More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_4385 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_4385  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 310 aa  630  1e-179  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.5296 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4065  tRNA pseudouridine synthase B  96.45 
 
 		 310 aa  615  1e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0171  tRNA pseudouridine synthase B  79.68 
 
 		 309 aa  510  1e-144  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347774  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  78.71 
 
 		 310 aa  506  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2167  tRNA pseudouridine synthase B  65.73 
 
 		 324 aa  424  1e-117  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  65.73 
 
 		 324 aa  424  1e-117  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  65.53 
 
 		 324 aa  419  1e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  64.84 
 
 		 312 aa  410  1e-113  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1256  tRNA pseudouridine synthase B  56.29 
 
 		 320 aa  359  4e-98  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  56.82 
 
 		 366 aa  344  1e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  55.84 
 
 		 412 aa  338  7e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  55.37 
 
 		 368 aa  338  8e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  55.7 
 
 		 351 aa  336  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0482  tRNA pseudouridine synthase B  55.37 
 
 		 387 aa  335  7.999999999999999e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.266724  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0438  tRNA pseudouridine synthase B  55.05 
 
 		 366 aa  329  3e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0026  tRNA pseudouridine synthase B  55.16 
 
 		 358 aa  327  1.0000000000000001e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.148493 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  55.7 
 
 		 342 aa  317  1e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  52.88 
 
 		 363 aa  313  1.9999999999999998e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  53.95 
 
 		 354 aa  311  6.999999999999999e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  53.62 
 
 		 335 aa  310  1e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  52.96 
 
 		 341 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2695  tRNA pseudouridine synthase B  52.96 
 
 		 341 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2817  tRNA pseudouridine synthase B  53.29 
 
 		 341 aa  305  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  51.15 
 
 		 304 aa  297  2e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  50.97 
 
 		 299 aa  288  8e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  50.65 
 
 		 300 aa  287  1e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  47.81 
 
 		 318 aa  288  1e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 		 307 aa  286  2e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  48.52 
 
 		 302 aa  282  4.0000000000000003e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  48.2 
 
 		 301 aa  274  1.0000000000000001e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  45.83 
 
 		 310 aa  274  1.0000000000000001e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  47.44 
 
 		 306 aa  271  1e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  46.23 
 
 		 301 aa  270  2e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  47.21 
 
 		 301 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2770  tRNA pseudouridine synthase B  46.89 
 
 		 301 aa  269  5e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  47.04 
 
 		 298 aa  249  5e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  44.37 
 
 		 308 aa  248  1e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0441  tRNA pseudouridine synthase B  46.35 
 
 		 311 aa  241  1e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0728  tRNA pseudouridine synthase B  39.8 
 
 		 296 aa  225  9e-58  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0336  tRNA pseudouridine synthase B  39.93 
 
 		 301 aa  221  8e-57  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.636591  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  39.94 
 
 		 323 aa  211  1e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  40.86 
 
 		 305 aa  206  4e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  40.59 
 
 		 305 aa  205  9e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  39.93 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  40.26 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  39.1 
 
 		 311 aa  203  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  40.26 
 
 		 305 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2484  tRNA pseudouridine synthase B  39.09 
 
 		 304 aa  200  3e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468436  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  39.27 
 
 		 305 aa  198  7e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  37.78 
 
 		 311 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  40.53 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  40.26 
 
 		 304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  39.94 
 
 		 308 aa  195  8.000000000000001e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0541  tRNA pseudouridine synthase B  40.76 
 
 		 318 aa  194  1e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.578827  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  39.17 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  39.6 
 
 		 304 aa  192  5e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  40.13 
 
 		 308 aa  192  7e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  38.91 
 
 		 321 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  39.03 
 
 		 311 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  41.13 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  38.91 
 
 		 321 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  38.17 
 
 		 309 aa  191  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  39.93 
 
 		 305 aa  190  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  39.27 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  39.27 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  39.27 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2825  tRNA pseudouridine synthase B  37.34 
 
 		 315 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.791691  hitchhiker  0.00423146 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  39.42 
 
 		 324 aa  188  1e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  38.94 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  39.37 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  39.07 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  36.79 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3724  tRNA pseudouridine synthase B  37.82 
 
 		 319 aa  186  3e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1697  tRNA pseudouridine synthase B  39.05 
 
 		 317 aa  186  4e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  45.19 
 
 		 311 aa  186  5e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3387  tRNA pseudouridine synthase B  37.22 
 
 		 321 aa  186  6e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00448784 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  34.45 
 
 		 301 aa  185  7e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  37.54 
 
 		 314 aa  185  8e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2205  tRNA pseudouridine synthase B  37.22 
 
 		 318 aa  185  9e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.344514  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2136  tRNA pseudouridine synthase B  37.46 
 
 		 338 aa  185  9e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0388744  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  35.35 
 
 		 304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002611  tRNA pseudouridine synthase B  38.64 
 
 		 317 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  37.54 
 
 		 318 aa  184  1.0000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  37.54 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  37.54 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  37.54 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  37.54 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  37.54 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  37.54 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  36.51 
 
 		 324 aa  183  3e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  36.51 
 
 		 324 aa  183  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  37.22 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  36.51 
 
 		 324 aa  183  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3058  tRNA pseudouridine synthase B  35.48 
 
 		 315 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.538597  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  38.78 
 
 		 310 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  38.1 
 
 		 304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  37.22 
 
 		 314 aa  182  6e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  37.11 
 
 		 314 aa  182  9.000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  37.34 
 
 		 312 aa  181  1e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  36.28 
 
 		 318 aa  181  1e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>