.5  0.000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  24 
 
 		 419 aa  53.5  0.000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  22.29 
 
 		 585 aa  53.5  0.000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.33 
 
 		 390 aa  53.1  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.4 
 
 		 419 aa  53.1  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  27.52 
 
 		 456 aa  53.1  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  25.37 
 
 		 296 aa  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  21.5 
 
 		 464 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.73 
 
 		 401 aa  52.4  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3440  N-6 DNA methylase  25.71 
 
 		 629 aa  52.8  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000836739  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2924  restriction endonuclease S subunit  29.93 
 
 		 394 aa  51.6  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.83 
 
 		 462 aa  52  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  24.49 
 
 		 435 aa  52  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  20.4 
 
 		 429 aa  51.6  0.00004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  34.88 
 
 		 411 aa  50.8  0.00005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0987  restriction modification system DNA specificity subunit  22.56 
 
 		 390 aa  50.8  0.00006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  22.07 
 
 		 290 aa  50.8  0.00006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  24.38 
 
 		 400 aa  50.4  0.00007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  18.58 
 
 		 561 aa  50.4  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  35.23 
 
 		 453 aa  50.4  0.00007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  27.61 
 
 		 419 aa  50.4  0.00007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  23.95 
 
 		 402 aa  50.1  0.00008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  30.39 
 
 		 395 aa  49.3  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  27.08 
 
 		 397 aa  49.7  0.0001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  28.22 
 
 		 380 aa  50.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  21.91 
 
 		 360 aa  49.7  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  18.83 
 
 		 532 aa  49.3  0.0002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>