150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1728 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1728  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 192 aa  387  1e-107  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.747406  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5153  2'-5' RNA ligase  96.35 
 
 		 192 aa  372  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.198908  normal  0.46298 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2364  hypothetical protein  56.61 
 
 		 207 aa  204  8e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.156809 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  37.96 
 
 		 184 aa  77.8  0.00000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  37.78 
 
 		 179 aa  76.3  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  39.29 
 
 		 186 aa  75.1  0.0000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  25 
 
 		 189 aa  73.2  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  25.27 
 
 		 194 aa  70.9  0.00000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 184 aa  69.3  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  28.04 
 
 		 193 aa  69.3  0.00000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  28.65 
 
 		 193 aa  68.2  0.00000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1634  2'-5' RNA ligase  23.89 
 
 		 174 aa  67.8  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.108546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2786  2'-5' RNA ligase  33.51 
 
 		 214 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  34.33 
 
 		 184 aa  66.6  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  32.9 
 
 		 184 aa  65.9  0.0000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0994  2'-5' RNA ligase  22.83 
 
 		 174 aa  65.9  0.0000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.657287  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  35.77 
 
 		 179 aa  65.5  0.0000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  33.17 
 
 		 200 aa  64.7  0.0000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  35.04 
 
 		 189 aa  63.5  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0280  2'-5' RNA ligase  23.2 
 
 		 174 aa  62.8  0.000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  26.12 
 
 		 182 aa  62.8  0.000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  24.47 
 
 		 181 aa  62.4  0.000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  26.26 
 
 		 183 aa  62  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5472  2'-5' RNA ligase  35.77 
 
 		 180 aa  62  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  25 
 
 		 193 aa  60.8  0.00000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  30.39 
 
 		 199 aa  61.2  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  30.37 
 
 		 190 aa  60.8  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3287  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 184 aa  60.1  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.246816 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  28.11 
 
 		 187 aa  60.1  0.00000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  31.35 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3055  2',5' RNA ligase  33.16 
 
 		 180 aa  58.5  0.00000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  29.47 
 
 		 181 aa  58.5  0.00000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0172  2'-5' RNA ligase  23.76 
 
 		 182 aa  58.2  0.00000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  26.88 
 
 		 185 aa  58.2  0.00000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  27.62 
 
 		 190 aa  58.2  0.00000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  24.47 
 
 		 194 aa  57.8  0.00000009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2137  2',5' RNA ligase  33.68 
 
 		 220 aa  57.8  0.00000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  22.7 
 
 		 180 aa  57.4  0.0000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  34.56 
 
 		 179 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  36.03 
 
 		 189 aa  56.6  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1484  2'-5' RNA ligase  22.29 
 
 		 173 aa  57  0.0000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  30.37 
 
 		 193 aa  57  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  27.51 
 
 		 187 aa  56.2  0.0000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  30.08 
 
 		 178 aa  55.8  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  31.03 
 
 		 185 aa  55.5  0.0000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  27.66 
 
 		 184 aa  55.1  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  25.99 
 
 		 183 aa  55.1  0.0000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  28.81 
 
 		 177 aa  55.1  0.0000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  29.32 
 
 		 188 aa  55.1  0.0000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1166  2'-5' RNA ligase  30.77 
 
 		 184 aa  55.1  0.0000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0869  2'-5' RNA ligase  30.77 
 
 		 184 aa  55.1  0.0000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  25.64 
 
 		 194 aa  54.7  0.0000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4476  2'-5' RNA ligase  37.61 
 
 		 191 aa  54.7  0.0000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  23.58 
 
 		 189 aa  54.7  0.0000009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4838  putative 2'-5' RNA ligase family protein  23.72 
 
 		 181 aa  53.9  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0421  putative 2'-5' RNA ligase family protein  23.42 
 
 		 181 aa  53.9  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  30.08 
 
 		 178 aa  53.9  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  27.66 
 
 		 184 aa  54.3  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2055  2'-5' RNA ligase  27.51 
 
 		 184 aa  54.3  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.180735  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1327  2'-5' RNA ligase  25 
 
 		 171 aa  54.3  0.000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.243857  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5904  2'-5' RNA ligase  32.73 
 
 		 298 aa  53.9  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.230551  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4435  2'-5' RNA ligase  25 
 
 		 181 aa  53.1  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2724  2'-5' RNA ligase  29.09 
 
 		 190 aa  53.5  0.000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0111  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 190 aa  53.1  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4815  putative 2'-5' RNA ligase family protein  23.57 
 
 		 181 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.797227  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4364  2'-5' RNA ligase  32.86 
 
 		 188 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  26.88 
 
 		 182 aa  53.1  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1775  2'-5' RNA ligase  31.39 
 
 		 179 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0987  2'-5' RNA ligase  20.22 
 
 		 171 aa  53.1  0.000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3366  2'-5' RNA ligase  28.3 
 
 		 184 aa  53.9  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1290  2'-5' RNA ligase  21.05 
 
 		 190 aa  53.9  0.000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.189928  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  31.25 
 
 		 186 aa  53.9  0.000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0184  2',5' RNA ligase  27.94 
 
 		 185 aa  52.8  0.000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1388  2',5' RNA ligase  25.82 
 
 		 183 aa  53.1  0.000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.482192  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1962  2'-5' RNA ligase  24.48 
 
 		 186 aa  52.8  0.000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000287299  normal  0.896193 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  25.53 
 
 		 187 aa  53.1  0.000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3040  2'-5' RNA ligase  25.64 
 
 		 189 aa  52.8  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.308422 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  26.97 
 
 		 177 aa  53.1  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2732  hypothetical protein  34.26 
 
 		 186 aa  52.4  0.000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3712  2'-5' RNA ligase  34.26 
 
 		 186 aa  52.4  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  29.32 
 
 		 178 aa  52.4  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3219  hypothetical protein  34.26 
 
 		 186 aa  52.4  0.000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1770  hypothetical protein  34.26 
 
 		 186 aa  52.4  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3686  2'-5' RNA ligase  34.26 
 
 		 186 aa  52.4  0.000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3743  2'-5' RNA ligase  34.26 
 
 		 186 aa  52.4  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2784  2'-5' RNA ligase  34.26 
 
 		 186 aa  52.4  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4176  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 196 aa  52  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3995  2'-5' RNA ligase  32.86 
 
 		 188 aa  52  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0173651  normal  0.591095 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4845  2'-5' RNA ligase  23.08 
 
 		 181 aa  52  0.000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  30.37 
 
 		 179 aa  52  0.000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4598  2'-5' RNA ligase family protein  24.39 
 
 		 181 aa  51.6  0.000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4955  2'-5' RNA ligase family protein  24.39 
 
 		 181 aa  51.6  0.000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4820  putative 2'-5' RNA ligase family protein  24.39 
 
 		 181 aa  51.6  0.000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  29.53 
 
 		 179 aa  51.6  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4995  2'-5' RNA ligase  30.38 
 
 		 178 aa  51.6  0.000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4453  2'-5' RNA ligase  25 
 
 		 181 aa  51.2  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  29.32 
 
 		 178 aa  50.4  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1736  2'-5' RNA ligase  26.42 
 
 		 186 aa  51.2  0.00001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.556008 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4534  2'-5' RNA ligase  24.07 
 
 		 181 aa  50.1  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3539  2'-5' RNA ligase  30.46 
 
 		 201 aa  49.7  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.146255 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>