More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2855 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2855  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
599 aa  1202    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0885  hypothetical protein  31.17 
 
 
363 aa  169  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.421281  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0541  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.35 
 
 
587 aa  167  5.9999999999999996e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000947824  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2288  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.49 
 
 
678 aa  163  7e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2296  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.28 
 
 
679 aa  144  6e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2379  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.5 
 
 
1509 aa  133  6.999999999999999e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1396  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.2 
 
 
721 aa  133  7.999999999999999e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.814379  normal  0.333041 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3582  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.65 
 
 
516 aa  127  8.000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0103358 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0685  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.47 
 
 
770 aa  125  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000495863 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4495  sensor protein ZraS  33.48 
 
 
458 aa  125  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000791685  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3519  putative PAS/PAC sensor protein  35.51 
 
 
757 aa  125  3e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.324252  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2707  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.44 
 
 
776 aa  124  4e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1319  sensor histidine kinase  35.59 
 
 
367 aa  124  5e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0672  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.62 
 
 
770 aa  124  5e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0269  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.35 
 
 
885 aa  124  5e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2019  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.2 
 
 
1016 aa  124  6e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.25506  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2521  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.33 
 
 
571 aa  124  7e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0595753 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3826  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.92 
 
 
492 aa  123  8e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.873199  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0777  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.51 
 
 
1019 aa  123  8e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2812  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.03 
 
 
495 aa  123  9.999999999999999e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4237  sensor protein ZraS  33.04 
 
 
458 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.355168  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4384  sensor protein ZraS  32.39 
 
 
465 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.528671 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2667  histidine kinase  32.38 
 
 
486 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1701  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.12 
 
 
571 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0239416  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3208  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  30.94 
 
 
702 aa  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.289512 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0494  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.8 
 
 
491 aa  121  3.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4547  sensor protein ZraS  32.6 
 
 
458 aa  121  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00542205  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1952  histidine kinase  32.17 
 
 
560 aa  121  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0423  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.05 
 
 
498 aa  120  6e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.268173 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4506  sensor protein ZraS  31.98 
 
 
465 aa  120  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0449014 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.47 
 
 
641 aa  120  9e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716616 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3990  histidine kinase  32.6 
 
 
465 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4504  sensor protein ZraS  31.98 
 
 
465 aa  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.79058  normal  0.150047 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2698  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.2 
 
 
438 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4417  sensor protein ZraS  31.98 
 
 
465 aa  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00746463  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4580  sensor protein ZraS  31.98 
 
 
465 aa  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.910728 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3740  putative PAS/PAC sensor protein  33.47 
 
 
1109 aa  120  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1796  histidine kinase  32.88 
 
 
584 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4452  sensor protein ZraS  32.16 
 
 
458 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.260374  hitchhiker  0.000970682 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1858  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.05 
 
 
1191 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2742  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.1 
 
 
544 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.617202  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0283  sensor histidine kinase  31 
 
 
600 aa  118  3e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1718  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.74 
 
 
470 aa  118  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1500  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.54 
 
 
560 aa  118  3e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3877  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.5 
 
 
707 aa  118  3e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000535893  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3904  two-component VirA-like sensor kinase  32.97 
 
 
829 aa  118  3e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2011  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.49 
 
 
584 aa  118  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4104  histidine kinase HAMP region domain protein  34.02 
 
 
389 aa  117  5e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3233  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.22 
 
 
1151 aa  117  5e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.885558  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.34 
 
 
749 aa  117  5e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.116264 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5473  sensor protein ZraS  32.6 
 
 
458 aa  117  5e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.548998  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31 
 
 
643 aa  117  5e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.535539  normal  0.0122943 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003502  signal transduction histidine kinase  30.04 
 
 
659 aa  117  6e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3074  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.08 
 
 
378 aa  117  6e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2923  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.06 
 
 
541 aa  117  6.9999999999999995e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.252505  hitchhiker  0.00000000439976 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3580  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.71 
 
 
1428 aa  117  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.506123  normal  0.532587 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0826  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.92 
 
 
514 aa  116  8.999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0842  sensory box histidine kinase/response regulator  29.92 
 
 
787 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.220519  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02266  hypothetical protein  30.86 
 
 
680 aa  116  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0670  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.05 
 
 
546 aa  116  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0451507  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2916  sensor histidine kinase  30.98 
 
 
487 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.691073  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0554  histidine kinase  29.53 
 
 
499 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1867  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.17 
 
 
586 aa  116  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1828  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.2 
 
 
503 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.534636  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0463  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.2 
 
 
642 aa  116  1.0000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.683271 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2401  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.43 
 
 
991 aa  116  1.0000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3869  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.33 
 
 
611 aa  116  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.793663  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0589  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.7 
 
 
520 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4825  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.87 
 
 
582 aa  115  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.924426 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0128  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.24 
 
 
780 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000607213  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2013  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.77 
 
 
801 aa  116  2.0000000000000002e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3150  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.28 
 
 
1309 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0617  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.74 
 
 
1398 aa  116  2.0000000000000002e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.536457  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3245  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  31.46 
 
 
860 aa  114  3e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.48627  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3466  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.1 
 
 
548 aa  115  3e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0535402  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0039  histidine kinase  35.62 
 
 
655 aa  115  3e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4071  histidine kinase HAMP region domain protein  33.2 
 
 
391 aa  115  3e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.554388  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0282  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.91 
 
 
494 aa  115  3e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5814  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.95 
 
 
583 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.552615  normal  0.0161436 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4022  sensor protein ZraS  32.6 
 
 
458 aa  114  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.425845  normal  0.0216302 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1422  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.01 
 
 
655 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000957952  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1396  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.75 
 
 
547 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3535  histidine kinase  30.4 
 
 
410 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1405  sensor histidine kinase/response regulator  31.02 
 
 
1379 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1949  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.47 
 
 
1397 aa  114  5e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.539898  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0930  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.23 
 
 
736 aa  114  5e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.165473  normal  0.215499 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3530  histidine kinase  31.1 
 
 
548 aa  114  5e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0267  histidine kinase  30.98 
 
 
517 aa  114  5e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0229879 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3204  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.58 
 
 
386 aa  114  5e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.861815 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0828  sensory histidine kinase AtoS  29.18 
 
 
613 aa  114  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.167481 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0258  two component sensor histidine kinase  32.03 
 
 
556 aa  114  6e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0668  histidine kinase  31.58 
 
 
542 aa  114  6e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.512830000000001e-32 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2106  Signal transduction histidine kinase nitrogen specific-like protein  32.2 
 
 
635 aa  114  6e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3741  putative PAS/PAC sensor protein  32.12 
 
 
1268 aa  114  6e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0091  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.93 
 
 
486 aa  114  6e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.14 
 
 
630 aa  114  7.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.449456  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3383  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.74 
 
 
548 aa  114  7.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.918408  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0775  sensor histidine kinase  32.53 
 
 
674 aa  113  8.000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2665  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.93 
 
 
637 aa  113  8.000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.266574  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0343  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.62 
 
 
689 aa  113  9e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.135812 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>